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Rapidlygrowingtumorsresultinhypoxicregions.Adaptiveresponsesofmostcellstohypoxiaare(1)toproduceVEGFandotherhypoxia-inducedangiogeniccytokinesthatpromoteincreasedtissuevascularization,therebyincreasingtissueoxygenation,and(2)toswitchmetabolicallyfromoxidativephosphorylationtoanaerobicglycolysis.Hypoxia-inducIBLefactor1(HIF-1)isanoxygen-regulatedtranscriptionalactivatorthatplaysessentialrolesintheprocess.TheHIF-1alphasubunitisoxygen-dependentubiquitinationandproteasomaldegradation.Inaddition,cytokinesincludinginterleukin-1(IL-1)andtumornecrosisfactor-alpha(TNF-alpha)stimulateHIF-1dependentgeneexpression.HIF-1increasestheexpressionofseveralgenesthatpromotebloodflowandinflammation,suchasvascularendothelialgrowthfactor(VEGF).ApplicableGrid:
ListofApplicableGenes
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | |
| A | ANGPTL4 | Glut-3 | PDGF-A | ANGPTL4 | Glut-3 | PDGF-A | ANGPTL4 | Glut-3 | PDGF-A | ANGPTL4 | Glut-3 | PDGF-A |
| B | 18SrRNA | HIF-1a | PDK1 | 18SrRNA | HIF-1a | PDK1 | 18SrRNA | HIF-1a | PDK1 | 18SrRNA | HIF-1a | PDK1 |
| C | BCL2 | HIF-2a | RTP | BCL2 | HIF-2a | RTP | BCL2 | HIF-2a | RTP | BCL2 | HIF-2a | RTP |
| D | CREBP | HPRT | SAG | CREBP | HPRT | SAG | CREBP | HPRT | SAG | CREBP | HPRT | SAG |
| E | CTSD | IGF-II | UCP3 | CTSD | IGF-II | UCP3 | CTSD | IGF-II | UCP3 | CTSD | IGF-II | UCP3 |
| F | EP300 | Leptin | VEGF | EP300 | Leptin | VEGF | EP300 | Leptin | VEGF | EP300 | Leptin | VEGF |
| G | EPO | MMP2 | VHL | EPO | MMP2 | VHL | EPO | MMP2 | VHL | EPO | MMP2 | VHL |
| H | Glut-1 | PAI-1 | Blank | Glut-1 | PAI-1 | Blank | Glut-1 | PAI-1 | Blank | Glut-1 | PAI-1 | Blank |
Principle:
Signosis’proprietaryCDNAplatearrayisaplate-basedhybridizationprofilinganalysisformonitoringtheexpressionofdozensofgenesthroughreversetranscriptionofmRNAintocDNA.Likearrayanalyses,totalRNAisfirstreversetranscribedintocDNAinthepresenceofbiotin-dUTPintheassay.Targetedgenesarethenspecificallycapturedontoindividualwellsonaplate,insteadofmembranes,throughapre-coatedgene-specificoligonucleotide.ThecapturedcDNAsarefurtherdetectedwithstreptavidin-HRP.Luminescenceisreportedasrelativelightunits(RLUs)onamicroplateluminometer.Theexpressionlevelofgenesisdirectlyproportionaltotheluminescentintensity.
Data:
MouseHIF-regulatedcDNAplatearrayanalysis. NIH3T3cellsweretreatedwithandwithout200uMcobaltchloridefor24hours,RNAsprepared,cDNAsynthesizedwithbiotinlabelandsubjectedtocDNAplatearrayhybridizationanddetection.
