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Signalchem/MDM4 siRNA Set I/20 nmol/M47-911-20
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Signalchem/MDM4 siRNA Set I/20 nmol/M47-911-20
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Signalchem
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M47-911-20
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Overview:

MDM4 is a nuclear protein that contains a p53 binding domain at the N-terminus and a RING finger domain at the C-terminus. MDM4 shows structural similarity to p53-binding protein MDM2 and both proteins bind the p53 tumor suppressor protein and inhibit its activity. However, unlike MDM2, MDM4 does not cause nuclear export or degradation of p53. Instead, MDM4 inhibits p53 activity by binding to the transcriptional activation domain of p53. MDM4 is overexpressed in a variety of human cancers (1). Expression level of MDM4 is significantly higher in chronic lymphocytic leukemia. MDM4 is a specific chemotherapeutic target for treating retinoblastoma (2).

Gene Aliases:

DKFZp781B1423; HDMX; MDMX; MGC132766; MRP1

Genbank Number:

NM_002393

References:

1. Parant, J.et.al: Rescue of embryonic lethality in Mdm4-null mice by loss of Trp53 suggests a nonoverlapping pathway with MDM2 to regulate p53. Nature Genet. 29: 92-95, 2001. 2. Laurie, N. A. et.al: Inactivation of the p53 pathway in retinoblastoma. Nature 444: 61-66, 2006.

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《高新技术科普丛书:RNA干扰技术》系统阐述RNA干扰技术原理及在各领域的应用,内容包括RNA干扰技术的发现史、基本原理、基本技术,RNA干扰技术用于基因与基因组功能研究、用于药物靶点的确认、用于治疗药物的研发,以及各类天然的siRNA与miRNA简介。... 查看更多>
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近日美国生物技术公司Alnylam宣布叫停revusiran的三期临床开发。revusiran作为RNAi疗法首个进入临床阶段的治疗性药物,它的失利是该领域面临的又一沉重打击。 查看更多>
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  RNAi技术先驱Cell子刊:优化RNAi新工具RNAi是在20世纪90年代末发现的一种自然生物学机制,指的是一些短RNA分子结合并“干扰”了包含蛋白质生成指令的一些基因所发送的信息。这样的干扰可以阻止基因表达。除帮助调控基因表达,在包括人类在内的许多物种中RNAi信号通路还保护了基因组对抗寄生病毒及转座子。自2000年代中期科学家们开始利用RNAi以来,它提供了一种人为“抑制”特异基因表达的途经。例如,通过在小鼠一类的模型生物体中... 查看更多>
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书中对RNA 干扰的理论系统、技术体系及应用研究进行整体的构思,以该领域最新的研究成果为基础,除了双链RNA干扰之外,重点突出了对新发现的微小RNA(miR NA)进展的描述,从而全面系统地描述了RNA干扰;结合作者实验中的研究经验,系统地介绍了当今RNA干扰在多种生物体系中研究的实用技术方法。... 查看更多>
1.化学合成siRNA项目服务RNAi双链设计:客户需要与我们共同讨论实验方案,并提供靶基因名称、序列或GeneBankID等。siRNA合成根据客户要求可进一步转染哺乳动物细胞;检测抑制效果:荧光定量PCR检测mRNA表达情况、WesternBlot检测蛋白表达情况。提供实验报告:siRNA序列、构建载体的测序报告;荧光定量PCR检测报告、WesternBlot图片等。 查看更多>
研究人员描述了一种能克服ELISA试剂盒问题的新方法。这种被称为siPools的低成本方法,能够简单而精确的生成含有多达60种siRNA的混合物,将脱靶效应降低到检出限以下。据介绍,siPools的关键一步是,设计针对同一个基因的几十种siRNA,并将这些序列结合到一个DNA模板上,不同siRNA序列之间以短序列相连。这些模板经过转录、退火和酶切就能生成成分明确的siRNA混合物。(延伸阅读:如何优化你的RNAi)为了验证siPools 查看更多>
书中对RNA 干扰的理论系统、技术体系及应用研究进行整体的构思,以该领域最新的研究成果为基础,除了双链RNA干扰之外,重点突出了对新发现的微小RNA(miR NA)进展的描述,从而全面系统地描述了RNA干扰;结合作者实验中的研究经验,系统地介绍了当今RNA干扰在多种生物体系中研究的实用技术方法。... 查看更多>
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新手上路,请大家多多关照,我是一名研究生,现在正在做RNA干扰方面的实验,可是却不知道RNA干扰的具体步骤,需要什么试剂,在网上查了半天也查不到,所以到这里来求助各位前辈,希望各位以前做过或者现在正在做这方面研究的前辈们能给指点一下迷津,在此谢谢了。
欲研究某基因的功能,只知道现在很多干扰实验是在细胞水平体外进行实验的.不清楚目前能否应用RNA干扰在小鼠或其它动物上进行,这种设计是否可行.
  请有经验的战友指点,若可以最好能提供几篇应用动物进行RNA干扰研究的文章.
  非常感谢!
RNA干扰与基因敲除123
蜗牛小灵子2017-02-23

