
OptimizePCRamplificationoflongDNAampliconsupto40kb
Fast,simpleoptimizationstartingwiththecompletekit
- EasilyamplifyDNAtargetsupto40kblong
- ReducePCR-inducederrorsintheselongampliconswiththishighfidelityDNApolymerasemix
TheMasterAmp™Extra-LongPCRKitisacompletesystemforsuccessfulandaccurateone-stepamplificationofDNAsequencesupto~40kb.ThekitcontainstheMasterAmp™Extra-LongDNAPolymeraseMix,aswellasnineMasterAmpExtra-LongPCR2XPreMixeswithdNTPs,buffer,andvaryingamountsofMgCl2andtheMasterAmpPCREnhancerwithBetaine.*
Werecommendfirstusingthecompletekit(Cat.No.MHF9220)totestthedifferentMasterMixExtra-Long2XPreMixes(Step1,Fig.1)witheachnewtemplateandprimersettoidentifythebestperformingone.OnePreMixwillamplifyyourlongtemplateandgiveconsistentresultsinallsubsequentamplifications(Step2,Fig.1).OncetheoptimalPreMixisidentifiedcontinuetousethatcombinationofMasterAmpExtra-Long2XPreMixandDNAPolymeraseforallsubsequentamplificationsusingthattemplateDNAandprimerset.
Figure1.TwostepstoreliableandconsistentPCRresults. | |
STEP1.FindtheoptimalMasterAmp™Extra-LongPCRPreMix.PerformPCRwithyourtemplate,primers,andtheninePreMixes. | STEP2.UsethesameMasterAmp™Extra-LongPCRPreMixtoobtainreliable,consistentPCRofthesamesequence. |
![]() | ![]() |
A.Amplificationofa20-kbregionoflamBDaDNAusingMasterAmp™Extra-LongPCR2XPreMixes(1-9).MasterAmp™Extra-LongPCRPreMix4producedoptimalresults. | B.SubsequentPCRofa20-kblambdaDNAregionwiththesameprimerpairandMasterAmp™PreMix4gaveconsistentresults,usingtheoptimalPreMixdeterminedinStep1. |
![]() | Figure2.Extra-longamplificationoflambdaDNAusingtheMasterAmp™Extra-LongPCRKit.PCRconditionswereoptimizedandMasterAmpPremix4wasselectedforPCRof1ngoflambdaDNAineachsample.Resultswereanalyzedona0.5%agarosegel.Ampliconsizeswere30kb(lane1),35kb(lane2)and40kb(lane3).LaneM,5-KbDNAladder. |
*Coveredbyissuedand/orpendingpatents.
MasterAmp™Extra-LongPCRKit;Purchaseofthisproductincludesanimmunityfromsuitunderpatentsspecifiedintheproductinserttouseonlytheamountpurchasedforthepurchaser"sowninternalresearch.Nootherpatentrights(suchas5´NucleaseProcesspatentrights)areconveyedexpressly,byimplication,orbyestoppel.FurtherinformationonpurchasinglicensesmaybeobtainedbycontactingtheDirectorofLicensing,AppliedBiosystems,850LincolnCentreDrive,FosterCity,California94404,USA.
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请教园友:
一般做mRNA表达的时候,需要注意提取的RNA中是否有DNA污染,或者通过设计跨内含子的引物来解决。那么,检测MmiRNA的时候,需要注意RNA中DNA污染的问题么?
两步法,是因为设计引物的时候把退火温度设为酶的工作温度,而且定量PCR的产物都很短,需要的时候都短,所以两步法更方便。三步法的话,花的时间长,不利于快速实验。
一般都是相对量。则用delta delta CT方法来计算。举例如下:
对照组基因A的CT值为20, 内参(比如βactin)CT值15。实验组基因A CT值18,内参CT值14。
首先算加样量:delta CT=15-14=1。2的1次方是2。也就是说实验组的加样量是对照组的2倍。
基因A: delta CT=20-18=2。2的2次方是4。也就是说基因A的量在实验组是对照组的4倍。但是由于加样量是2倍,所以4处以2=2,最后的相对量是2倍。
几点注意:
1。必须确定扩增的特异性
2。 只有相同目标的CT值才能相减(扩增效率有可能不同)
3。 2的某次方只是理论值,实际扩增效率低于2。
4。 最好不用Syber Green
C代表的是cycle,循环数目,T代表的是threshold,阈值。
所以表达量越少的话,需要越多的循环才能扩增出来。也就是CT值越高
另外还有几个问题。就是跑出来的结果RFU居然有负值,这是怎么回事呢?几乎在0附近,但是在溶解曲线求导前的那个曲线。RFU又是从2400+开始下降的,这是为什么呢?
检测指标是:各样品的目的基因和管家基因分别进行Realtime PCR反应。PCR产物与 DNA Ladder在2%琼脂糖凝胶电泳,GoldView染色,检测PCR产物是否为单一特异性扩增条带。
原理:
PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,该探针为一寡核苷酸,两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时,报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收;刚开始时, 探针结合在DNA任意一条单链上;PCR扩增时,Taq酶的5’端-3’端外切酶活性将探针酶切降解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,即每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。
QPCR在实验室中已经非常普及,现在整理一些关于QPCR的相关资料上传,希望对大家有所帮助。
荧光定量PCR技术(FQ-PCR,也称为Real-timePCR)是指在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
荧光定量PCR技术原理及利用.pdf(1473.28k)
这样设想的前提是因为,普通Taq酶也具有5‘-3’外切酶活性,如果可以的话,与普通PCR相比,反应体系需要做什么样的改动呢?
用的是ABI的机器。