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2021-07-28
嘉美生物是一家主要从事Annexin V,信号转导抗体,重组人和动物蛋白,磷酸化抗体,各种动物ELISA试剂盒,生物实验服务等研发与销售的高科技生物公司,免费热线:400-698-4168。 查看更多
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2018-12-05
玉米果穗顶部籽秕粒瘪或未结籽粒，称之为秃顶，又叫“秃尖”，是玉米生产中常见的现象，一般会导致玉米减产5%～10%，严重的甚至在30%以上。造成玉米秃尖有品种的遗传因素，但也受到种植密度和干旱胁迫等环境条件的影响。近日，为了解析玉米秃尖的分子生理机制，阿根廷布宜诺斯艾利斯大学的科研人员系统研究了杂交品种、播种密度和灌溉条件对玉米秃尖的影响。进一步地，研究人员在同步人工授粉后的2-6天内，收集果穗籽粒样本研究其基因表达模式并分析籽粒的糖份含... 查看更多
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2021-08-12
上海吉凯基因化学技术有限公司在发布的Western Blot基因表达检测供应信息，浏览与Western Blot基因表达检测相关的产品或在搜索更多与Western Blot基因表达检测相关的内容。 查看更多
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2021-07-18
【摘要】目的:探讨BAI1mRNA表达水平与不同级别胶质瘤间的关系。方法:选取病理分级为WHOⅡ、Ⅲ、Ⅳ级脑胶质瘤标本依次为12例、12例、14例，正常脑组织标本6例；提取总RNA，用半定量RT-PCR法检测BAI1基因的转录表达情况。结果:BAI1mRNA在所有正常脑组织和26例（68.4%）胶质瘤中表达。正常脑组织的BAI1基因转录表达水平高于胶质瘤组，P＜0.05；各级胶质瘤间BAI1基因转录表达水平差异没有统计学意义。结论:BA... 查看更多
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2021-08-03
2015年12月9日，上海启因生物在上海交通大学举办展台服务活动，活动主要推广抗性基因表达谱芯片检测服务。在本次活动中，启因生物围绕有关高通量qPCR数据分析中存在的问题以及如何高效分析，并从高通量PCR技术相关应用比如抗性基因筛选等方面入手，给大家做了系统而具体的介绍和现场答疑。尤其是土样水样等环境样品的处理做了深入交流。启因生物拥有高通量荧光定量PCR平台，可提供生物医学领域多样本多基因的表达分析，总之可为基因表达和遗传分析方面提供... 查看更多
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2021-09-03
产品：GEO数字基因表达谱分析平台（工具） 查看更多
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2021-09-13
基因表达 基因表达是指基因指导下的蛋白质合成过程。生物体生命活动中并不是所有的基因都同时表达，代谢过程中所需要的各种酶和蛋白质的基因以及构成细胞化学成分的各种编码基因，正常情况下是经常表达的，而与生物发育过程有关的基因则要在特定的时空才表达。逆转录PCR1.概念和原理RT-PCR称为逆转录PCR或反转录PCR，是指在体外将mRNA逆转录为互补cDNA后，再以此为模板通过PCR进行DNA扩增的技术。2.科研和临床应用主要用于特异基因mRN... 查看更多
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Clusterin是一种由CLU基因编码的蛋白质，它在大多数人体组织中表达，特别是在压力下，它有助于保护细胞。
由开罗大学男科和性学系的Taymour Mostafa领导的一个埃及研究小组发现，不育男性的精子中CLU的表达要高得多。
Mostafa和他的同事检查了124名男性的精液样本，其中一些人的精子活力降低，精子细胞形状异常或精子数量低。与健康精子的男性相比，他们发现精子功能障碍男性的凝聚素蛋白及其mRNA前体水平显着升高。他们还发现凝聚素水平与精子质量密切相关，因此CLU的表达越 查看更多
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2021-07-27
RT2 PCR Profiler Arrays可用于生物学和医学研究的各个领域，包括：癌症研究、炎症和细胞因子分析、干细胞研究、神经生物学、信号转导通路研究、细胞黏附和细胞迁移、生物标记分子筛选和验证, 查看更多
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2021-07-25
以前只要提到基因表达分析，人们就会想到荧光定量PCR；只要提到高通量基因表达分析，人们会首先想到基因芯片。虽然荧光定量PCR仪几乎每个实验室都有，但是做芯片就不一定每个实验室都具备这个条件了。 查看更多
