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Kapa biosystems/KAPA Library Quantification Kits/KK4953/500 x 20 µL reactions
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Kapa biosystems/KAPA Library Quantification Kits/KK4953/500 x 20 µL reactions
品牌 / 
kapabiosystems
货号 / 
KK4953
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Description:

qPCRMasterMix(optimizedforRocheLightCycler480)andPrimerPremixonly

KAPALibraryQuantificationKits

forNext-GenerationSequencing

Ourstandardsdon’tchange.Neithershouldyours.

KAPALibraryQuantificationKitscontainallthereagentsneededfortheaccurate,reliableandreproducIBLeqPCR-basedquantificationofNGSlibrariespriortopoolingforcaptureorflowcellamplification.KitscontainKAPASYBR®FASTqPCRMasterMix,optimizedforhigh-performanceSYBRGreenI-basedqPCR.TheengineeredKAPASYBRFASTDNAPolymerasecontainedintheMasterMixamplifiesGC-andAT-richDNAfragmentsofdifferentlengthswithsimilarefficiency,makingittheonlyqPCRMasterMixcapableofaccurateqPCR-basedquantificationofNGSlibraries.*Thepre-dilutedsetofDNAStandardscontainedineachkitiscarefullyquality-controlledtoensurelot-to-lotconsistencyandavoiddatadriftovertime.OptimizedPrimerPremixesensureoptimalPCRefficiency.

KitswithDNAStandardsandPrimerPremixesforIllumina® andIonTorrent™sequencers areavailable.Pleasereferencethe InstrumentCompatibilityChart forguidanceoncompatibleplatforms.

NEW!ImproveexperimentaldesignswithourTechnicalGuideforIlluminaPlatforms


*Dataonfile.

ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.

ProductHighlights

AccuratelyquantifyPCR-competentsequencingtemplates

  • qPCRonly“counts”thoselibrarymoleculesthatcanbesequenced
  • Moreconsistentclusterdensitiesortemplate-to-beadratiosenableoptimalutilizationofsequencingresources
Equimolar pooling of indexed libraries. Eleven indexed Illumina TruSeq libraries were quantified by qPCR using the KAPA Library Quantification Kit, and then combined to achieve equal final concentrations in two separate pools for multiplexed sequencing on different flow-cell lanes. The eleven libraries ranged ~11-fold in concentration from 0.67 pM to 7.65 pM, while representation of each index varied between 90% and 127% of expected assigned reads per lane. Data on file.

Improvepoolingformultiplexedsequencing

  • LibraryconcentrationsdeterminedbyqPCRaremorereliablecomparedtoothermethods*
  • TheengineeredKAPASYBRFASTqPCRMasterMixenablesaccuratepoolingoflibrarieswithextremeGC-contentsorlongerinserts*
Nine human DNA libraries and two microbial DNA libraries (Rhodococcus sp. ~70% GC and Staphylococcus sp. ~35% GC) were used to compare quantification results obtained with distinct lots (”Lot 1” and “Lot 2”), and distinct sets of reagents from the same lot (”Set 1” and “Set 2”) of KAPA Library Quantification Kits for Illumina platforms. Data on file.

Eliminatedriftwithcarefullyquality-controlledDNAStandards

  • PredilutedDNAStandardseliminatequantificationerrorsassociatedwithpreparationofstandardcurvesusingin-housestandards*
  • KAPADNAStandardsundergostrictqualitycontroltoensurelot-to-lotconsistencyandeliminatedatadriftovertime
KAPA Library Quantification methods (96- and 384-well) format are available for the Sciclone NGS and NGSx workstation (PerkinElmer) and other instruments used in high-throughput NGS sample preparation pipelines.

Improvethroughputwithautomation

  • Libraryquantificationassayiscompatiblewith96-and384-wellformat
  • Librarydilution,reactionsetupanddataanalysiscanbeautomatedforHTPpipelines
  • LearnMore aboutKAPAAutomatedSolutions

*Dataonfile.

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Sample QC

KAPAhgDNAQuantificationandQCKit

Library Amplification

KAPALibraryAmplificationKits

Library Preparation

KAPAHyperPrepKits

KAPA Stranded mRNA-Seq Kits

KAPAStrandedmRNA-SeqKits

Applications:

Applications
  • Quantificationoflibrariespriortopoolingformultiplexedsequencing
  • QuantificationofindividuallibrariesorlibrarypoolspriortoclusteramplificationoremPCR
  • Quantificationoflibrariespriortoandafterhybridizationcapture
  • Qualitycontrol,optimizationandtroubleshootingoflibraryconstructionprocessesorworkflows

KitSpecificationsandContents/Storage:

KitSpecificationsandContents/Storage

Kitscanbestoredforupto12months at-20˚C.

