单细胞组学在肿瘤与免疫研究中的应用
17世纪,在普鲁士的王宫里,大哲学家莱布尼茨在向众人宣传他的宇宙观时,曾经大胆的提出:\"宇宙间没有两个东西是完全相同的”。此语一出,众皆哗然,有人立即去王宫的花园中试图找到两片完全相同的叶子,结果却令在场的所有人大失所望。事实上,不仅仅是叶子,即便微小如构成生物体的每个细胞,其形态和功能都不尽相同。
从临床角度讲,肿瘤发现的越早越容易治愈,患者5年生存率也越高。因此,建立有效的预防检测手段,防患于未然,也是科学家和临床工作者另一个努力的方向。CTC作为特异性的肿瘤组织转移的标记物,虽然还没有别用于实际的临床检测中,却越来越受到人们的重视。但是由于其在血液中的含量极低,同时又呈现了高度的细胞异质性(Alix-Panabieres 2014),造成研究过程的困难。哈佛大学医学院Toner实验室开发了一种可以从癌症病人全血中分离循环肿瘤细胞的装置,并利用Fluidigm的BioMark HD 平台对分离出的单细胞进行基因表达异质性分析,这一研究有力的推进了CTC分析在癌症临床检测及监测中的应用(Ozkumur et al)。事实上,单细胞水平的分析检测,使人们能够更清楚的深入分析CTC细胞中基因的特异性表达,为临床上肿瘤转移的早期识别,个体化治疗手段的开发提供了大量有价值的数据基础。
工欲善其事,必先利其器 新技术的开发和应用是科研突破的必要条件 随着二代测序技术的日趋成熟和相关仪器的快速发展,单细胞测序已经逐渐成为广泛使用的实验手段之一,但其上游实验流程--高通量样本制备一直是限制单细胞研究发展的一大瓶颈。在日常研究中,从捕获的单细胞内提取DNA是一项繁琐而且非常耗时的工作,且单个细胞中的DNA含量极低(通常只有6pg),对后续的单细胞基因组测序、表达谱分析等实验有着极大的限制。 针对单细胞研究中难于快速捕获大量单细胞,制备过程复杂繁琐、变量多,低样本量难以满足后续检测等难题,Fluidigm(富鲁达)公司基于微流控芯片技术开发的C1系统,在纳升级的反应仓内,将单细胞捕获、裂解、反转录、预扩增等自动化流程一气呵成,经过扩增后的样本量也可以满足单细胞测序、RT-PCR等后续实验的要求。同时针对实验中越来越高的单细胞数量要求,进一步开发了高通量芯片类型,可一次性地捕获制备800个单细胞的基因组样本,大大降低了实验的复杂性和成本。 事实上,成功的文库制备是获得良好测序结果的前体和保障,如何充分利用样本进行多组学平行测序一直是科学家们研究的方向之一。前不久《Cell Research》发表了由北京大学生科院汤富酬组、黄岩谊组与北京世纪坛医院彭吉润组的合作成果,在国际上首次实现了单细胞水平对基因组、转录组和表观组的平行测序。利用这一新的方法,作者对肝癌患者病灶组织中的25个肿瘤细胞进行了三重组学的平行测序分析,根据结果将25个单细胞分为了两个细胞亚群。并对这两个亚群的基因表达量、拷贝数变异(CNV)和甲基化程度进行了差异化分析,发现其中CNV和甲基化水平都较高的一组细胞更易发生转移(Hou Y., et al.),从而为肿瘤的个性化精准治疗提供了大量数据基础。最近Fluidigm公司又在C1基础上推出了Polaris系统,该系统利用荧光标记定向筛选、捕获单细胞,并可在最长至24小时的外源因子刺激后,进一步完成上述预扩增过程。利用这一技术平台,科学家们可以精确控制或模拟细胞微环境,并对处于该环境中的单细胞进行观察和测序分析,了解哪些是涉及细胞与环境、细胞与细胞间相互作用的关键基因--这对识别不同的基因簇,发现罕见的基因表型非常重要除了在单细胞基因分析检测方面有了突飞猛进的发展,在一些传统领域,例如单细胞蛋白分析技术也有了重大的突破--质谱流式细胞技术(CyTOF)的开发,大大拓宽了流式分析技术的应用领域。该技术利用金属原子代替传统流式技术中的荧光基团标记抗体,具备背景噪音低、通道间无干扰、超高检测通道数(目前为135个)等优势。在此基础之上Fluidigm公司进一步开发的IMC 技术(imaging mass cytometry),可以实现病人组织样本切片中几十个蛋白的原位检测。这种直接利用病理切片的流式检测方法,在快速分析大量单细胞的同时,还可进行多维数据分析,以寻找不同亚群的分布和异质性与肿瘤微环境间的相互作用,无疑为临床治疗提供了可靠的数据,并为个体化精准医疗方案的制定提供了指导方向。
结语:欲穷千里目,更上一层楼 科学研究的发展,重大成果的取得,离不开技术手段的改进和创新。在积累了大量群体\"平均”数据的基础上,创新性的单细胞组学研究必将使科学家们更加全面和深刻的理解生物体的本质及其内部所蕴含的生理机制,更好的为临床研究和治疗诊断服务。 作为硅谷一家专门致力于单细胞研究技术开发的公司,Fluidigm(富鲁达)公司一直保持和行业同步发展,不断开发创新性产品,优化已有仪器和配套技术,实现从基因到蛋白再到细胞的全方位检测,为科研工作者提供更加完善的单细胞研究平台。 参考文献1.《科技部关于发布国家重点研发计划精准医学研究等重点专项2016年度项目申报指南的通知》,2016
2.Björklund ÅK, et al. The heterogeneity of human CD127+ innate lymphoid cells revealed by single-cell RNA sequencing. Nat Immunol. 2016.
3.Alix-Panabieres C, Pantel K. Technologies for detection of circulating tumor cells: facts and vision. Lab Chip 2014;14: 57-62.4.Ozkumur et al. Inertial Focusing for Tumor Antigen-Dependent and -Independent Sorting of Rare Circulating Tumor Cells. Sci Transl Med 5, 179ra47 (2013)
5.Hou Y., et al. Single-cell triple omics sequencing reveals genetic, epigenetic, and transcriptomic heterogeneity in hepatocellular carcinomas. Cell Res. 2016 Mar;26(3):304-19.
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