| Enniatin Complexionophore |
Sample solution is provided at 25 µL, 10mM.
Nature.2017 Jan 19;541(7637):417-420.
Nature.2018 Nov;563(7731):407-411.Nature.2018 Jun 13.Nature.2018 Jun 27.Nature.2018 Mar 29;555(7698):673-677.Nature.2017 Sep 7;549(7670):96-100.Nature.2016 Apr 21;532(7599):398-401.
Science.2016 Aug 5;353(6299)594-8Nat Nanotechnol.2017 Dec;12(12):1190-1198.Nature Biotechnology.2017 Jun;35(6):569-576Nat Med.2018 Sep 17.Cell.2018 Dec 21. pii: S0092-8674(18)31561-7.Cell.Available online 25 October 2018.Cell.2018 Sep 27. pii: S0092-8674(18)31183-8.Cell.2018 Jun 28;174(1):172-186.e21.Cell.2018 Feb 22;172(5):1007-1021.e17.Cell.2017 Nov 30;171(6):1284-1300.e21.Cell.2017 Aug 17. pii: S0092-8674(17)30869-3.Cell.2017 Jul 13;170(2):312-323Nat Med.2018 Jan 29.Nat Med.2017 Nov;23(11):1342-1351.Cell.2017 Apr 6;169(2):286-300.Cell.2015 Aug 27;162(5):987-1002.Cell.2015 Feb 12;160(4):729-44.Nature Medicine.2017 Apr;23(4):493-500.Cancer Cell.2018 May 14;33(5):905-921.e5.Cancer Cell.2018 Apr 9;33(4):752-769.e8.Cancer Cell.2018 Mar 12;33(3):401-416.e8.Cancer Cell.2017 Aug 14;32(2):253-267.e5.Nat Methods.2018 Jul;15(7):523-526.Cell Stem Cell.2018 May 3;22(5):769-778.e4.Cell Stem Cell.2017 Nov 20. pii: S1934-5909(17)30375-2.Quality Control & MSDS
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Chemical structure
Enniatin Complex Dilution Calculator
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Enniatin Complex Molarity Calculator
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| Cas No. | 11113-62-5 | SDF | Download SDF |
| Synonyms | N/A | ||
| Chemical Name | (3S,6R,9S,12R,15S,18R)-3,6,9,12,15,18-hexaisopropyl-4,10,16-trimethyl-1,7,13-trioxa-4,10,16-triazacyclooctadecane-2,5,8,11,14,17-hexaone compound with (3S,6R,9S,12R,15S,18R)-3,9,15-tri((R)-sec-butyl)-6,12,18-triisopropyl-4,10,16-trimethyl-1,7,13-trioxa-4, | ||
| Canonical SMILES | O=C(O[C@H](C(C)C)C(N([C@H](C(O[C@@H](C(N([C@H](C(O[C@@H]1C(C)C)=O)C(C)C)C)=O)C(C)C)=O)C(C)C)C)=O)[C@H](C(C)C)N(C)C1=O.O=C(O[C@H](C(C)C)C(N([C@H](C(O[C@@H](C(N([C@H](C(O[C@@H]2C(C)C)=O)[C@@H](CC)C)C)=O)C(C)C)=O)[C@H](C)CC)C)=O)[C@H]([C@@H](CC)C)N(C)C2 | ||
| Formula | C33H57N3O9 (for B) | M.Wt | 639.8 |
| Solubility | Soluble in DMSO | Storage | Store at -20°C |
| Physical Appearance | A white powder | Shipping Condition | Evaluation sample solution : ship with blue ice.All other available size:ship with RT , or blue ice upon request |
| General tips | For obtaining a higher solubility , please warm the tube at 37 ℃ and shake it in the ultrasonic bath for a while.Stock solution can be stored below -20℃ for several months. | ||
Enniatins, analogues of beauvericin, is a regular cyclic hexadepsipeptide isolated from Fusarium species of fungis, also they have been isolated from other genera, such as Verticillium and Halosarpheia [1]. They have been involved in many biological activities, such as antiinsectan, antifungal, antibiotic and cytotoxic [1].
In vitro: Fusafungine is a mixture of several enniatins with bacteriostatic activity against most micro-organisms responsible for infections and superinfections of the respiratory tract. Fusafungine has been developed for treatment of upper respiratory tract infections by oral and/or nasal inhalation. Fusafungine in low concentrations down-regulated the expression of intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) by activated macrophages, inhibited the production of the proinflammatory cytokines IL-1, TNFα and IL-6 and inhibited the release of oxygen free radicals by inflammatory macrophages without altering their phagocytic activity. Fusafungine also inhibited T-cell activation and proliferation, and the synthesis of IFN-γ by activated T cells [2]. Exposure 8 h to Enniatins at nanomolar concentrations significantly stimulated cell proliferation. At low micromolar concentrations, enniatins exihibited profound apoptosis-inducing effects against various human cancer cell types. In the fluorescence-activated cell sorting analysis, Enniatins induced cell cycle arrest in the G0/G1 phase. In human cancer cells, elevated ENN concentrations induced profound p53-dependent cytostatic and p53-independent cytotoxic activities [3]. Enniatin easily incorporated into the cell membrane in which it formed cation-selective pores [4].