CompletekitsincludeKAPASYBRFASTqPCRMasterMix(2X),PrimerPremix(10X)andasetof6DNAStandards.ReagentsforqPCR(KAPASYBRFASTqPCRMasterMixandPrimerPremix)andDNAStandards(1–6)arealsosoldseparately.Wherenoted,MasterMixescontaininstrument-specificreferencedyes,whiletheUniversalkitincludesROXHighandROXLow(both50X)separately.

Components–Illumina®Platform

Components–IonTorrent™Platform

LQK-Ion_Component Chart

Specifications

Spec
Description
CompatiblePlatforms
IlluminaHiSeq,NextSeq,MiSeq,andGAIIxIonTorrentProtonandPGM454GSFLX+andGSJuniorSOLiD5500series
LibraryType
Any
StartingMaterial
AnyNGSlibraryreadyforclusteramplificationoremPCR
Standardcurveconcentrationrange
20–0.0002pMforIlluminalibraries83–0.00083pMforIonTorrentand454libraries10–0.0001pg/µLforSOLiDlibraries
SequencingApplications
WholeGenomeSequencingWholeExomeSequencingTargetedSequencing(custompanels)RNA-SeqChIP-SeqAmpliconSequencingMethyl-Seq
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RNA-isolation (TRIZOL method)Isolation of RNA from whole worms using TRIZOL reagent (Gibco-BRL).1) Wash worms from a 60 mm plate with 1 ml DEPC-treated water.2 查看更多>
一.打开电源,仪器进行自检。约1分钟后自检结束,窗口显示主菜单: Run Enter List Edit Files Setup 二.将装有样品的已经封口的离心管或96孔板放入相应的Block。 三.编制程序: 1.将光标移至主菜单中“Enter”处,按“Proceed”键,输入程序的文件名,用左右箭头键变换英文字母 查看更多>
MEMFA Fix10xMEMFA Salts1 part 10x MEMFA salts1 M MOPS1 part 37% formaldehyde20mM EGTA8 parts water10mM MgSO410x salts can be autoclaved and stored. Turns yello 查看更多>
差减cDNA文库法[第一条链cDNA合成]1.合成第一条cDNA链时,所有试剂应按下列顺序依次加入:10×第一条链合成缓冲液 5.0μl10mM dNTP Mix(1.4μg/μl) 2.5μl(终浓度1.25mM)Linker primer(1.4μl,终浓度100μg/μl)DEPc H2ORNase block 查看更多>
Preparation of salt buffersThe buffers are used for both HPLC purification and Sep-Pak purification.High salt buffer (HSB):1M triethylammonium acetate, pH 8.0 查看更多>
等电点聚焦就是在电泳槽中放入载体两性电解质,当通以直流电时,两性电解质即形成一个由阳极到阴极逐步增加的pH梯度,当蛋白质放进此体系时,不同的蛋白质即移动到或聚焦于与其等电点相当的pH位置上,电聚焦的优点是:有很高的分辨率,可将等电点相差0.01-0.02pH单位的蛋白质分开;一般电泳由于 查看更多>
For amplification of cognate sequences from different organisms, or for "evolutionary PCR", one may increase the chances of getting product by designing 查看更多>
Cell Isolation Techniques Methods and MaterialsWorking With EnzymesAll of the enzymes Worthington offers for tissue dissociation applications are available as 查看更多>
一、核酸分子杂交技术1961年Hall开拓了液相核酸杂交技术的研究,其基本原理是利用核酸分子单链之间有互补的碱基顺序,通过碱基对之间非共价键的形成,出现稳定的双链区,形成杂交的双链。自此以后,由于分子生物学技术的迅猛发展,特别是70年代末到80年代初,分子克隆、质粒和噬菌体DNA的构建成 查看更多>
1。细菌保存于穿刺培养物中:一般细菌保存于穿刺培养物可以维持两年。具体方法如下:用灭菌接种针挑取分散良好的单菌落,针缓慢穿过琼脂到达瓶底,连续几次,盖上瓶盖拧紧,做好标记 查看更多>
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我正在用clontech公司的SMART技术构建CDNA文库,我RNA提取用的TRIZOL,取的癌组织,标本离体后放冰盒,一小时后按比例加TRIZOL用剪刀剪碎,放-20过夜,其他步骤完全按说明进行.提的RNA跑胶还可以,ss-cDNA也还可以,可LD-PCR时就出不来.想请高手帮帮小弟.现附上电泳图.
CDNA文库筛选 实验方法 123
小柒pfum2021-07-22
1 核酸杂交
用,靠.规模析文库克隆.
1)同源探针:至少含所需cDNA克隆部确切序列.用于部克隆离cDNA文库全克隆.
2)部同源探针:探针序列与所要筛选cDNA克隆序列相关相同.用于克隆家族基.
3)总cDNA探针:
通反转录酶均匀掺入放射性核苷酸或通总或级离poly(A)+mRNA进行末端标记获cDNA探针.
cDNA扣除探针:
第种mRNA制备cDNA探 针, 连续与20倍量第二种mRNA杂交;
收未杂交cDNA探针, 再与100倍量第种mRNA杂交, 使原mRNA些特异序列高度富集.
* 主要用于探测cDNA文库与调节水平所差别mRNA克隆.
5)合寡核苷酸探针
2 特异性免疫检测
cDNA表达文库,目基表达产 物能与特异性抗体发免疫反应,通酶加检测
3 cDNA克隆同胞检测
cDNA文库若干组含10-100克隆易于处理亚cDNA文库,每组亚cDNA文库进行检测,鉴定阳性库再断其更细库进行检测,直获阳性单克隆.
4 cDNA克隆确证
cDNA克隆含编码某特定蛋白质完整氨基酸序列放读框.
第四节 目基离
外源基:
插入载体内特定片段基.
目基:
些已或者准备要离,改造,扩增或表达特定基或DNA片段.图" class="ikqb_img_alink">
如题!新开设SSH/全长CDNA文库子版。
凡有关抑制性差减杂交和全长cDNA文库构建的贴子,请发此子版!!

