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Agdia/AmplifyRP® XRT+ for Xf//EA/XCS 34501/0048
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Agdia/AmplifyRP® XRT+ for Xf//EA/XCS 34501/0048
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Agdia
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XCS34501/0048
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Test Label: Biotin labeled primer / FAM probeTest Format: AmplifyRP® XRT+

Xylella fastidiosa (Xf) is the causal agent of disease in multiple crops including Pierce"s disease in grape, citrus variegated chlorosis (CVC), almond leaf scorch disease and olive quick decline syndrome.Severe Xf infections can decimate entire crops and cause enormous financial losses to growers.

AmplifyRP XRT+ for Xf is an isothermal DNA amplification and detection system that offers unrivaled detection capabilities in an easy-to-use testing format.It is highly specific and offers equivalent, or better, sensitivity as published PCR methods while eliminating laborious and costly nucleic acid extractions.Prior molecular diagnostic experience is not required toperform AmplifyRP XRT+ tests.

XRT+ is our most flexible AmplifyRP platform and offers the option of either real-time detection (Image 2) or end-point detection (Image 3).Real-time detection is completed using the field deployable (battery operated) AmpliFire fluorometer.Assay parameters are loaded via barcode and results are automatically displayed as ( + ) or ( - ).

End-point detection can alternatively be completed by performing the amplification step in a small 42°C heat block followed by amplicon detection using an Amplicon detection chamber (sold separately).

Limit of Detection (LOD): 22 copies of Xf genomic DNA per reaction.

Specificity: No known cross-reactions to other pathogens

Total Assay Time: Less than 30 minutes when used with the AmpliFire as a real-time assay.Less than 45 minutes when used with the Amplicon Detection Chamber as an end-point assay.

  • Technical Information
  • Includes
  • Includes:

    • XRT+ reaction pellets for Xf (48)
    • PD1 Pellet diluent (55 mL)
    • Amp1 extraction buffer (3 x 55 mL)
    • Micro centrifuge tubes (50)
    • Mesh extraction bags (50)
    • User Guide
    If you plan to use this assay as a real-time assay you will need to purchase the following items separately:
    • AmpliFire Isothermal Fluorometer
    If you plan to use this assay as a end-point detection assay you will need to purchase the following items separately:
    • AmplifyRP Acceler8 starter pack
    • Amplicon detection chambers
    • Disposable transfer pipettes (optional if you don"t have laboratory pipettes)
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    2013年6月21日在上海举行的“第二代基因工程酶与二代测序技术专题研讨会”圆满的落下了帷幕。此次活动是由美国KAPABiosystems公司,上海希匹吉生物技术有限公司与生物360携手举办的一次全球最新DNA聚合酶开发技术与二代测序技术讲座,同时也是美国KAPABiosystems公司第1次在中国上海举办技术研讨会。本次活动为期半天,在学术气氛浓厚的中科院上海生命科学信息中心隆重召开。来自KAPABiosyst... 查看更多>
    高通量台式二代测序仪是由北京安麦格贸易有限公司代理或销售的Illumina品牌的仪器,产品来源于美国。北京安麦格贸易有限公司是中国最权威的高通量台式二代测序仪销售服务商之一,在北京等地方销售高通量台式二代测序仪已经多年。同时,生物在线为您提供众多企业高通量台式二代测序仪仪器产品及图片,以便挑选到性价比高,合适的高通量台式二代测序仪产品 查看更多>
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    第二代DNA测序技术 查看更多>
    2021-09-07
    “微小残留病 (Minimal Residual Disease, MRD) 是指白血病/淋巴瘤/骨髓瘤患者经治疗缓释后,体内仍残留少量癌细胞的状态,其最终可能会引起疾病复发。因残留的癌细胞数量较少,不易察觉,所以需要一个更灵敏的MRD检测手段,这是实现个体化治疗的重要步骤。”围绕微小残留病(MRD)检测的争议之一是其评估的最佳技术。纽约纪念斯隆凯特琳癌症中心的Landgren教授在2017年美国血液学会(ASH)年会中接受采访,就MR... 查看更多>
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    高通量二代测序系统是由北京安麦格贸易有限公司代理或销售的Illumina品牌的仪器,产品来源于美国。北京安麦格贸易有限公司是中国最权威的高通量二代测序系统销售服务商之一,在北京等地方销售高通量二代测序系统已经多年。同时,生物在线为您提供众多企业高通量二代测序系统仪器产品及图片,以便挑选到性价比高,合适的高通量二代测序系统产品 查看更多>
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    【易文献】亲,酒虽好,千万不要和microRNA一起用哦! 来源: 查看手机网址扫一扫!扫一扫! ... 查看更多>
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    构建重组质粒,在pSET4S质粒上插入一段基因的上下游同源臂,双酶切验证正确,同时以重组质粒为模板PCR扩增插入的片段,均与阳性对照一致,但测序结果进行NCBI比对,发现插入的一段序列不正确。而且这个重组质粒曾经构建出来过,因其中一个碱基突变所以重新构建,使用了primestar重新构建却总是测序不正确或者酶切不正确
    1.TaqMan探针法 针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光。通常用于少量SNP位点分析。
    2.SNaPshot法 该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪检测后,根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点,根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析。
    在基因组研究领域,人们对数据的可信度有一个基本的要求:单个碱基越准确越好,对单个碱基的覆盖深度越多倍越好,对整个基因组测得越完整越好,测序的“缺口(Gap)”越少越好。