本是小菜鸟,目前研究某个比较新的蛋白对内质网应激的影响,需要抑制这个蛋白的表达看下游信号的表达情况,但是无论如何夜找不到抑制剂,做RNA干扰的话经费就超出预算了!急求各位大神,帮忙出个解决方案吧!非常感谢!

酶标仪法测蛋白浓度123
狼恋莫_1x22018-01-14
RNA干扰的分子抑制机制的三种方式及原理
转录抑制
与RNAi有关的dsRNA及蛋白质可参与染色质的修饰作用,使其中的组蛋白和DNA发生甲基化作用,使相应基因不能被转录,从而导致受阻基因不能表达。这种在转录水平上阻断基因功能,使基因沉默的RNAi方式被称为转录基因沉默(Transcriptional gene silencing,TGS)。这种现象先在植物中得到证实,但是在哺乳动物中是否存在仍有争议。2004年Svoboda等研究表明,在小鼠卵母细胞中,通过RNAi引起靶基因表达沉默的长dsRNA不能引起相应DNA区域从头合成DNA的甲基化。Morris等也于同年得出实验结论,针对内源基因启动子的siRNA能够引起其区域内CG岛以及组蛋白H3K9的甲基化,从而在转录水平抑制基因的表达。
转录后抑制
不同来源的dsRNA通过各种转基因技术转入植物、线虫或哺乳动物细胞内,、被切割产生siRNA片断,再由合成的RISC切割靶mRNA从而阻断基因表达。这种基因能正常转录成mRNA,但mRNA因被降解使基因功能被阻断,这种RNAi方式叫做转录后沉默(Post transcriptional gene silencing,PTGS)。siRNA对靶mRNA降解具有序列特异性,只能引起同源mRNA降解,如果siRNA与mRNA有一个bp不配对,RNAi作用就极大降低,如果两者有4个bp不配对,就不能产生RNAi。
翻译抑制
Grishok等在研究RNAi时,发现在细胞中在细胞中存在内源性小片段单链RNA(ssRNA),其长度也在21~25 nt之间,这种ssRNA可与mRNA的3′非翻译区(3′UTR)特异性地结合,从而抑制mRNA的翻译和相应的功能蛋白质合成。这种小片段的ssRNA叫做stRNA(small temporal RNA)。ssRNA的形成是因为当RNA的大小为70~80 nt时,容易形成双链的茎环状结构,其双链茎的长度正好在21~25 nt之间,这样的双链结构易被Dicer酶识别并切割成stRNA,由stRNA抑制翻译。这种方式的RNAi也作用于转录后形成的mRNA,它在调节生物细胞内基因的表达、自身的发育方面起着重要的作用。
RNA干扰与基因敲除 123
泽速浪02652021-07-21
基因敲除是指利用各种手段使某个基因不再表达,常见的方法是在基因的转录区插入一段外源DNA序列,从而破坏该基因的表达;RNA干扰是指一类小RNA可以与目的基因配对结合,从而使正常的基因表达受到干扰;基因沉默是指位于有些基因座的基因其表达不活跃甚至不表达的现象。
RNA干扰不能称之为基因敲出,只出算是KNOCK-DOWN,使表达降低。基因敲出是KNOCKOUT,是把基因的一段序列在DNA层面上去掉。
【求助】有关RNA干扰的问题123
奈何楼楼主2021-07-25
本人正在进行某一基因的RNA干扰试验,今天PCR显示干扰后结果不降反升,不知道问题出在什么地方,小生刚入此道,希望各位多多指教!多谢!
求大神解惑,RNA干扰回复实验是怎么做的?我的实验需要设计一个RNArescue组,不知道怎么操作。
如题...如果可以遗传,遗传下去的物质是什么?谢谢