已经在mirbase数据库下载水稻的所有miRNA序列,可以比对某种昆虫的转录组文库寻找靶基因吗?

可以用targetscan或者miRwalk网站吗?有什么方法吗?

基因的表达是DNA-RNA-蛋白,期间有转录水平调控、转录后调控、翻译后调控等多种调控机制影响该基因的表达.所以蛋白水平高低的原因就可能是多方面的.蛋白表达多,可能是mRNA多,也可能mRNA变化不大,而是翻译多了;蛋白表达少,原因亦然.从2个水平检测一个基因的表达,可以更全面地了解该基因在该组织某个时期或某种条件下的变化受到什么水平的调控.
SiRNA高通量筛选123
夏夏xr142017-11-05
Small interfering RNA (siRNA):是一种小RNA分子(~21-25核苷酸),由Dicer(RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成.SiRNA是siRISC的主要成员,激发与之互补的目标mRNA的沉默.
RNA干涉(RNAinterference,RNAi)是指内源性或外源性双链RNA(dsRNA)介导的细胞内mRNA发生特异性降解,从而导致靶基因的表达沉默,产生相应的功能表型缺失的现象.
RNA干涉(RNAi)在实验室中是一种强大的实验工具,利用具有同源性的双链RNA(dsRNA)诱导序列特异的目标基因的沉寂,迅速阻断基因活性.siRNA在RNA沉默通路中起中心作用,是对特定信使RNA(mRNA)进行降解的指导要素.siRNA是RNAi途径中的中间产物,是RNAi发挥效应所必需的因子.siRNA的形成主要由Dicer和Rde-1调控完成.由于RNA 病毒入侵、转座子转录、基因组中反向重复序列转录等原因,细胞中出现了dsRNA,Rde-1(RNAi缺陷基因-1)编码的蛋白质识别外源dsRNA,当dsRNA达到一定量的时候,Rde-1引导dsRNA与Rde-1编码的Dicer(Dicer是一种RNaseIII 活性核酸内切酶,具有四个结构域:Argonaute家族的PAZ结构域,III型RNA酶活性区域,dsRNA结合区域以及DEAH/DEXHRNA解旋酶活性区)结合,形成酶-dsRNA复合体.Dicer 切割后形成siRNA,然后,在ATP的参与下,细胞中存在的一种RNA诱导的沉默复合体RNA-induced silencing complex RNAi干涉的关键步骤是组装RISC和合成介导特异性反应的siRNA蛋白.siRNA并入RISC中,然后与靶标基因编码区或UTR区完全配对,降解靶标基因,因此说siRNA只降解与其序列互补配对的mRNA.其调控的机制是通过互补配对而沉默相应靶位基因的表达,所以是一种典型的负调控机制.siRNA识别靶序列是有高度特异性的,因为降解首先在相对于siRNA来说的中央位置发生,所以这些中央的碱基位点就显得极为重要,一旦发生错配就会严重抑制RNAi的效应.
RNAi在基因沉默(silent gene)方面具有高效性和简单性,所以是基因功能研究的重要工具.
大多数药物属于标靶基因(或疾病基因)的抑制剂,因此RNAi 模拟了药物的作用,这功能丢失(LOF)的研究方法比传统的功能获得(GOF)方法更具优势.因此, RNAi 在今天的制药产业中是药物靶标确认的一个重要工具.同时,那些在靶标实验中证明有效的siRNA/shRNA本身还可以被进一步开发成为RNAi药物.
在药物标靶发现和确认方面,RNAi技术已获得了广泛的应用.生物技术公司或制药公司通常利用建立好的RNAi文库来引入细胞,然后通过观察细胞的表型变化来发现具有功能的基因.如可通过RNAi文库介导的肿瘤细胞生长来发现能抑制肿瘤的基因.一旦所发现的基因属于可用药的靶标(如表达的蛋白在细胞膜上或被分泌出细胞外),就可以针对此靶标进行大规模的药物筛选.此外,被发现的靶标还可用RNAi技术在细胞水平或动物体内进一步确认.
在疾病治疗方面,双链小分子RNA或siRNA已被用于临床测试用于几种疾病治疗,如老年视黄斑退化、肌肉萎缩性侧索硬化症、类风湿性关节炎、肥胖症等.在抗病毒治疗方面,帕金森病等神经系统疾病已经开始初步采用RNA干扰疗法.肿瘤治疗方面也已经取得了一些成果.
各位大神,我想构建一个植物-马铃薯的CDNA文库,不知道构建一个植物文库要多久时间,还有技术上的困难点是什么,希望懂得伙伴不吝赐教,谢谢了
基因组文库的类型有()_123
风生Ohg32起2017-12-07
cDNA文库
以mRNA为模板,经反转录酶催化,在体外反转录成cDNA,与适当的载体常用噬菌体或质粒载体连接后转化受体菌,则每个细菌含有一段cDNA,并能繁殖扩增,这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织细胞的cDNA文库。基因组含有的基因在特定的组织细胞中只有一部分表达,而且处在不同环境条件、不同分化时期的细胞其基因表达的种类和强度也不尽相同,所以cDNA文库具有组织细胞特异性。cDNA文库显然比基因组DNA文库小得多,能够比较容易从中筛选克隆得到细胞特异表达的基因。但对真核细胞来说,从基因组DNA文库获得的基因与从cDNA文库获得的不同,基因组。DNA文库所含的是带有内含子和外显子的基因组基因,而从cDNA文库中获得的是已经过剪接、去除了内含子的cDNA

