OptimizePCRamplificationoflongDNAampliconsupto40kb
Fast,simpleoptimizationstartingwiththecompletekit- EasilyamplifyDNAtargetsupto40kblong
- ReducePCR-inducederrorsintheselongampliconswiththishighfidelityDNApolymerasemix
TheMasterAmp™Extra-LongPCRKitisacompletesystemforsuccessfulandaccurateone-stepamplificationofDNAsequencesupto~40kb.ThekitcontainstheMasterAmp™Extra-LongDNAPolymeraseMix,aswellasnineMasterAmpExtra-LongPCR2XPreMixeswithdNTPs,buffer,andvaryingamountsofMgCl2andtheMasterAmpPCREnhancerwithBetaine.*
Werecommendfirstusingthecompletekit(Cat.No.MHF9220)totestthedifferentMasterMixExtra-Long2XPreMixes(Step1,Fig.1)witheachnewtemplateandprimersettoidentifythebestperformingone.OnePreMixwillamplifyyourlongtemplateandgiveconsistentresultsinallsubsequentamplifications(Step2,Fig.1).OncetheoptimalPreMixisidentifiedcontinuetousethatcombinationofMasterAmpExtra-Long2XPreMixandDNAPolymeraseforallsubsequentamplificationsusingthattemplateDNAandprimerset.
| Figure1.TwostepstoreliableandconsistentPCRresults. | |
| STEP1.FindtheoptimalMasterAmp™Extra-LongPCRPreMix.PerformPCRwithyourtemplate,primers,andtheninePreMixes. | STEP2.UsethesameMasterAmp™Extra-LongPCRPreMixtoobtainreliable,consistentPCRofthesamesequence. |
![]() | ![]() |
| A.Amplificationofa20-kbregionoflamBDaDNAusingMasterAmp™Extra-LongPCR2XPreMixes(1-9).MasterAmp™Extra-LongPCRPreMix4producedoptimalresults. | B.SubsequentPCRofa20-kblambdaDNAregionwiththesameprimerpairandMasterAmp™PreMix4gaveconsistentresults,usingtheoptimalPreMixdeterminedinStep1. |
![]() | Figure2.Extra-longamplificationoflambdaDNAusingtheMasterAmp™Extra-LongPCRKit.PCRconditionswereoptimizedandMasterAmpPremix4wasselectedforPCRof1ngoflambdaDNAineachsample.Resultswereanalyzedona0.5%agarosegel.Ampliconsizeswere30kb(lane1),35kb(lane2)and40kb(lane3).LaneM,5-KbDNAladder. |
*Coveredbyissuedand/orpendingpatents.
MasterAmp™Extra-LongPCRKit;Purchaseofthisproductincludesanimmunityfromsuitunderpatentsspecifiedintheproductinserttouseonlytheamountpurchasedforthepurchaser"sowninternalresearch.Nootherpatentrights(suchas5´NucleaseProcesspatentrights)areconveyedexpressly,byimplication,orbyestoppel.FurtherinformationonpurchasinglicensesmaybeobtainedbycontactingtheDirectorofLicensing,AppliedBiosystems,850LincolnCentreDrive,FosterCity,California94404,USA.
