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中文名为信使RNA，是由DNA的一条链作为模板转录而来的、携带遗传信息的能指导蛋白质合成的一类单链核糖核酸。mRNA作为蛋白质合成的模板，决定肽链的排列顺序。
tRNA
中文名为转运RNA，是具有携带并转运氨基酸功能的一类小分子核糖核酸。
rRNA
中文名为核糖体RNA，是最多的一类RNA，也是3类RNA（tRNA,mRNA,rRNA)中相对分子质量最大的一类RNA，它与蛋白质结合而形成核糖体，其功能是作为mRNA的支架，使mRNA分子在其上展开，形成肽链的合成。rRNA占RNA总量的82%左右。rRNA单独存在时不执行其功能，它与多种蛋白质结合成核糖体，作为蛋白质生物合成的“装配机”。
tRNA不是一条直的单链，而是弯曲的，呈现一个三叶草的形状。在弯曲的部位，tRNA自己的碱基跟自己的碱基互补配对连起来，碱基对中存在氢键。
其他的RNA一般为单链不存在氢链，但双链的由于碱基互补配对存在氢键。
成功转染siRNA的细胞会产生目标基因表达下调，但未成功转染的细胞却不受影响，这时转染效率和总的细胞数量就很重要，一般细胞数量较少时转染效率高，一些试剂由于本身毒性的影响，太低的细胞数量时毒性明显，所以会要求较高的细胞密度（汇合度），顺便说一句，看一个转染试剂的毒性，看它要求转染时的细胞密度就知道了。siRNA的转染和DNA的转染不一样，DNA的转染是过量表达，死亡一些细胞对过量表达的蛋白本身来说影响不大，但siRNA的转染，死亡的细胞所有的基因表达（包括特定目标基因）都下降，将与siRNA造成的特定目标基因的表达下降现象是一致的，将大大影响实验结果。选用低细胞毒性的转染试剂其实很重要，比如engreen的Entranster-R4000.
由于siRNA沉默时效性的影响，转染后48小时才能进行进行qRT-PCR检测，转染后48-72小时才能进行蛋白检测。如果转染时铺板密度较高，细胞一方面转染效果不理想，直接影响沉默效果和数据可靠性，另一方面，48小时甚至更长时间后，沉默检测最佳点时，过于密集的细胞将影响细胞状态，从而影响实验结果。
大家好，近期在用lipo2000做悬浮细胞HL-60的siRNA转染，siRNA是由公司合成的三个siRNA，但是敲除效率很低，并且每次qPCR后做出来的结果都不一样：有时是第一个siRNA敲除作用好点，但有时是第二个或第三个siRNA效果好。由于结果不稳，并且细胞不好转我就将细胞换成了A549，但是换成了贴壁细胞后发现每次转染后进行qPCR检测时结果还是不稳，另外，我还设置了不同siRNA的组合，有时结果显示siRNA1+siRNA3效果好，但有时显示siRNA1+2+3效果好。光做这个siRNA转染已经几个月了，到现在都没有确定具体哪个片段起作用或效果最好，也没有一个稳定的趋势。请问造成这种敲除效率不稳定的原因到底是为什么？急切等待回复，谢谢！
最近测序做了TRNAfragment，但是在验证测序结果上遇到了问题，TRF大小在30左右，按照mirna设计颈环引物跑PCR，结果测序为0的数据也能跑出来，后来师兄分析可能把成熟的TRNA也检测出来了，不知道有哪位大神可以指导下TRF的引物应该如何设计啊？
这方面的新手还在看文献看帖学习阶段有个疑惑看到有的文章siRNA也会用到载体比如说pSUPERxx
Thecellsweretransientlytransfectedwith4mg(1:1)pSUPER.retroandpSilencer2.1-U6hygrovectors(vectorgroup),4mgHIF-1asiRNA-expressingplasmid(HIF-1asiRNAgroup),4mgVEGFsiRNA-expressing
plasmid(VEGFsiRNAgroup),or4mg(1:1)HIF-1asiRNA-andVEGFsiRNA-expressingplasmids(co-transfectiongroup)bytheLipofectamine2000(LF2K;Invitrogen,Carlsbad,CA)methodaccordingtothemanufacturer’sinstructions