References:[1] Sy-Cordero A A, Pearce C J, Oberlies N H. Revisiting the enniatins: a review of their isolation, biosynthesis, structure determination and biological activities[J]. The Journal of antibiotics, 2012, 65(11): 541-549.[2] German-Fattal M. Fusafungine, an antimicrobial with anti-inflammatory properties in respiratory tract infections[J]. Clinical Drug Investigation, 2001, 21(9): 653-670.[3] Dornetshuber R, Heffeter P, Kamyar M R, et al. Enniatin exerts p53-dependent cytostatic and p53-independent cytotoxic activities against human cancer cells[J]. Chemical research in toxicology, 2007, 20(3): 465-473.[4] Kamyar M, Rawnduzi P, Studenik C R, et al. Investigation of the electrophysiological properties of enniatins[J]. Archives of biochemistry and biophysics, 2004, 429(2): 215-223.
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组织用Trizol法提取总RNA浓度、纯度都很好，但逆转录后跑PCR，CT值偏高，内参的在22-27之间，目的基因在30-36之间，不知道是怎么回事，如何来解决，求高手赐教。我用的Takara的试剂盒。
在另外的一组管子中，加入已知拷贝数的DNA同时扩增，每个管子中加入的数量是不同的，但是从最小数目到最大数目的这个范围涵盖了样本中DNA拷贝数。
PCR反应完成后，把已知拷贝数DNA的量和PCR荧光Ct值制成标准曲线，再把待测样本的CT值和该标准曲线比对，就可以得到样本中的起始拷贝数了
PCR(聚合酶链式反应）是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链，低温（经常是60°C左右）时引物与单链按碱基互补配对的原则结合，再调温度至DNA聚合酶最适反应温度（72°C左右），DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。
恒温PCR和实时荧光定量PCR的不同，是不同在实时荧光定量PCR的系统中加入了荧光染料（SYBR Green 或Taqman 探针等等）。以SYBR Green为例，这种染料可以结合在双链的DNA上，当PCR不断进行时，每一次退火生成的双链DNA也在增加，荧光染料结合也越多，荧光也越强。在机器中有一个探测荧光的探头，可以定量检测荧光的强度，转换成数值。这样就可以实时记录反映体系中DNA的反应情况。
荧光PCR更有优势，因为荧光PCR灵敏度高于恒温PCR，同样价格也高一些。
跑到还有半小时的时候，跳出一个对话框：“analysiscannotproceed:notenoughsamplesdefined”，最后做出来的结果有扩增曲线但是没有熔解曲线，请各位大神帮忙解释一下。
两步法，是因为设计引物的时候把退火温度设为酶的工作温度，而且定量PCR的产物都很短，需要的时候都短，所以两步法更方便。三步法的话，花的时间长，不利于快速实验。
如果要测量细胞表面2个受体的比率，最好用流式细胞仪来测量
RNA 质量
RNA 质量主要包括RNA的纯度（没有蛋白质和DNA的污染）以及完整性。传统的RNA质量的评价通过分析A260/A280的比值或者对琼脂糖凝胶电泳rRNA的条带的分析。Agilent Bioanalyser/BioRad Experion 微流体毛细电泳系统也是一种较新的分析方法。Agilent的2100也是一种十分好的分析RNA质量的方法，它通过分析18S以及28S rRNA的分析图谱，通过图谱来反应RNA的量和完整性，其完整性通过完整性系数（RIN）来反应。样品的RINs在10-4之间。10代表完整的RNA，4代表没有完整的rRNA带。
由于以上的方法并非100%准确定反应mRNA的完整性，因为他们只是反应rRNA的量来间接测定mRNA的完整性。这里推荐一种方法：采用GAPDH的3’：5’分析法。
我们使用oligo dT进行逆转录，然后对逆转录的cDNA用multiplex荧光定量评价。设计三个taqman探针来定量三种相同大小的扩增产物。探针设计的位点分别位于3’；5’以及中部。扩增产物的之间的比值反应RNA的完整性。如果3’；5’的比值在1，反应较高度完整性，如果高于5说明降解。
QRT-PCR抑制物的组成
QRT-PCR抑制物严重减少了PCR的灵敏度以及热动力学反应，高度的抑制还导致假阴性的结果。
抑制物的来源：生物样品的核酸抽提以及共沉淀中的混合物，盐离子，尿素，血红素，heparin以及IgG.
是否有抑制物的评价体系：
1.通过对目的样品进行梯度稀释进行PCR扩增效率的检测
2.通过内部扩增对照来反应样品处理过程中样本的情况
3.用细菌检测临床样品的抑制
4.通过标准人工合成的扩增进行RT-PCR来反应目标检测物的抑制情况
反转录反应系统
1.RT和PCR单一酶系统
2.RT和PCR分离的酶系统
3.RNA逆转录引物的选择
引物主要有三种：
1.随机引物：随机引物，特别是6nt引物对所有的靶位点不产生十分稳定一致的结果，建议使用15nt的随机引物.
2.oligo-dT：只能用于mRNA完整的样品，特别有polyA .而且对于一些特殊的变异体以及较长的3’UTR的区域比较困难
3.特异引物：最特异最灵敏的方法。特别RNA量足够情况下建议使用此法。
一般都是相对量。则用delta delta CT方法来计算。举例如下：
对照组基因A的CT值为20， 内参（比如βactin)CT值15。实验组基因A CT值18，内参CT值14。
首先算加样量：delta CT=15-14=1。2的1次方是2。也就是说实验组的加样量是对照组的2倍。
基因A: delta CT=20-18=2。2的2次方是4。也就是说基因A的量在实验组是对照组的4倍。但是由于加样量是2倍，所以4处以2=2，最后的相对量是2倍。
几点注意：
1。必须确定扩增的特异性
2。 只有相同目标的CT值才能相减（扩增效率有可能不同）
3。 2的某次方只是理论值，实际扩增效率低于2。
4。 最好不用Syber Green