      以这些标准看,目前的基因组测序结果,还没有一个是完美的。
    人类基因组:缺点在哪里?
      首先,人类基因组还不够精确。人是“二倍体”,也就是有一半遗传物质来自父亲,一半遗传物质来自母亲,且在受精卵形成过程中,还会发生基因重组,这是人类遗传多样性的来源之一。科学家们需要更精确的“单倍型”数据,这样基因组才够“完美”,而这种“完美”正是研究者们追求的目标。
      其次,人类基因组还不够多元。
      按照传统的人种分类,人类按照肤色黑白黄棕,被粗分为四大类:尼格罗人种、高加索人种、蒙古人种、澳大利亚人种。基因组测序数据是从高加索人种开始的,人类基因组计划是人类的标准参考基因组,也是高加索人种的标准参考基因组。文特尔的基因组,测序对象是他自己,同样是高加索人种。
      然而,从基因组研究的角度,为了尽可能地包括各种遗传背景,需要为更多族裔建立自己的参考基因组。

    资料来源:http://www.mv163.cn/jkgl/news/2015/1224/5227.html
    没有专门的“测序酶”的说法。
    你所说的“测序酶”在一般情况下就是“聚合酶”。
    因为目前的的测序方法主要就是借助聚合反应。
    当然,有些测序方法(比如曾经的SOLiD系统)是利用连接反应,那么它用的“测序酶”肯定是连接酶。
    估计,也就是这个原因有人把它。

    两个基因大小分别230kb和450kb,酶切后,450kb的有目的条带,但很弱,230kb的质粒条带亮,其下方有一很微弱条带,用的酶分别是:Ncol和Spel体系是(Takara,两个酶切体系不同,用的官网推荐体系):

    NcoI1μl

    Spel1μl

    10×KBuffer2μl
    0.1%BSA2μl
    DNA3ul
    灭菌水upto20μl37℃4h电泳1h

    1.TaqMan探针法 针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光。通常用于少量SNP位点分析。
    2.SNaPshot法 该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪检测后,根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点,根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析。
    3.HRM法 高分辨率熔解曲线分析(HRM)是近几年兴起的SNP研究工具,它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况,来判断是否存在SNP,而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形,因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限,无需序列特异性探针,在PCR结束后直接运行高分辨率熔解,即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针,操作简便、快速,成本低,结果准确,并且实现了真正的闭管操作。
    4.Mass Array法 MassARRAY分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具,通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDI-TOF-MS技术相结合,实现基因分型检测。基于MassARRAY平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高达40重的PCR反应和基因型检测,实验设计灵活,分型结果准确性高。根据应用需要,对数十到数百个SNP位点进行数百至数千份样本检测时,MassARRAY具有最佳的性价比,特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证,或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。
    5.Illumina BeadXpress法 采用Illumina公司的BeadXpress系统进行批量SNP位点检测,可以同时检测1-384个SNP位点,往往用于基因组芯片结果确认,适合高通量检测。微珠芯片具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点,极高的集成密度,从而获得极高的检测筛选速度,在高通量筛选时可显著降低成本。向左转|向右转
    SNP数据构建系统进化树123
    爆儿███2b揯2017-10-02
    1.TaqMan探针法 针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光。通常用于少量SNP位点分析。
    2.SNaPshot法 该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪检测后,根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点,根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析。
    蛋白质的酶水解过程研究123
    ℡欠诚灬2017-10-03
    ●目前用于蛋白质肽链断裂的蛋白水解酶(proteolytic enzyme)或称蛋白酶(proteinase)已有十多种。
    ●应用酶水解多肽不会破坏氨基酸,也不会发生消旋化。水解的产物为较小的肽段。向左转|向右转
    1.TaqMan探针 针染色体同SNP位点别设计PCR引物TaqMan探针进行实荧光PCR扩增探针5’-端3’-端别标记报告荧光基团淬灭荧光基团溶液存PCR产物该探针与模板退火即产适合于核酸外切酶性底物探针5’-端连接荧光探针切割破坏两荧光间PRET发荧光通用于少量SNP位点析
    2.SNaPshot 该技术由美应用物公司(ABI)发基于荧光标记单碱基延伸原理型技术称测序主要针等通量SNP型项目含测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临态位点5’-端同度延伸引物PCR产物模板反应体系引物延伸碱基即终止经ABI测序仪检测根据峰移位置确定该延伸产物应SNP位点根据峰颜色知掺入碱基种类确定该本基型于PCR产物模板通重PCR反应体系获通用于10-30SNP位点析

    1、目的基因与质粒载体(pET21b)双酶切连接,转DH5a感受态细胞,挑取单菌落,菌落PCR可以P出目的条带(引物是pET21b载体上设计的),扩大培养,提取质粒,但是双酶切只有一条带,测序显示目的基因已连在载体上,双酶切了很多次,都切不出来目的条带,也不是酶切体系(20-100ul都尝试过)和酶切时间(3-4h,过夜都试过)的问题。

    求高手指点,到底哪里出问题了!!!

    利用NheI和HindIII双酶切插入目的片段,为什么双酶切有目的片段和切开的质粒,测序却没有?

    并且测序后在NheI位点后的序列变成了-GGCTAGGTAC-Kpn位点(CGTTTAAACTTAAGCTTG消失。之前和之后的序列都相符),之间的怎么都没了?

    PCR程延伸阶段温度升72摄氏度左右高温度所溶液四种脱氧核苷酸需要耐高温Taq DNA聚合酶作用据碱基互补配原则合新DNA链