但是我看各位前辈的说法
siRNA是化学合成的加发卡结构后shRNA才可以加载体构建质粒？然后可能在进一步构建病毒
为什么文章把siRNA插入到载体里面呢？我没理解错吧？它这种表述是不是有问题呢？
然后是构建了质粒载体之后可以再包装成病毒吗？那质粒载体可以直接用吗？
可能我表述的也不太清楚。。。希望有前辈简单回答！
tRNA的二级结构：单链内某些区域靠氢键配对形成局部双链，并折叠形成其二级结构-三叶草型结构
三级结构是在二级结构基础上进一步折叠形成，呈“倒L”型。
siRNA：Small interfering RNA (siRNA)：是一种小RNA分子（~21-25核苷酸），由Dicer（RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶）加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员，激发与之互补的目标mRNA的沉默。
siRNA有如下特点：
1. 长度约在22nt左右。
2. 依赖Dicer酶的加工，是Dicer的产物，所以具有Dicer产物的特点。
3. 生成需要Argonaute家族蛋白存在。
4. 是RISC组分。
5. siRNA合成是由双链的RNA或RNA前体形成的。
6. siRNA一般是人工体外合成的，通过转染进入人体内，是RNA干涉的中间产物；植物体内也存在内源的siRNA。
7. 结构上， siRNA是双链RNA。
8. 在Dicer酶的加工过程中， siRNA对称地来源于双链RNA的前体的两侧臂。
9. 在作用位置上， siRNA可作用于mRNA的任何部位，并与mRNA完全互补。
10. 在作用方式上， siRNA只能导致靶标基因的降解，即为转录水平后调控。
11. siRNA不参与生物生长，是RNAi的产物，原始作用是抑制转座子活性和病毒感染。
PNA是一种人工合成的核酸的类似物，与核酸相似，它也是由携带ATGC四种碱基的四种单体首尾相连所构成的链状结构，从而保证这种物质能够像核酸一样靠碱基堆积力形成Watson-Crick碱基对，与DNA、RNA形成杂交分子PNA/DNA或PNA/RNA这就是PNA作为杂交探针的理论基础。所不同的是构成PNA骨架的单体不是通常的带负电的磷酸核糖而是N-(2-氨已基）-甘氨酸，单体之间靠酰胺键连接成长链。这种电中性的骨架结构赋予肽核酸探针优良的杂交特性。
首先PNA/DNA杂交分子的性质很稳定，从化学动力学角度看，PNA/DNA的结合常数有明显提高，一旦形成了双链，即使加入上百倍的寡核苷酸也不能使它解离。据报道，对于含有高度反向重复序列的超螺旋DNA，PNA/DNA杂交分子比DNA/DNA双链的结合常数提高了五万倍；从热力学角度看，PNA/DNA杂交分子的Tm也高于相同序列的DNA/DNA双链，通常，在100mmol/L的NaCl溶液中，PNA/DNA杂合子与相应的DNA/DNA双链相比，每个碱基对的Tm值要高出1℃。也就是说，15个碱基对的PNA/DNA平均Tm值约为70℃，比同样的DNA/DNA要高出15℃。从而使检测过程中的灵敏度大为提高。此外，中性骨架还使PNA与DNA的杂交摆脱了对杂交液盐度的依赖，这一重要性质不仅意味着杂交过程中省去了提高盐浓度的操作，更有意义的是，只要保证杂交体系足够低的离子强度，就能抑制非特异性的杂交和靶DNA序列的自身复性对灵敏度的损害。
不但如此，这种高度的灵敏度并没有像其他种类的探针一样引起特异性的下降，相反它对于碱基错配的容纳力更小。在16bp的PNA/DNA杂合子中，一个碱基的错配会导致Tm值下降15℃，而对于同样的DNA双链，Tm值只下降11℃
原文地址：http://tahepna.com/file_news_read.asp?id=59&class=%D1%D0%BE%BF%BD%F8%D5%B9&fo=4&flag=