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组织用Trizol法提取总RNA浓度、纯度都很好,但逆转录后跑PCR,CT值偏高,内参的在22-27之间,目的基因在30-36之间,不知道是怎么回事,如何来解决,求高手赐教。我用的Takara的试剂盒。
在另外的一组管子中,加入已知拷贝数的DNA同时扩增,每个管子中加入的数量是不同的,但是从最小数目到最大数目的这个范围涵盖了样本中DNA拷贝数。
PCR反应完成后,把已知拷贝数DNA的量和PCR荧光Ct值制成标准曲线,再把待测样本的CT值和该标准曲线比对,就可以得到样本中的起始拷贝数了
PCR(聚合酶链式反应)是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链,低温(经常是60°C左右)时引物与单链按碱基互补配对的原则结合,再调温度至DNA聚合酶最适反应温度(72°C左右),DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。
恒温PCR和实时荧光定量PCR的不同,是不同在实时荧光定量PCR的系统中加入了荧光染料(SYBR Green 或Taqman 探针等等)。以SYBR Green为例,这种染料可以结合在双链的DNA上,当PCR不断进行时,每一次退火生成的双链DNA也在增加,荧光染料结合也越多,荧光也越强。在机器中有一个探测荧光的探头,可以定量检测荧光的强度,转换成数值。这样就可以实时记录反映体系中DNA的反应情况。
荧光PCR更有优势,因为荧光PCR灵敏度高于恒温PCR,同样价格也高一些。
跑到还有半小时的时候,跳出一个对话框:“analysiscannotproceed:notenoughsamplesdefined”,最后做出来的结果有扩增曲线但是没有熔解曲线,请各位大神帮忙解释一下。
两步法,是因为设计引物的时候把退火温度设为酶的工作温度,而且定量PCR的产物都很短,需要的时候都短,所以两步法更方便。三步法的话,花的时间长,不利于快速实验。
如果要测量细胞表面2个受体的比率,最好用流式细胞仪来测量
RNA 质量
RNA 质量主要包括RNA的纯度(没有蛋白质和DNA的污染)以及完整性。传统的RNA质量的评价通过分析A260/A280的比值或者对琼脂糖凝胶电泳rRNA的条带的分析。Agilent Bioanalyser/BioRad Experion 微流体毛细电泳系统也是一种较新的分析方法。Agilent的2100也是一种十分好的分析RNA质量的方法,它通过分析18S以及28S rRNA的分析图谱,通过图谱来反应RNA的量和完整性,其完整性通过完整性系数(RIN)来反应。样品的RINs在10-4之间。10代表完整的RNA,4代表没有完整的rRNA带。
由于以上的方法并非100%准确定反应mRNA的完整性,因为他们只是反应rRNA的量来间接测定mRNA的完整性。这里推荐一种方法:采用GAPDH的3’:5’分析法。
我们使用oligo dT进行逆转录,然后对逆转录的cDNA用multiplex荧光定量评价。设计三个taqman探针来定量三种相同大小的扩增产物。探针设计的位点分别位于3’;5’以及中部。扩增产物的之间的比值反应RNA的完整性。如果3’;5’的比值在1,反应较高度完整性,如果高于5说明降解。
QRT-PCR抑制物的组成
QRT-PCR抑制物严重减少了PCR的灵敏度以及热动力学反应,高度的抑制还导致假阴性的结果。
抑制物的来源:生物样品的核酸抽提以及共沉淀中的混合物,盐离子,尿素,血红素,heparin以及IgG.
是否有抑制物的评价体系:
1.通过对目的样品进行梯度稀释进行PCR扩增效率的检测
2.通过内部扩增对照来反应样品处理过程中样本的情况
3.用细菌检测临床样品的抑制
4.通过标准人工合成的扩增进行RT-PCR来反应目标检测物的抑制情况
反转录反应系统
1.RT和PCR单一酶系统
2.RT和PCR分离的酶系统
3.RNA逆转录引物的选择
引物主要有三种:
1.随机引物:随机引物,特别是6nt引物对所有的靶位点不产生十分稳定一致的结果,建议使用15nt的随机引物.
2.oligo-dT:只能用于mRNA完整的样品,特别有polyA .而且对于一些特殊的变异体以及较长的3’UTR的区域比较困难
3.特异引物:最特异最灵敏的方法。特别RNA量足够情况下建议使用此法。
一般都是相对量。则用delta delta CT方法来计算。举例如下:
对照组基因A的CT值为20, 内参(比如βactin)CT值15。实验组基因A CT值18,内参CT值14。
首先算加样量:delta CT=15-14=1。2的1次方是2。也就是说实验组的加样量是对照组的2倍。
基因A: delta CT=20-18=2。2的2次方是4。也就是说基因A的量在实验组是对照组的4倍。但是由于加样量是2倍,所以4处以2=2,最后的相对量是2倍。
几点注意:
1。必须确定扩增的特异性
2。 只有相同目标的CT值才能相减(扩增效率有可能不同)
3。 2的某次方只是理论值,实际扩增效率低于2。
4。 最好不用Syber Green




