AMV逆转录酶是从鸟类成骨髓细胞白血病病毒（AvianMyelobastosisVirus，AMV）中分离出来的，AMV逆转录酶包含两条多肽链，具有很强的聚合酶活性和RNaseH活性。具有5′→3′依赖引物的聚合酶活性，可以以RNA或DNA作为模板；具有3′→5′RNaseH（一种专门切割DNA与RNA杂交链上RNA分子的酶，RNaseH）活性，可以降解RNA-DNA杂合体中的RNA，它需要Mg2+或Mn2+激活。它可用于双脱氧法测定DNA或RNA的序列和以短的RNA为模板合成cDNA。AMV逆转录酶在37℃-55℃的温度范围内有活性，最适温度为42℃（鸡的正常体温），用AMV的延伸温度可达55℃,以消除次级结构，适用于二级结构较复杂的mRNA模板。在以TobaccoVeinMottlingVirus（TVMV）RNA（约10kb）作模板的情况下，AMVRT（20Units/μl）可使60%的模板被反转录，其中25%被合成为全长的cDNA，所以引物延伸反应通常用AMV，其性能更好。
MMLV逆转录酶来自莫洛尼鼠白血病病毒（MoloneyMurineLeukemiaVirus，MMLV），MMLV逆转录酶的聚合酶活性强，RNaseH活性很弱，适用反应温度为37℃，其基因工程产品纯度高。目前MMLV逆转录酶已经作了遗传性上的改变，M-MLV逆转录酶RNaseH区域含一个点突变，通过点突变使修饰后酶的RNaseH活性缺失，所以目前市面上MMLV逆转录酶（RNaseH-）突变体比较常见，它具有的DNA聚合酶的活性与野生型相同，同时该酶RNaseH活性的缺失有利于合成较长片段cDNA，合成更长的产物，产率更高，但这一特点对引物延伸反应不适用。M-MLV的最适温度为37℃，在更高温度下，M-MLV不稳定，但目前已通过基因工程手段改造获得耐热性达到55-60℃的逆转录酶，有利于解决RNA二级结构的问题，MMLV逆转录酶可用于合成第一链cDNA、制作cDNA探针、RNA转录、测序和RNA的逆转录反应。
总之，AMV逆转录酶与M-MLV逆转录酶相比有更好的热稳定性与高度的特异性，更利于进行引物延伸反应，因为引物延伸反应所得的产物一般较短，为100-500个核苷酸，而MMLV逆转录酶可合成更长的产物(12KB)。AMV逆转录酶和MMLV逆转录酶利用RNA模板合成cDNA时的最适pH值，最适盐浓度和最适温室各不相同，所以合成第一链时相应调整条件也是非常重要的。
