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eylabs
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GP-1301-10
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Product Description

Colloidal Gold Conjugated Glycine max Lectin (Soybean) -SBA-, 1mL, available in 5-40nm particle sizes (please select above). Additional sizes available upon request, surcharges will apply.

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F: Forward primer 正向引物
R: Reversed primer 反向引物
大家好,最近准备做基因敲除的实验,在引物设计的起步上就走不动了,基因上下游同源臂引物是怎么设计的,谢谢大家,现在实验进行不了了,请大家能告知,万分感谢!!!
测序引物和PCR引物的区别123
你懂得0c鵄2017-10-01
个人感觉差别不大,纯化级别高的PCR引物用来测序也没问题;
非要说差别,可能就在测序引物是让片段线性增加,PCR引物是让片段指数增加。
引物就是为了增幅目的DNA而导入的短小DNA片断,在PCR反应中,新合成的DNA是要接在引物上才能继续按照模版DNA复制.引物的设计因需要增幅的序列而不同.举个例子来说,你要增幅如下序列:
accctcccgccccccccgtat
(互补碱基不写了)
那么一般来说,你就要导入以accctc结尾的引物使得增幅继续下去,具体方法和注意事项楼主可以看gee_an大侠的资料.
查了一下测序公司的网页,如果要同定微生物,楼主需要准备如下东东:
1、待测菌体.试管或培养皿都可以,但必须是纯粹的待测菌体,不能含有其他的微生物.
2、提纯的DNA.如果1有致病性或传染性,那么楼主就得自己提纯DNA再交给测序公司.DNA纯度要求可以做PCR.
引物一般都是成对存在的。比如从大基因组中扩增一段400bp的目的片段。
需要在片段5‘端和3’端分别设计引物去扩增。
所以,对应的上游5‘端,我们习惯叫做”上游引物“,即forward primer,简称for;
对应序列的3’端,我们叫做下游引物,reverse primer,简称rev。

我们在设计pcr引物的时候,经常需要将设计好的正反向引物与基因组DNA序列进行比对验证,但是因为反向引物是反向互补的,所以有些麻烦。因此,在这里介绍两个非常的小工具,一个是在线的模拟PCR,一个是本地运行的程序包,我会以附件形式上传,不需要蚁豆即可下载。两个都写得非常详细,相信大家都能看懂。不知道这个帖子能不能加分?希望版主看到后给予加分奖励

方法一:UCSC中的In-SilicoPCR

1、登录UCSC,网址链接http://www.genome.ucsc.edu/index.html,点击右侧工具的In-SilicoPCR,或者在Tools下拉框中点击In-SilicoPCR,如下所示:

2、点击In-SilicoPCR后,出现如下界面,我们需要将自己设计好的正向引物和反向引物分别粘贴至各自空白框,点击submit。对其它几个参数做点说明吧,MaxProductSize是指被放大区域的最大长度,MinPerfectMatch是指和引物的3‘末端PerfectMatch的最小碱基数目,MinGoodMatch:是指和引物的3‘末端GoodMatch的最小碱基数目,GoodMatch是3个碱基里最少匹配2个,FlipReversePrimer:反向引物反向互补。

3、我用自己设计的基因举例说明:HNF-1α的EXON2,参考序列:NM_000545,正向引物5’-3‘:CAGCCCTTGCTGAGCAGATCC,反向引物5’-3‘:CCACTGACTTCCTTTCCATCTACC。正向引物和反向引物分别粘贴至各自空白框,点击submit。出现如下结果,其中第一个红色标记指染色体位置,第二个红色标记指长度,第三个红色标记是我们输入的正反向引物,第四个标记可以直接链接至Primer3在线设计引物,网址http://primer3.ut.ee/。比对染色体位置就可以知道我们设计的引物是否包括HNF-1α的EXON2。

方法二:Reverse程序

这个程序是一位程序员朋友专门为我们编写的,操作非常简单,输入反向互补的引物序列后,就可以得到原始碱基序列。文件夹内一共才3个文件。

举例说明,HNF-1α的EXON2,参考序列:NM_000545,正向引物5’-3‘:CAGCCCTTGCTGAGCAGATCC,反向引物5’-3‘:CCACTGACTTCCTTTCCATCTACC。

1、点击target,粘贴反向引物序列。

2、点击右上角关闭键,这时候会弹出对话框,点击保存

3、打开文件夹中的reverse_complement应用程度,按任意键即可自动关闭。

4、打开文件夹中的result,就可以得到反向互补引物序列对应的原始序列。

5、这时候就可以将正向序列和刚刚得到的原始序列一起代入HNF-1α的EXON2中检验我们设计的引物是否覆盖了目标片段。

好了,就这两个小工具了,非常实用,希望大家有所收获。有什么疑问可以给我留言或者私信我,支持我的战友就请给我投票吧。版主能给予我加分奖励吗?



reverse_complement.rar(95.82k)

请教各位高手:

1.本人最近用权威文献中的引物PCR,使用前在NCBI上BLAST了一下,可是并没有结果。这个引物可用吗?

2.自己用OLIGO7设计了一对引物,评分良好,BLAST特异性好。可是实际一直P出某条非目的条带。退火温度也按TM值调节过了。实在想不出什么原因。

3.使用NCBI上的PRIMER-BLAST设计的引物,在NCBI自己的BLAST却找不到目的片段,这是为啥?引物可用吗?

谢谢!

DNA序列的PCR引物设计 123
栗子芯2017-10-01
5’-TCGATGCGACACGACTGAGCCTA-3’
帮忙设计这段DNA序列的2个引物,forwardprimer还有reverseprimer,要只含有6个bp
麻烦写详细3端和5端,可以的话写下设计方法,感激不尽啊
刚开始学很是困惑,老师也没详细讲。。。
使用primerpremier5.0设计引物,每次提示有错配或者二聚体形成时,常会提示moststablesite(dimer)ΔG=Xproduct=Y。。这是什么意思呢?(之前一直理解为当自由能为这一特定值X时,才会有错配或者二聚体)还有设计引物时,ΔG要怎么考虑呢


什么是锚定引物
关于PCR引物的疑问 经验共享 123
理性男人Bink2017-10-01
假设你要扩增某个基因,但是这个基因中在你设计引物的地方处基因不保守也就是说发生了突变,比如说有四个碱基发生了突变(如A突变成C),但是你又想设计的引物能把突变的基因也扩增出来,所以你的引物在突变点应该是既可以结合A也可以结合C,所以那个突变点的引物则要合成兼并引物。
PCR技术中的引物的本质和作用。
  引物是一小段单链DNA或RNA,引物可以做为DNA复制开始时DNA聚合酶的结合位点,在细胞外的条件下,只有通过引物,DNA才可以开始进行复制。
  引物是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。
  启动子和引物两者的区别:
  启动子是DNA分子上能与RNA聚合酶结合并形成转录起始复合体的区域,在许多情况下,还包括促进这一过程的调节蛋白的结合位点,决定RNA聚合酶转录起始位点的DNA序列。引物是一小段单链DNA或RNA,引物可以做为DNA复制开始时DNA聚合酶的结合位点,在细胞外的条件下,只有通过引物,DNA才可以开始进行复制。引物是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。
  启动子是位于结构基因前的非编码区对转录起调控作用的一段DNA序列。引物则是游离于DNA复制的模板链之外的对DNA复制起调控作用的一小段单链DNA或RNA。
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