
OptimizePCRamplificationoflongDNAampliconsupto40kb
Fast,simpleoptimizationstartingwiththecompletekit
- EasilyamplifyDNAtargetsupto40kblong
- ReducePCR-inducederrorsintheselongampliconswiththishighfidelityDNApolymerasemix
TheMasterAmp™Extra-LongPCRKitisacompletesystemforsuccessfulandaccurateone-stepamplificationofDNAsequencesupto~40kb.ThekitcontainstheMasterAmp™Extra-LongDNAPolymeraseMix,aswellasnineMasterAmpExtra-LongPCR2XPreMixeswithdNTPs,buffer,andvaryingamountsofMgCl2andtheMasterAmpPCREnhancerwithBetaine.*
Werecommendfirstusingthecompletekit(Cat.No.MHF9220)totestthedifferentMasterMixExtra-Long2XPreMixes(Step1,Fig.1)witheachnewtemplateandprimersettoidentifythebestperformingone.OnePreMixwillamplifyyourlongtemplateandgiveconsistentresultsinallsubsequentamplifications(Step2,Fig.1).OncetheoptimalPreMixisidentifiedcontinuetousethatcombinationofMasterAmpExtra-Long2XPreMixandDNAPolymeraseforallsubsequentamplificationsusingthattemplateDNAandprimerset.
Figure1.TwostepstoreliableandconsistentPCRresults. | |
STEP1.FindtheoptimalMasterAmp™Extra-LongPCRPreMix.PerformPCRwithyourtemplate,primers,andtheninePreMixes. | STEP2.UsethesameMasterAmp™Extra-LongPCRPreMixtoobtainreliable,consistentPCRofthesamesequence. |
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A.Amplificationofa20-kbregionoflamBDaDNAusingMasterAmp™Extra-LongPCR2XPreMixes(1-9).MasterAmp™Extra-LongPCRPreMix4producedoptimalresults. | B.SubsequentPCRofa20-kblambdaDNAregionwiththesameprimerpairandMasterAmp™PreMix4gaveconsistentresults,usingtheoptimalPreMixdeterminedinStep1. |
![]() | Figure2.Extra-longamplificationoflambdaDNAusingtheMasterAmp™Extra-LongPCRKit.PCRconditionswereoptimizedandMasterAmpPremix4wasselectedforPCRof1ngoflambdaDNAineachsample.Resultswereanalyzedona0.5%agarosegel.Ampliconsizeswere30kb(lane1),35kb(lane2)and40kb(lane3).LaneM,5-KbDNAladder. |
*Coveredbyissuedand/orpendingpatents.
MasterAmp™Extra-LongPCRKit;Purchaseofthisproductincludesanimmunityfromsuitunderpatentsspecifiedintheproductinserttouseonlytheamountpurchasedforthepurchaser"sowninternalresearch.Nootherpatentrights(suchas5´NucleaseProcesspatentrights)areconveyedexpressly,byimplication,orbyestoppel.FurtherinformationonpurchasinglicensesmaybeobtainedbycontactingtheDirectorofLicensing,AppliedBiosystems,850LincolnCentreDrive,FosterCity,California94404,USA.
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PCR(聚合酶链式反应)是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链,低温(经常是60°C左右)时引物与单链按碱基互补配对的原则结合,再调温度至DNA聚合酶最适反应温度(72°C左右),DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。
恒温PCR和实时荧光定量PCR的不同,是不同在实时荧光定量PCR的系统中加入了荧光染料(SYBR Green 或Taqman 探针等等)。以SYBR Green为例,这种染料可以结合在双链的DNA上,当PCR不断进行时,每一次退火生成的双链DNA也在增加,荧光染料结合也越多,荧光也越强。在机器中有一个探测荧光的探头,可以定量检测荧光的强度,转换成数值。这样就可以实时记录反映体系中DNA的反应情况。
荧光PCR更有优势,因为荧光PCR灵敏度高于恒温PCR,同样价格也高一些。
请教园友:
一般做mRNA表达的时候,需要注意提取的RNA中是否有DNA污染,或者通过设计跨内含子的引物来解决。那么,检测MmiRNA的时候,需要注意RNA中DNA污染的问题么?
荧光定量PCR较普通PCR不同的一点就是可以实时检测PCR扩增产物,从而可进行绝对定量或者相对定量。
荧光定量PCR较普通PCR不同的一点就是可以实时检测PCR扩增产物,从而可进行绝对定量或者相对定量。
一般都是相对量。则用delta delta CT方法来计算。举例如下:
对照组基因A的CT值为20, 内参(比如βactin)CT值15。实验组基因A CT值18,内参CT值14。
首先算加样量:delta CT=15-14=1。2的1次方是2。也就是说实验组的加样量是对照组的2倍。
基因A: delta CT=20-18=2。2的2次方是4。也就是说基因A的量在实验组是对照组的4倍。但是由于加样量是2倍,所以4处以2=2,最后的相对量是2倍。
几点注意:
1。必须确定扩增的特异性
2。 只有相同目标的CT值才能相减(扩增效率有可能不同)
3。 2的某次方只是理论值,实际扩增效率低于2。
4。 最好不用Syber Green
C代表的是cycle,循环数目,T代表的是threshold,阈值。
所以表达量越少的话,需要越多的循环才能扩增出来。也就是CT值越高

