Description:
p53playsacrucialroleinmaintainingorderedproliferation,growth,anddifferentiationofnormalcells.Whilep53normallyexistsinthecellataverylowlevelandinarelativelyinactiveform,inresponsetocellularstressitaccumulatesinthenucleus,whereitbindstospecificDNAsequences.p53isknowntoinduceorinhibittheexpressionofmorethan100targetgenes.Mutationsofthep53geneisthemostfrequentlyencounteredgeneticeventincancer,therebyinactivatingp53andresultinginthedisruptionoftheexpressionoftargetgenes.Therefore,expressionprofilingofp53targetgeneswillfacilitatethefunctionalstudyofp53.ApplicableGrid:
ListofApplicableGenes
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | |
| A | 14-3-3 | CyclinB | MSH2 | 14-3-3 | CyclinB | MSH2 | 14-3-3 | CyclinB | MSH2 | 14-3-3 | CyclinB | MSH2 |
| B | B-actin | GADD45 | p21 | B-actin | GADD45 | p21 | B-actin | GADD45 | p21 | B-actin | GADD45 | p21 |
| C | Bax | HNF4A | PTEN | Bax | HNF4A | PTEN | Bax | HNF4A | PTEN | Bax | HNF4A | PTEN |
| D | BCL-2 | IGF-2 | RB1 | BCL-2 | IGF-2 | RB1 | BCL-2 | IGF-2 | RB1 | BCL-2 | IGF-2 | RB1 |
| E | cdc2 | Jun | Stat3 | cdc2 | Jun | Stat3 | cdc2 | Jun | Stat3 | cdc2 | Jun | Stat3 |
| F | cdc25 | MDM2 | TGFbeta | cdc25 | MDM2 | TGFbeta | cdc25 | MDM2 | TGFbeta | cdc25 | MDM2 | TGFbeta |
| G | CDKN2A | MDR1 | TIMP-3 | CDKN2A | MDR1 | TIMP-3 | CDKN2A | MDR1 | TIMP-3 | CDKN2A | MDR1 | TIMP-3 |
| H | c-myc | MMP1 | VEGF | c-myc | MMP1 | VEGF | c-myc | MMP1 | VEGF | c-myc | MMP1 | VEGF |
Principle:
Signosis’proprietaryCDNAplatearrayisaplate-basedhybridizationprofilinganalysisformonitoringtheexpressionofdozensofgenesthroughreversetranscriptionofmRNAintocDNA.Likearrayanalyses,totalRNAisfirstreversetranscribedintocDNAinthepresenceofbiotin-dUTPintheassay.Targetedgenesarethenspecificallycapturedontoindividualwellsonaplate,insteadofmembranes,throughapre-coatedgene-specificoligonucleotide.ThecapturedcDNAsarefurtherdetectedwithstreptavidin-HRP.Luminescenceisreportedasrelativelightunits(RLUs)onamicroplateluminometer.Theexpressionlevelofgenesisdirectlyproportionaltotheluminescentintensity. |
Data:

Humanp53-regulatedcDNAplatearrayanalysis. TotalRNAsfrom293andHelawereprepared.RNAsweresubjectedtop53-regulatedcDNAplateassay,anddetectedwithchemiluminencebyaplatereader
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应用高通量技术进行转录组测序是一种快捷可靠的获取转录组信息的方法。mRNA的转录本表达分析,通过获得研究对象基因组转录区域的信息,鉴定转录发生位点,可变剪切等,其精确的计数方法更可对基因进行精确的定量分析。
大家好,本人实验小白一枚,目前在寻找自己的毕业课题,有个实验问题想请教论坛里面的各位大侠。前期的实验证明某个转录因子具有抑癌作用,在正常肝脏组织中高表达,在肝癌组织中低表达,在HepG2,SMMC-7721等肝癌细胞株中缺失表达。我现在想用染色质免疫共沉淀结合高通量测序的方法筛选它的下游基因,由于在肝癌细胞株中缺失表达,我可以构建一个过表达转录因子的质粒到肝癌细胞株中做染色质免疫共沉淀吗?或者还有更好的方法筛选下游基因吗?谢谢!
1.基因丢失:体细胞分化过程必须将某些基因永久性的关闭,最简单有效的方式就是将其丢失.2.基因扩增:发育分化、环境条件的改变,对某些产物的需要量急剧增加--增加该基因的拷贝数.3、基因重排:某些基因片段改变原来的书顺序重新排列.4、甲基化修饰,脊椎动物,DNA上特定的CpG序列的C处可发生甲基化修饰.5、染色质结构的修饰.
检测目的基因是否转录通常采用分子杂交的方法。 基因表达分为转录及翻译两阶段,转录是以DNA(基因)为模板生成mRNA的过程,翻译是以mRNA为模板生成蛋白质的过程,检测外源基因的表达就是检测特异mRNA及特异蛋白质的生成。
如题,我现在做出了一个蛋白相对于正常组织,在肿瘤里表达升高。想做某转录因子调控它的表达。查了转录因子预测的网站,每个预测的都很不一样,而且参与其调控的转录因子有几十个。我该怎么办呢?用什么实验技术或者方法能找到一个能做的呢?


