Description:
qPCRMasterMix(optimizedforRocheLightCycler480)andPrimerPremixonlyKAPALibraryQuantificationKits
forNext-GenerationSequencing
Ourstandardsdon’tchange.Neithershouldyours.
KAPALibraryQuantificationKitscontainallthereagentsneededfortheaccurate,reliableandreproducIBLeqPCR-basedquantificationofNGSlibrariespriortopoolingforcaptureorflowcellamplification.KitscontainKAPASYBR®FASTqPCRMasterMix,optimizedforhigh-performanceSYBRGreenI-basedqPCR.TheengineeredKAPASYBRFASTDNAPolymerasecontainedintheMasterMixamplifiesGC-andAT-richDNAfragmentsofdifferentlengthswithsimilarefficiency,makingittheonlyqPCRMasterMixcapableofaccurateqPCR-basedquantificationofNGSlibraries.*Thepre-dilutedsetofDNAStandardscontainedineachkitiscarefullyquality-controlledtoensurelot-to-lotconsistencyandavoiddatadriftovertime.OptimizedPrimerPremixesensureoptimalPCRefficiency.
KitswithDNAStandardsandPrimerPremixesforIllumina® andIonTorrent™sequencers areavailable.Pleasereferencethe InstrumentCompatibilityChart forguidanceoncompatibleplatforms.
NEW!ImproveexperimentaldesignswithourTechnicalGuideforIlluminaPlatforms
*Dataonfile.
ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.
ProductHighlights
AccuratelyquantifyPCR-competentsequencingtemplates
- qPCRonly“counts”thoselibrarymoleculesthatcanbesequenced
- Moreconsistentclusterdensitiesortemplate-to-beadratiosenableoptimalutilizationofsequencingresources
Improvepoolingformultiplexedsequencing
- LibraryconcentrationsdeterminedbyqPCRaremorereliablecomparedtoothermethods*
- TheengineeredKAPASYBRFASTqPCRMasterMixenablesaccuratepoolingoflibrarieswithextremeGC-contentsorlongerinserts*
Eliminatedriftwithcarefullyquality-controlledDNAStandards
- PredilutedDNAStandardseliminatequantificationerrorsassociatedwithpreparationofstandardcurvesusingin-housestandards*
- KAPADNAStandardsundergostrictqualitycontroltoensurelot-to-lotconsistencyandeliminatedatadriftovertime
Improvethroughputwithautomation
- Libraryquantificationassayiscompatiblewith96-and384-wellformat
- Librarydilution,reactionsetupanddataanalysiscanbeautomatedforHTPpipelines
- LearnMore aboutKAPAAutomatedSolutions
*Dataonfile.
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Normalizinglibrariesforpoolingandclusteramplification?CheckouttheseKapaNGSproductstoimproveyourworkflowandresults:
Applications:
Applications- Quantificationoflibrariespriortopoolingformultiplexedsequencing
- QuantificationofindividuallibrariesorlibrarypoolspriortoclusteramplificationoremPCR
- Quantificationoflibrariespriortoandafterhybridizationcapture
- Qualitycontrol,optimizationandtroubleshootingoflibraryconstructionprocessesorworkflows
KitSpecificationsandContents/Storage:
KitSpecificationsandContents/StorageKitscanbestoredforupto12months at-20˚C.
CompletekitsincludeKAPASYBRFASTqPCRMasterMix(2X),PrimerPremix(10X)andasetof6DNAStandards.ReagentsforqPCR(KAPASYBRFASTqPCRMasterMixandPrimerPremix)andDNAStandards(1–6)arealsosoldseparately.Wherenoted,MasterMixescontaininstrument-specificreferencedyes,whiletheUniversalkitincludesROXHighandROXLow(both50X)separately.
Components–Illumina®Platform
Components–IonTorrent™Platform
Specifications
- SpecDescription
- CompatiblePlatformsIlluminaHiSeq,NextSeq,MiSeq,andGAIIxIonTorrentProtonandPGM454GSFLX+andGSJuniorSOLiD5500series
- LibraryTypeAny
- StartingMaterialAnyNGSlibraryreadyforclusteramplificationoremPCR
- Standardcurveconcentrationrange20–0.0002pMforIlluminalibraries83–0.00083pMforIonTorrentand454libraries10–0.0001pg/µLforSOLiDlibraries
- SequencingApplicationsWholeGenomeSequencingWholeExomeSequencingTargetedSequencing(custompanels)RNA-SeqChIP-SeqAmpliconSequencingMethyl-Seq
ebiomall.com
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用,靠.规模析文库克隆.
1)同源探针:至少含所需cDNA克隆部确切序列.用于部克隆离cDNA文库全克隆.
2)部同源探针:探针序列与所要筛选cDNA克隆序列相关相同.用于克隆家族基.
3)总cDNA探针:
通反转录酶均匀掺入放射性核苷酸或通总或级离poly(A)+mRNA进行末端标记获cDNA探针.
cDNA扣除探针:
第种mRNA制备cDNA探 针, 连续与20倍量第二种mRNA杂交;
收未杂交cDNA探针, 再与100倍量第种mRNA杂交, 使原mRNA些特异序列高度富集.
* 主要用于探测cDNA文库与调节水平所差别mRNA克隆.
5)合寡核苷酸探针
2 特异性免疫检测
cDNA表达文库,目基表达产 物能与特异性抗体发免疫反应,通酶加检测
3 cDNA克隆同胞检测
cDNA文库若干组含10-100克隆易于处理亚cDNA文库,每组亚cDNA文库进行检测,鉴定阳性库再断其更细库进行检测,直获阳性单克隆.
4 cDNA克隆确证
cDNA克隆含编码某特定蛋白质完整氨基酸序列放读框.
