The Retro-X qRT-PCR Titration Kit provides a fast and simple method for measuring retrovirus titer. The kits use a quick RNA purification step before quantifying the number of retroviral genome copies using qRT-PCR and TB Green technologies.
The Retro-X qRT-PCR Titration Kit provides a fast and simple method for measuring retrovirus titer. The kits use a quick RNA purification step before quantifying the number of retroviral genome copies using qRT-PCR and TB Green technologies.
Rapid determination of retroviral titer
Whereas traditional titration methods require up to 10 days to complete, these titration kits require only 4 hours and work with all MMLV-based retroviral vectors (not MSCV). Using qRT-PCR dramatically shortens the time interval between viral harvest and target-cell infection, allowing you to perform both on the same day.
Achieve consistent retroviral transductions
A major advantage of retroviral gene-delivery systems is the ability to control the level of gene expression by adjusting the multiplicity of infection (MOI) to dictate the number of viral genomes that enter your target cells. These titration kits allow you to make a rapid correlation between the retroviral copy number and retroviral infectivity in your cell type and ultimately allow you to control the expression level between experiments.
How it works
The qRT-PCR procedure entails subjecting serial dilutions of your sample and a control RNA of known copy number (provided) to one-step qRT-PCR. The retroviral copy number contained in your sample can then be determined by comparing its Ct value to the standard curve.
RNA purification and DNase I treatment steps are critical to the protocol so even viruses packaged using transient transfections, which always contain residual plasmid DNA, can be accurately quantified using this kit.
ebiomall.com
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
组织用Trizol法提取总RNA浓度、纯度都很好，但逆转录后跑PCR，CT值偏高，内参的在22-27之间，目的基因在30-36之间，不知道是怎么回事，如何来解决，求高手赐教。我用的Takara的试剂盒。
在另外的一组管子中，加入已知拷贝数的DNA同时扩增，每个管子中加入的数量是不同的，但是从最小数目到最大数目的这个范围涵盖了样本中DNA拷贝数。
PCR反应完成后，把已知拷贝数DNA的量和PCR荧光Ct值制成标准曲线，再把待测样本的CT值和该标准曲线比对，就可以得到样本中的起始拷贝数了
PCR(聚合酶链式反应）是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链，低温（经常是60°C左右）时引物与单链按碱基互补配对的原则结合，再调温度至DNA聚合酶最适反应温度（72°C左右），DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。
恒温PCR和实时荧光定量PCR的不同，是不同在实时荧光定量PCR的系统中加入了荧光染料（SYBR Green 或Taqman 探针等等）。以SYBR Green为例，这种染料可以结合在双链的DNA上，当PCR不断进行时，每一次退火生成的双链DNA也在增加，荧光染料结合也越多，荧光也越强。在机器中有一个探测荧光的探头，可以定量检测荧光的强度，转换成数值。这样就可以实时记录反映体系中DNA的反应情况。
荧光PCR更有优势，因为荧光PCR灵敏度高于恒温PCR，同样价格也高一些。
跑到还有半小时的时候，跳出一个对话框：“analysiscannotproceed:notenoughsamplesdefined”，最后做出来的结果有扩增曲线但是没有熔解曲线，请各位大神帮忙解释一下。
两步法，是因为设计引物的时候把退火温度设为酶的工作温度，而且定量PCR的产物都很短，需要的时候都短，所以两步法更方便。三步法的话，花的时间长，不利于快速实验。
如果要测量细胞表面2个受体的比率，最好用流式细胞仪来测量
RNA 质量
RNA 质量主要包括RNA的纯度（没有蛋白质和DNA的污染）以及完整性。传统的RNA质量的评价通过分析A260/A280的比值或者对琼脂糖凝胶电泳rRNA的条带的分析。Agilent Bioanalyser/BioRad Experion 微流体毛细电泳系统也是一种较新的分析方法。Agilent的2100也是一种十分好的分析RNA质量的方法，它通过分析18S以及28S rRNA的分析图谱，通过图谱来反应RNA的量和完整性，其完整性通过完整性系数（RIN）来反应。样品的RINs在10-4之间。10代表完整的RNA，4代表没有完整的rRNA带。
由于以上的方法并非100%准确定反应mRNA的完整性，因为他们只是反应rRNA的量来间接测定mRNA的完整性。这里推荐一种方法：采用GAPDH的3’：5’分析法。
我们使用oligo dT进行逆转录，然后对逆转录的cDNA用multiplex荧光定量评价。设计三个taqman探针来定量三种相同大小的扩增产物。探针设计的位点分别位于3’；5’以及中部。扩增产物的之间的比值反应RNA的完整性。如果3’；5’的比值在1，反应较高度完整性，如果高于5说明降解。
QRT-PCR抑制物的组成
QRT-PCR抑制物严重减少了PCR的灵敏度以及热动力学反应，高度的抑制还导致假阴性的结果。
抑制物的来源：生物样品的核酸抽提以及共沉淀中的混合物，盐离子，尿素，血红素，heparin以及IgG.
是否有抑制物的评价体系：
1.通过对目的样品进行梯度稀释进行PCR扩增效率的检测
2.通过内部扩增对照来反应样品处理过程中样本的情况
3.用细菌检测临床样品的抑制
4.通过标准人工合成的扩增进行RT-PCR来反应目标检测物的抑制情况
反转录反应系统
1.RT和PCR单一酶系统
2.RT和PCR分离的酶系统
3.RNA逆转录引物的选择
引物主要有三种：
1.随机引物：随机引物，特别是6nt引物对所有的靶位点不产生十分稳定一致的结果，建议使用15nt的随机引物.
2.oligo-dT：只能用于mRNA完整的样品，特别有polyA .而且对于一些特殊的变异体以及较长的3’UTR的区域比较困难
3.特异引物：最特异最灵敏的方法。特别RNA量足够情况下建议使用此法。
一般都是相对量。则用delta delta CT方法来计算。举例如下：
对照组基因A的CT值为20， 内参（比如βactin)CT值15。实验组基因A CT值18，内参CT值14。
首先算加样量：delta CT=15-14=1。2的1次方是2。也就是说实验组的加样量是对照组的2倍。
基因A: delta CT=20-18=2。2的2次方是4。也就是说基因A的量在实验组是对照组的4倍。但是由于加样量是2倍，所以4处以2=2，最后的相对量是2倍。
几点注意：
1。必须确定扩增的特异性
2。 只有相同目标的CT值才能相减（扩增效率有可能不同）
3。 2的某次方只是理论值，实际扩增效率低于2。
4。 最好不用Syber Green
