该软件可用于常规的影像分析，免疫荧光和免疫组化中组织细胞和染色的组织切片中的生物形态分析，组织培养和具有与流式细胞相似的工作台的细胞培养。该软件可以显示单个细胞，多细胞结构和宏观生物形态的特点的多种测量参数通过散点图上的蜂窝数据。以阴性对照为基础的不同分析背景上的cut－off值可以被设定以确定阴阳细胞比例，结构等。圈选功能可以确定感兴趣区域亚细胞的特点。数字化玻片中的细胞和结构及其相关数据利用正反向回溯功能可以变得更加直观。多重预设定工作流能够通过根据用户要求制定的TG影相分析条款实现。
该软件支持TG扫描器扫描的玻片分析，但是同时也支持市面上大多数来源于显微镜的玻片扫描器扫描的多种格式的图片。
基于图片分析的艺术
StrataQuest是TG中最全面的分析软件。该软件能够自动检测数字玻片上任意细胞结构并将检测到的物体进行详尽的定量分析。对于临床方面的研究和专门研究图像来说，该软件同样是一个理想的程序。
这款新的程序可以分析免疫荧光和免疫组化两种玻片。对于荧光分析，可以适用程序自带的通道进行明场中颜色的处理和暗场中荧光的补偿。
表皮和间质组织中CD3阳性细胞的表达
初始状态：维也纳大学医学院临床研究的一个被CD3阳性细胞染色的前列腺部分的样本。该课题的目的是进行T-cells分布的分析。
组织检测：组织分析的第一步是对组织边界和空穴进行自动检测识别。
所有细胞核的虚拟通道
在下一步中图像的颜色会被分成蓝色和棕色然后细胞核会被检测出。
上皮细胞核的Heat图
通过细胞核（蓝色）的形态特征来区分细胞亚群，进而产生相应的热点图
上皮部分的膜
小型对象的heat图很清晰，然后以此为基础上皮细胞和肿瘤细胞的膜产生。
上皮细胞的间距测量
被检测的上皮细胞组织被用于分析，所有CD3细胞的间距都被测量。上皮细胞的T细胞测量区域被确定以间距为0-25um为范围，25-50um和50-75um。
结果数据：
组织部分/上皮部分/细胞间距部分/上皮细胞部分的%CD3+/上皮细胞部分的%CD3+在1-25um范围/上皮细胞部分的%CD3+在25-50um范围/上皮细胞部分的%CD3+ 在50-70um范围/T细胞的CD3强度/上皮细胞部分T细胞的CD3强度/上皮细胞的T细胞CD3强度和它们间距的关系。
详细视图
TG介绍组织生态学
在一个较大的器官中，一个功能正常的细胞只是一个小的细胞单元的一个成员。它的发展和分化与母细胞和相邻细胞所决定。因此，在细胞所处的具体环境中进行分析是很重要的。
针对组织中细胞实际情况中的特点StrataQuest包含特殊的图像处理工具。区别于间距测量的是，特殊的图像处理工具有确定具体细胞联系的功能。
90种抗原+被检测的生物形态结构+确定的细胞类型中，我们可以得到什么？
MELC是一种多重染色技术，每次染色都有染色、成像、漂白的过程。每一个染色过程都能够利用一种抗体在一种不同的蛋白质中。结果呈现同一样本中多种蛋白质分布的集合的图像。StrataQuest对于补充数据比较多的自动图像分析是一个理想的工具。患者黑素瘤的皮肤细胞MELC的样本被分析。
该课题的目的是量化所有90蛋白质在melan-A阳性黑素瘤细胞的周围的表达。部分运行步骤和结构列出。
StrataQuest生物形态的染色在基质和肿瘤方面的检测
StrataQuest的主要优势之一是能够只根据生物形态染色来划分生物结构。
在以下的案例中该软件被用于检测在被免疫组化染色的肿瘤样品的肿瘤间部分基质较薄的区域以便对CD8+ T细胞进行苏木精复染色。复染色被利用在基质的检测中。
基质部分只需利用hemalaun复染色被检测，17.3%的样本是基质（橘色外框）。22%的CD8+ T细胞存在基质部分（绿色）。
血管中肿瘤细胞的间距
该软件的细胞形态分析功能也能够应用于免疫荧光样本中。例如，肿瘤区域能够用特异的anti-cytokeratin+cells进行检测。血管组织用anti-CD31特异染色进行检测。血管中肿瘤部分的细胞间距也能够被测量。基本的分析步骤如下：
结果：血管组织中肿瘤细胞的数目及每个细胞间的距离都会呈现出来：0～50μm：6.988/52%；50-100μm：3.483/26%；100～150μm：1.845/14%。
单个细胞的获取和细胞群簇的特性
StrataQuest可以提供双重的功能。一种是视觉上分离然后处理特殊的细胞类型，比如利用TissueFAXS扫描得到的。另一种是，检测和分析相对大的器官中的细胞亚群。群簇通过特殊的中央细胞和其它的群簇细胞的间距和可见的特殊染色类型被确定。
以下图像描述了两种工作流程的主要部分在被DAPI，FOXP3，CD25和CD4的结肠样本中。