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2018-10-24
细菌引起许多严重疾病，如食物中毒和肺炎。科学家们面临的挑战是，引起疾病的细菌是非常有弹性的。比如，当诸如大肠杆菌之类的细菌经历饥饿时，它们会大规模地重新组装它们的DNA，从而使得它们能够在应激条件下存活下来。 为了实现这一壮举及提高存活机会，大肠杆菌菌株显著增加一种被称作Dps的蛋白的数量。这种蛋白将细菌DNA压缩成致密的水晶状复合物并保护其免受损伤。虽然之前的研究已表明Dps保护细菌免受饥饿和其他的应激因素，但是科学家们并不知道这种... 查看更多
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2021-08-18
上海杏园瑞民生物工程有限公司在发布的WNT Signaling Pathway PCR Array WNT信号通路基因表达PCR芯片供应信息，浏览与WNT Signaling Pathway PCR Array WNT信号通路基因表达PCR芯片相关的产品或在搜索更多与WNT Signaling Pathway PCR Array WNT信号通路基因表达PCR芯片相关的内容。 查看更多
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转录组数据中RPKM代表什么..._转录表达_克隆和表达_分子类_知道...123
biofch2018-03-01
转录组数据中，RPKM是Reads Per Kilo bases per Million reads的缩写，代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。
转录是遗传信息由DNA转换到RNA的过程。作为蛋白质生物合成的第一步，转录是mRNA以及非编码RNA（tRNA、rRNA等）的合成步骤。是遗传信息从DNA流向RNA的过程。即以双链DNA中的确定的一条链（模板链用于转录，编码链不用于转录）为模板，以ATP、CTP、GTP、UTP四种核苷三磷酸为原料，在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。
转录是遗传信息由DNA转换到RNA的过程。作为蛋白质生物合成的第一步，转录是mRNA以及非编码RNA（tRNA、rRNA等）的合成步骤。是遗传信息从DNA流向RNA的过程。即以双链DNA中的确定的一条链（模板链用于转录，编码链不用于转录）为模板，以ATP、CTP、GTP、UTP四种核苷三磷酸为原料，在RNA聚合酶催化下合成RNA的过程。
小鼠脑源性神经营养因子(BDNF)检测试剂盒123
我是小木瓜2017-03-22
某种转录因子有四种不同的亚型（N1N2N3N4），我想检测它们在某种细胞内的表达情况，能不能提取这种细胞的蛋白，然后跑western，通过敷育四种对应的抗体最后来确认哪种亚型表达得多，哪种亚型表达得少呀？我做了三次western，结果在对应的分子量区域都没有呈现条带出来！有前辈说这样做是无意义的，因为细胞可能对不同抗体的敏感性不同，所以跑western时用一种样本分别敷四种抗体的话是没有可比性的。真的是这样吗？我看文献里也有人做不同蛋白亚型在组织中的表达，他们能做出来条带。求各路大神指点啊！（抱拳）
【求助】如何研究新的调控转录因子基因表达的基因 实验方法 丁 ...123
suiyu1219852021-07-31
我请请教一下，如何验证一个转录因子在细胞内是否表达。我将细胞抽提RNA，逆转录后扩出该转录因子的基因，是否就可以表明该转录因子在该细胞内是表达的？因为是菜鸟，很多都不懂。请各位多多指教，不胜感激。
【求助】蛋白表达水平转录水平 蛋白质和糖学技术讨论版论坛123
魏兴良2021-08-04
请问:信号分子激活基因转录到表达翻译蛋白需多长时间(STAT6...123
蜗牛依依2021-08-03
请教各位，我是做在体实验，在体给予刺激30分钟后观察蛋白的表达变化，结果是蛋白表达升高，但有人质疑30分钟这么短的时间能否真的引起蛋白表达的明显变化，所以请教各位，一般蛋白从转录到表达需要多长时间？
转录组测序和表达谱测序的区别是什么? 知因123
柠檬063992018-03-05
转录组学的研究对象包括mRNA和非编码RNA等。新一代高通量测序技术可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一个状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息，从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记（SNPs或SSR）等生命科学的重要问题。
基因表达谱测序是直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，可以用来研究基因的表达差异情况。该技术结合了转录组测序建库的实验方法，与转录组测序相比，基因表达谱测序要求的读长更短，测序通量更小，但仅可用于基因表达差异的研究。