近期,北京大学基础医学院鲁凤民教授课题组与许中伟、夏宁邵教授等合作,在《Theranostics》杂志上在线发表了题为“ThegRNA-miRNA-gRNAternarycassettecombiningCRISPR/Cas9withRNAiapproachstronglyinhibitshepatitisBvirusreplication”的研究论文。该研究通过模拟microRNA(miRNA)的生成过程,整合双gRNA导向的CRISPR/Cas9和RNA干扰技术,高效破坏乙型肝炎病毒(HBV)的复制模板-共价闭合环状DNA(ccCDNA),探索病毒清除新路径。北医王杰讲师、陈然和张瑞阳博士研究生为该论文的共同第一作者。

目前,我国仍有慢性HBV感染者约7800万人,慢乙肝患者约2800万人。HBV感染仍是我国病毒性肝炎、肝硬化及肝癌的重要致病因素。作为HBV复制模板的cccDNA,由于其半衰期相对较长,加上cccDNA池的不断补充,使得细胞核内的cccDNA持续存在、感染慢性化。目前,临床上治疗慢乙肝的常用药物为核苷(酸)类似物和长效干扰素,二者均不直接作用于cccDNA,难以有效清除病毒实现临床治愈。因此,研发直接靶向cccDNA的药物,寻找清除cccDNA的新方法和新策略,是当前慢乙肝治疗药物研发的热点。

该研究以miRNA-31为基本骨架,通过模拟其核心序列的二级结构设计HBV特异的miRNA(miR-HBV),miRNA两侧侧翼序列为特异性靶向cccDNA不同位点的引导RNA(gRNA)。如图所示,该gRNA-(miR-HBV)-gRNA三联体表达体系导入细胞后,在细胞核内转录形成gRNA-(miR-HBV)-gRNA长转录本,经内源的Drosha/DGCR8复合体剪切,形成2个gRNA和1个miR-HBV前体(pre-miR-HBV)。进入细胞质后,pre-miR-HBV进一步经Dicer酶剪切,形成成熟的miR-HBV。一方面双gRNA导向的CRISPR/Cas9系统通过切割并去除cccDNA的关键调控和编码序列直接破坏cccDNA,另一方面通过miR-HBV在转录后水平抑制HBV复制,进而抑制cccDNA池的补充,协同促进HBVcccDNA的清除。此外,本研究还发现,当pri-miRNA-31的侧翼序列长度为38bp时与双gRNA组成的三联体对HBV复制的抑制效率最高。

双gRNA导向的CRISPR/Cas9整合RNAi技术高效抑制HBV复制模式图

当然,该技术离临床应用尚有较远的距离。一方面如何高效和靶向性地将三联体递送到HBV感染的肝细胞内是需要攻克的一大障碍;另一方面,CRISPR/Cas9基因编辑技术的脱靶效应也有安全性之虞。然而,近年来随着Cas核酸酶的不断改造,其脱靶效应得到了有效控制,安全性大为提高。而且,随着金黄色葡萄球菌Cas9的发现,使得CRISPR/Cas9系统可以装入腺相关病毒载体中,致使该技术应用于临床的距离逐渐缩短。

总之,本研究通过gRNA-(miR-HBV)-gRNA三联表达框架联合CRISPR/Cas9和RNA干扰技术高效破坏cccDNA,促进HBV清除,为慢乙肝抗病毒治疗提供了新的思路。该项研究得到国家十二五重大科技专项计划“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”项目和国家自然科学基金的支持。