第四节 目基离
外源基:
插入载体内特定片段基.
目基:
些已或者准备要离,改造,扩增或表达特定基或DNA片段.图" class="ikqb_img_alink">
已经在mirbase数据库下载水稻的所有miRNA序列,可以比对某种昆虫的转录组文库寻找靶基因吗?
可以用targetscan或者miRwalk网站吗?有什么方法吗?
RNA干涉(RNAinterference,RNAi)是指内源性或外源性双链RNA(dsRNA)介导的细胞内mRNA发生特异性降解,从而导致靶基因的表达沉默,产生相应的功能表型缺失的现象.
RNA干涉(RNAi)在实验室中是一种强大的实验工具,利用具有同源性的双链RNA(dsRNA)诱导序列特异的目标基因的沉寂,迅速阻断基因活性.siRNA在RNA沉默通路中起中心作用,是对特定信使RNA(mRNA)进行降解的指导要素.siRNA是RNAi途径中的中间产物,是RNAi发挥效应所必需的因子.siRNA的形成主要由Dicer和Rde-1调控完成.由于RNA 病毒入侵、转座子转录、基因组中反向重复序列转录等原因,细胞中出现了dsRNA,Rde-1(RNAi缺陷基因-1)编码的蛋白质识别外源dsRNA,当dsRNA达到一定量的时候,Rde-1引导dsRNA与Rde-1编码的Dicer(Dicer是一种RNaseIII 活性核酸内切酶,具有四个结构域:Argonaute家族的PAZ结构域,III型RNA酶活性区域,dsRNA结合区域以及DEAH/DEXHRNA解旋酶活性区)结合,形成酶-dsRNA复合体.Dicer 切割后形成siRNA,然后,在ATP的参与下,细胞中存在的一种RNA诱导的沉默复合体RNA-induced silencing complex RNAi干涉的关键步骤是组装RISC和合成介导特异性反应的siRNA蛋白.siRNA并入RISC中,然后与靶标基因编码区或UTR区完全配对,降解靶标基因,因此说siRNA只降解与其序列互补配对的mRNA.其调控的机制是通过互补配对而沉默相应靶位基因的表达,所以是一种典型的负调控机制.siRNA识别靶序列是有高度特异性的,因为降解首先在相对于siRNA来说的中央位置发生,所以这些中央的碱基位点就显得极为重要,一旦发生错配就会严重抑制RNAi的效应.
RNAi在基因沉默(silent gene)方面具有高效性和简单性,所以是基因功能研究的重要工具.
大多数药物属于标靶基因(或疾病基因)的抑制剂,因此RNAi 模拟了药物的作用,这功能丢失(LOF)的研究方法比传统的功能获得(GOF)方法更具优势.因此, RNAi 在今天的制药产业中是药物靶标确认的一个重要工具.同时,那些在靶标实验中证明有效的siRNA/shRNA本身还可以被进一步开发成为RNAi药物.
在药物标靶发现和确认方面,RNAi技术已获得了广泛的应用.生物技术公司或制药公司通常利用建立好的RNAi文库来引入细胞,然后通过观察细胞的表型变化来发现具有功能的基因.如可通过RNAi文库介导的肿瘤细胞生长来发现能抑制肿瘤的基因.一旦所发现的基因属于可用药的靶标(如表达的蛋白在细胞膜上或被分泌出细胞外),就可以针对此靶标进行大规模的药物筛选.此外,被发现的靶标还可用RNAi技术在细胞水平或动物体内进一步确认.
在疾病治疗方面,双链小分子RNA或siRNA已被用于临床测试用于几种疾病治疗,如老年视黄斑退化、肌肉萎缩性侧索硬化症、类风湿性关节炎、肥胖症等.在抗病毒治疗方面,帕金森病等神经系统疾病已经开始初步采用RNA干扰疗法.肿瘤治疗方面也已经取得了一些成果.
以mRNA为模板,经反转录酶催化,在体外反转录成cDNA,与适当的载体常用噬菌体或质粒载体连接后转化受体菌,则每个细菌含有一段cDNA,并能繁殖扩增,这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织细胞的cDNA文库。基因组含有的基因在特定的组织细胞中只有一部分表达,而且处在不同环境条件、不同分化时期的细胞其基因表达的种类和强度也不尽相同,所以cDNA文库具有组织细胞特异性。cDNA文库显然比基因组DNA文库小得多,能够比较容易从中筛选克隆得到细胞特异表达的基因。但对真核细胞来说,从基因组DNA文库获得的基因与从cDNA文库获得的不同,基因组。DNA文库所含的是带有内含子和外显子的基因组基因,而从cDNA文库中获得的是已经过剪接、去除了内含子的cDNA
基因组文库
用限制性内切酶切割细胞的整个基因组DNA,可以得到大量的基因组DNA片段,然后将这些DNA片段与载体连接,再转化到细菌中去,让宿主菌长成克隆。这样,一个克隆内的每个细胞的载体上都包含有特定的基因组DNA片段,整个克隆群体就包含基因组的全部基因片段总和称为基因组文库。
将某种生物的基因组DNA切割成一定大小的片段,并与合适的载体重组后导入宿主细胞进行克隆。这些存在于所有重组体内的基因组DNA片段的集合,即基因组文库,它包含了该生物的所有基因。展开
高等物般具105种左右同基,定间阶段单细胞或体,都尽15%左右基表达,产约15000种同mRNAcDNA文库通RNA反转录由mRNA发cDNA克隆,其复杂程度要比直接基组克隆简单.
多谢了!
文库数据可以用excel表格打开,具体格式如下:
>zsbca0_007230.z1.scf
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XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
>zsbca0_001638.z1.scf
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>zsbca0_010217.z1.scf
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