转录组测序是RNA水平测序，相当于DNA水平的基因组测序，是一个框架。表达谱主要研究的是基因表达量的变化，上调或下降。先要有转录组或是基因组才可以做表达谱，否则没有Ref做参考。
转录组测序和表达谱测序其实都是通过高通量测序技术进行的，转录组测序主要是针对没有参考基因组（即基因组未完成测序）的物种，侧重于获得你材料的全部转录组信息；而表达谱则侧重于检测各个基因的表达量。
基因表达谱测序是直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，可以用来研究基因的表达差异情况。该技术结合了转录组测序建库的实验方法，与转录组测序相比，基因表达谱测序要求的读长更短，测序通量更小，但仅可用于基因表达差异的研究。
转录组测序是RNA水平测序，相当于DNA水平的基因组测序，是一个框架。表达谱主要研究的是基因表达量的变化，上调或下降。先要有转录组或是基因组才可以做表达谱，否则没有Ref做参考。
转录组测序和表达谱测序其实都是通过高通量测序技术进行的，转录组测序主要是针对没有参考基因组（即基因组未完成测序）的物种，侧重于获得你材料的全部转录组信息；而表达谱则侧重于检测各个基因的表达量。
基因的表达量和转录本的表达量 组学大讲堂问答社区123
hi冰糖2018-03-04
不一样。
转录量和拷贝数是相等的（产生的RNA），但和表达量（蛋白质，最终产物）不同意思，只是表达的第一步，只有转录的也都同样顺利翻译成蛋白质才有同时满足的可能。
转录增加 不等于 表达增加表达增加 也不等于 转录增加成功转录 不代表 成功表达成功表达 说明 成功转录
基因表达(gene expression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中遗传信息经过转录和翻译，转变成具有生物活性的蛋白质分子。即表达=转录+翻译
转录量和拷贝数是相等的（产生的RNA），但和表达量（蛋白质，最终产物）不同意思，只是表达的第一步，只有转录的也都同样顺利翻译成蛋白质才有同时满足的可能。
转录增加 不等于 表达增加表达增加 也不等于 转录增加成功转录 不代表 成功表达成功表达 说明 成功转录
如何下载肝癌和癌旁组织的转录谱和表达谱,并对特定蛋白的差异转录和表 ...123
tommyhechina2017-01-21
最近导师要求做一个关于PARP家族蛋白在肝癌和癌旁组织中转录以及表达情况的初步研究，以确定目前的课题是否有很大价值。我之前一直在做湿实验，没有生信背景，所以对这个工作比较头疼。我不会编程（只有很浅薄的R基础），而且没有统计学基础，所以直接上网查找有没有可以在网上直接进行分析的网站。我一开始是上cbioportal上对肝癌的mRNA转录谱进行分析（我只会看网站上红得蓝的表达上调下调的标记，不会看zscore什么的。。。），但网站里面提供的对照是一个所谓的标准正常人。我没查到这个所谓的标准正常人是什么，而且导师说肝癌可能存在个体差异，所以要求用肝癌及其对应的癌旁组织的转录谱和表达谱进行分析。我上GEO搜索癌旁组织（paracanceroustissue），根本什么想要的结果都没有。我现在完全是一头雾水，无从下手，希望有做相关领域工作的前辈们或是做与之类似的工作的前辈们提供指导，非常感谢！
【求助】双荧光酶报告基因过表达质粒能不能直接用目标转录因子直接...123
molei1232021-07-20
...陆剑课题组揭示uORF和microRNA在基因表达调控中的共同作用_Zhang123
帆帆08162021-07-25
蛋白质在细胞中的丰度变化很大程度上决定了不同组织如脑和肌肉，以及健康和不健康人类细胞之间的差异。长期以来人们都认为转录，这一控制遗传信息从DNA流向RNA的过程，对决定细胞内蛋白质的数量起主导作用。但在过去的十年里，有许多的研究则提出RNA翻译为蛋白质的速度差异是一个更为重要的因素。
近期发表在《科学》(Science)以及其他杂志上的一些新研究证实，转录实际上是决定蛋白质丰度中最具影响力的步骤。
例如，近期来自哈佛-麻省理工Broad研究所的Marko Jovanovic等在Science杂志上发表文章，称检测了处于稳定状态和响应细菌脂多糖(LPS)时的小鼠骨髓树突细胞。他们发现在稳定状态时，mRNA水平、翻译速度和蛋白质降解速度可分别解释68%、26%和8%的蛋白质表达差异。当用LPS刺激细胞时，mRNA水平似乎可以解释90%的蛋白质表达差异，而翻译和蛋白质降解只能解释4%和6%的差异。Jovanovic等发现，在LPS处理的情况下，核糖体、线粒体以及其他一些高表达管家蛋白的翻译和蛋白质降解速度发生了更多改变，表明这两个步骤在控制一些过程中发挥了重要的作用。
来自加州大学洛杉矶分校统计学和人类遗传学助理教授Jingyi Jessica Li，和劳伦斯伯克利国家实验室的Mark Biggin，则在PeerJ杂志的一篇论文中用两种方法重新分析了2011年一项Nature研究的数据，说明了一些检测错误。他们证实采用第一种方法结果表明mRNA水平差异可以解释最小56%的蛋白质水平差异，而第二种方法表明mRNA水平可以解释84%的蛋白质表达差异，其中转录占73%，RNA降解占11%，而翻译和蛋白质降解各自仅占8%。