论文链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28839466


Argonaute (AGO):一类庞大的蛋白质家族,是组成RISCs复合物的主要成员。AGO蛋白质主要包含两个结构域:PAZ和PIWI两个结构域,但具体功能尚不清楚。的研究表明,PAZ结构
域结合到siRNA 的3’的二核苷酸突出端;一些AGO蛋白质的PIWI结构域赋予slicer以内切酶的活性。PAZ和PIWI两个结构域,对于siRNA和目标mRNA相互作用,从而导致目标mRNA的切割或者翻译抑制过程,是必不可少的。同时,不同的AGO蛋白质有着不同的生物学功能。例如,在人当中,AGO2“筹划”了RISCs对于目标mRNA的切割过程;而AGO1 和AGO3则不具备这个功能。
Core RISC:是介导目标mRNA切割过程或者翻译抑制的最小的RNA-蛋白质复合物。在人和果蝇身上发现的分子量少于200kDa的RISCs可能就是core RISC的重要代表。AGO蛋白质和Core RISC密切相关。
Dicer (DCR):是RNAase Ⅲ家族中的一员,主要切割dsRNA或者茎环结构的RNA前体成为小RNAs分子。对应地,我们将这种小RNAs分子命名为siRNAs和miRNA。Dicer有着较多的结构域,最先在果蝇中发现,并且在不同的生物体上表现出很高的保守性。
Holo RISC:是在果蝇中发现的有着RISC活性的最大的RNA-蛋白质复合物(80S)。Holo RISC的生物学活性牵涉到几乎所有的RISC的成员,RLC成员,和一些其他通路上的蛋白质分子。Holo RISC的存在,表明了RISC组装不是孤立的,同时还是一个有序的过程。以RISC为中心的RNAi和miRNA通路与一些其他的通路密切联系,很可能借此调控生物体的生长发育过程。
Microprocessor:一种核内的复合物,主要由Drosha和Pasha两者组成,在miRNA的生物合成中促使原始的miRNA成为miRNA前体。
MicroRNA (miRNA):是含有茎环结构的miRNA前体,经过Dicer加工之后的一类非编码的小RNA分子(~21-23个核苷酸)。MiRNA,以及miRISCs(RNA-蛋白质复合物)在动物和植物中广泛表达。因之具有破坏目标特异性基因的转录产物或者诱导翻译抑制的功能,miRNA被认为在调控发育过程中有重要作用。
RISC loading complex (RLC):是一种促使RISC形成的复合物。RLC有方向性地调节小RNA双螺旋,为以后的RISC组装作好铺垫。siRISC loading complexes (siRLCs)在果蝇中研究最多。有研究者认为在果蝇中的siRLCs包含DCR2-R2D2异型二聚体和siRNA双螺旋;R2D2部分是非对称性的感受器,为RISC组装调整好siRNA的方向。miRISC loading complexes (miRLCs)的研究尚未报导,因为它的过程更为复杂,而且体外研究miRLCs的方法还没有建立。
RNA-induced initiation of transcriptional gene silencing (RITS):是一种组织染色质变型的复合物。RITS复合物也包含Dicer加工形成的siRNA和AGO蛋白质,通过结合到异染色质的基因池上来促使异染色质上基因的沉默。
RNA-induced silencing complex (RISC):一种RNA-蛋白质复合物,通过与目标mRNA完全或者部分的互补配对来实施切割或者翻译抑制功能。SiRNA组装siRISC,miRNA组装miRISC。RISCs(无论siRISC还是miRISC)包括两种类型:切割型和不切割型。研究表明,RISC当中的AGO蛋白质决定了RISC是切割型的还是不切割型的。
Slicer:在切割型RISC中的内切酶的另外一种表述方法。
Small interfering RNA (siRNA):是一种小RNA分子(~21-25核苷酸),由Dicer(RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员,激发与之互补的目标mRNA的沉默。向左转|向右转

找公司设计了重组慢病毒载体,共设计3条干扰序列,转染靶细胞测干扰效率。发现mRNA表达水平下降不明显,而蛋白水平明显下降。请问该如何解释,有相关文献吗?可以用抑制了靶蛋白翻译来解释吗?