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真核生物基因组DNA十分庞大,其复杂程度是蛋白质和mRNA的100倍左右,而且含有大量的重复序列，采用电泳分离和杂交的方法，都难以直接分离到目的基因，其中还含有内含子等无用的序列。这是从染色体DNA为出发材料直接克隆目的基因的一个主要困难.高等生物一般具有105种左右不同的基因,但在一定时间阶段的单个细胞或个体中,都尽有15%左右的基因得以表达,产生约15000种不同的mRNA分子。cDNA文库是通过RNA反转录得来的，由mRNA出发的cDNA克隆,其复杂程度要比直接从基因组克隆简单得多.
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