在3月6日，发表在Science杂志上的一篇题为“Statistics requantitates the central dogma”的文章中，Li和Biggin综述了上述这些近期的研究，得出了转录是蛋白质丰度最大贡献者这一结论。他们认为，他们自身以及近期其他一些研究工作都采用了更细致的统计学方法，来评估或是减少了实验性检测错误。Li和Biggin认为，早期的一些研究得到的有关翻译影响的结果实际上是由于实验错误所导致。
研究人员提出，科学家们精确地模拟基因表达需要采用更准确的测量和分析方法。他们的研究对于鉴别出可以有效治疗各种疾病的药物具有重要的影响。
原文链接：Statistics requantitates the central dogma
Dynamic profiling of the protein life cycle in response to pathogens
近期发表在《科学》(Science)以及其他杂志上的一些新研究证实，转录实际上是决定蛋白质丰度中最具影响力的步骤。
例如，近期来自哈佛-麻省理工Broad研究所的Marko Jovanovic等在Science杂志上发表文章，称检测了处于稳定状态和响应细菌脂多糖(LPS)时的小鼠骨髓树突细胞。他们发现在稳定状态时，mRNA水平、翻译速度和蛋白质降解速度可分别解释68%、26%和8%的蛋白质表达差异。当用LPS刺激细胞时，mRNA水平似乎可以解释90%的蛋白质表达差异，而翻译和蛋白质降解只能解释4%和6%的差异。Jovanovic等发现，在LPS处理的情况下，核糖体、线粒体以及其他一些高表达管家蛋白的翻译和蛋白质降解速度发生了更多改变，表明这两个步骤在控制一些过程中发挥了重要的作用。
来自加州大学洛杉矶分校统计学和人类遗传学助理教授Jingyi Jessica Li，和劳伦斯伯克利国家实验室的Mark Biggin，则在PeerJ杂志的一篇论文中用两种方法重新分析了2011年一项Nature研究的数据，说明了一些检测错误。他们证实采用第一种方法结果表明mRNA水平差异可以解释最小56%的蛋白质水平差异，而第二种方法表明mRNA水平可以解释84%的蛋白质表达差异，其中转录占73%，RNA降解占11%，而翻译和蛋白质降解各自仅占8%。
在3月6日，发表在Science杂志上的一篇题为“Statistics requantitates the central dogma”的文章中，Li和Biggin综述了上述这些近期的研究，得出了转录是蛋白质丰度最大贡献者这一结论。他们认为，他们自身以及近期其他一些研究工作都采用了更细致的统计学方法，来评估或是减少了实验性检测错误。Li和Biggin认为，早期的一些研究得到的有关翻译影响的结果实际上是由于实验错误所导致。
研究人员提出，科学家们精确地模拟基因表达需要采用更准确的测量和分析方法。他们的研究对于鉴别出可以有效治疗各种疾病的药物具有重要的影响。
原文链接：Statistics requantitates the central dogma
Dynamic profiling of the protein life cycle in response to pathogens
低表达的转录因子如何筛选下游基因 核酸基因技术123
xy_she2021-07-23
大家好，本人实验小白一枚，目前在寻找自己的毕业课题，有个实验问题想请教论坛里面的各位大侠。前期的实验证明某个转录因子具有抑癌作用，在正常肝脏组织中高表达，在肝癌组织中低表达，在HepG2，SMMC-7721等肝癌细胞株中缺失表达。我现在想用染色质免疫共沉淀结合高通量测序的方法筛选它的下游基因，由于在肝癌细胞株中缺失表达，我可以构建一个过表达转录因子的质粒到肝癌细胞株中做染色质免疫共沉淀吗？或者还有更好的方法筛选下游基因吗？谢谢！
请问如何下载肝癌和癌旁组织的转录谱和表达谱,并对特定蛋白的差异...123
tommyhechina2017-01-21
最近导师要求做一个关于PARP家族蛋白在肝癌和癌旁组织中转录以及表达情况的初步研究，以确定目前的课题是否有很大价值。我之前一直在做湿实验，没有生信背景，所以对这个工作比较头疼。我不会编程，所以直接上网查找有没有可以在网上直接进行分析的网站。我一开始是上cbioportal上对肝癌的mRNA转录谱进行分析，但网站里面提供的对照是一个所谓的标准正常人。我没查到这个所谓的标准正常人是什么，而且导师说肝癌可能存在个体差异，所以要求用肝癌及其对应的癌旁组织的转录谱和表达谱进行分析。我上GEO搜索癌旁组织（paracanceroustissue），根本什么想要的结果都没有。我现在完全是一头雾水，无从下手，希望有做相关领域工作的前辈们或是做与之类似的工作的前辈们提供指导，非常感谢！
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