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细胞转染GFP质粒并进行表达之后，一般细胞内会有大量的GFP蛋白，可以发出绿色荧光。GFP发出绿色荧光的原理是Ca离子进入GFP的beta-barrel结构中引起的特定能级，因此只要这个结构仍然保持着，就可以发出荧光。由于GFP的beta-barrel结构非常稳定，一些版本的GFP蛋白（如EGFP）甚至能抵抗94C的高温几分钟而不完全变性，因此想在溶液状态下去掉GFP的荧光是很难的，一般需要用光漂白法。基于其非常稳定的结构，即便细胞被固定了，仍然会有一部分的GFP蛋白保持其构象而发出荧光。此时荧光可能较弱。在荧光显微镜下是有可能看得到的。
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