基因组文库
用限制性内切酶切割细胞的整个基因组DNA,可以得到大量的基因组DNA片段,然后将这些DNA片段与载体连接,再转化到细菌中去,让宿主菌长成克隆。这样,一个克隆内的每个细胞的载体上都包含有特定的基因组DNA片段,整个克隆群体就包含基因组的全部基因片段总和称为基因组文库。
将某种生物的基因组DNA切割成一定大小的片段,并与合适的载体重组后导入宿主细胞进行克隆。这些存在于所有重组体内的基因组DNA片段的集合,即基因组文库,它包含了该生物的所有基因。展开
区别就是全长cDNA文库中全长cDNA的比例更高,好的一般能达到50%及以上。
真核物基组DNA十庞,其复杂程度蛋白质mRNA100倍左右,且含量重复序列采用电泳离杂交都难直接离目基其含内含等用序列染色体DNA发材料直接克隆目基主要困难.
高等物般具105种左右同基,定间阶段单细胞或体,都尽15%左右基表达,产约15000种同mRNAcDNA文库通RNA反转录由mRNA发cDNA克隆,其复杂程度要比直接基组克隆简单.
我们建立了一个CDNA文库,有8000多条有效的EST序列,希望用条已知序列对这个文库进行blast比对,以找出所有的相似序列。请问有什么现成的工具可以实现这个功能呢?

多谢了!

文库数据可以用excel表格打开,具体格式如下:
>zsbca0_007230.z1.scf
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
>zsbca0_001638.z1.scf
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
>zsbca0_010217.z1.scf
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
………………
第一次建CDNA文库,用的是Clontech的PCRcDNAsynthesisKit,通过LDPCR获得cDNA二链后割胶分级回收连接PMD-18T载体,最后PCR检测,得到的片段大部分集中在500bp左右,只有少量的大于1kb,请各位大虾帮忙看看是不是因为T载体不适合做cDNA文库还是因为质粒cDNA文库的容量问题,还是其它什么原因?多多赐教,不胜感激!