When performing gene expression analysis by real-time PCR, ready-to use primer sets for RT-PCR save time, minimize pipetting, and reduce error. Included in the PrimerArray series are sets of real-time RT-PCR primers for analyzing the expression of genes associated with specific disease states in human (Cat.# PH011–PH015) or mouse (Cat.# PN011–PN015). These PrimerArray RT-PCR primer sets allow efficient workflows for colorectal cancer gene expression analysis as well as other diseases such as pancreatic cancer, prostate cancer, melanoma, small lung cell cancer, non-small lung cell cancer, asthma, rheumatoid arthritis, and Type I or Type II diabetes.
When performing gene expression analysis by real-time PCR, ready-to use primer sets for RT-PCR save time, minimize pipetting, and reduce error. Included in the PrimerArray series are sets of real-time RT-PCR primers for analyzing the expression of genes associated with specific disease states in human (Cat.# PH011–PH015) or mouse (Cat.# PN011–PN015). These PrimerArray RT-PCR primer sets allow efficient workflows for colorectal cancer gene expression analysis as well as other diseases such as pancreatic cancer, prostate cancer, melanoma, small lung cell cancer, non-small lung cell cancer, asthma, rheumatoid arthritis, and Type I or Type II diabetes.
Each array contains 96 primer pairs representing 88 genes associated with a disease pathway and 8 housekeeping genes. When comparing an unknown sample to a control sample, gene expression differences can be measured using the relative quantification method. The expression levels of multiple genes can be screened simultaneously.
The PrimerArray Analysis Tool* (download) and/or Multiplate RQ (for use with the Thermal Cycler Dice Real Time Systems, not available in all geographic locations) are useful for analyzing data obtained using these products. This analysis tool is linked to the KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) database, allowing results to be visualized on a pathway map. Primer set information and a manual on how to use the tool can be downloaded by opening the product table and clicking on the Resources tab for your product of interest.
* The PrimerArray Analysis Tool uses a macro. Please select "enable macro" each time to use the file.
ebiomall.com
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新手一枚,看到论坛里也有许多人问过,但没找到比较确切的回答,还是不是很理解,做芯片给出的lncRNA的名字是XLOC_009167,这个名字在ncbi里面都找不出来,我该怎么样去获得这个rna的信息呢?
引物是一小段单链DNA或RNA,引物可以做为DNA复制开始时DNA聚合酶的结合位点,在细胞外的条件下,只有通过引物,DNA才可以开始进行复制。
引物是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。
启动子和引物两者的区别:
启动子是DNA分子上能与RNA聚合酶结合并形成转录起始复合体的区域,在许多情况下,还包括促进这一过程的调节蛋白的结合位点,决定RNA聚合酶转录起始位点的DNA序列。引物是一小段单链DNA或RNA,引物可以做为DNA复制开始时DNA聚合酶的结合位点,在细胞外的条件下,只有通过引物,DNA才可以开始进行复制。引物是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。
启动子是位于结构基因前的非编码区对转录起调控作用的一段DNA序列。引物则是游离于DNA复制的模板链之外的对DNA复制起调控作用的一小段单链DNA或RNA。
需要在片段5‘端和3’端分别设计引物去扩增。
所以,对应的上游5‘端,我们习惯叫做”上游引物“,即forward primer,简称for;
对应序列的3’端,我们叫做下游引物,reverse primer,简称rev。
我们在设计pcr引物的时候,经常需要将设计好的正反向引物与基因组DNA序列进行比对验证,但是因为反向引物是反向互补的,所以有些麻烦。因此,在这里介绍两个非常的小工具,一个是在线的模拟PCR,一个是本地运行的程序包,我会以附件形式上传,不需要蚁豆即可下载。两个都写得非常详细,相信大家都能看懂。不知道这个帖子能不能加分?希望版主看到后给予加分奖励
方法一:UCSC中的In-SilicoPCR
1、登录UCSC,网址链接http://www.genome.ucsc.edu/index.html,点击右侧工具的In-SilicoPCR,或者在Tools下拉框中点击In-SilicoPCR,如下所示:
2、点击In-SilicoPCR后,出现如下界面,我们需要将自己设计好的正向引物和反向引物分别粘贴至各自空白框,点击submit。对其它几个参数做点说明吧,MaxProductSize是指被放大区域的最大长度,MinPerfectMatch是指和引物的3‘末端PerfectMatch的最小碱基数目,MinGoodMatch:是指和引物的3‘末端GoodMatch的最小碱基数目,GoodMatch是3个碱基里最少匹配2个,FlipReversePrimer:反向引物反向互补。
3、我用自己设计的基因举例说明:HNF-1α的EXON2,参考序列:NM_000545,正向引物5’-3‘:CAGCCCTTGCTGAGCAGATCC,反向引物5’-3‘:CCACTGACTTCCTTTCCATCTACC。正向引物和反向引物分别粘贴至各自空白框,点击submit。出现如下结果,其中第一个红色标记指染色体位置,第二个红色标记指长度,第三个红色标记是我们输入的正反向引物,第四个标记可以直接链接至Primer3在线设计引物,网址http://primer3.ut.ee/。比对染色体位置就可以知道我们设计的引物是否包括HNF-1α的EXON2。
方法二:Reverse程序
这个程序是一位程序员朋友专门为我们编写的,操作非常简单,输入反向互补的引物序列后,就可以得到原始碱基序列。文件夹内一共才3个文件。
举例说明,HNF-1α的EXON2,参考序列:NM_000545,正向引物5’-3‘:CAGCCCTTGCTGAGCAGATCC,反向引物5’-3‘:CCACTGACTTCCTTTCCATCTACC。
1、点击target,粘贴反向引物序列。
2、点击右上角关闭键,这时候会弹出对话框,点击保存。
3、打开文件夹中的reverse_complement应用程度,按任意键即可自动关闭。
4、打开文件夹中的result,就可以得到反向互补引物序列对应的原始序列。
5、这时候就可以将正向序列和刚刚得到的原始序列一起代入HNF-1α的EXON2中检验我们设计的引物是否覆盖了目标片段。
好了,就这两个小工具了,非常实用,希望大家有所收获。有什么疑问可以给我留言或者私信我,支持我的战友就请给我投票吧。版主能给予我加分奖励吗?
reverse_complement.rar(95.82k)
R: Reversed primer 反向引物
在这里我向大家隆重推荐一个在线的引物设计软件,是斯坦福大学的,我认为是最好的在线引物设计软件,我用它设计接近100多对引物,可以说是屡试不爽。它用起来也很简单,最重要的是效果非常好,考虑的因素也非常的多。
先不说那么多了:网址:http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer
下面我继续图示。
帖子发表之后很多战友PM我,让我帮设计引物,其实这很让我失望的,我的本意是让大家掌握这种方法,而不是告诉大家我是一个专家,其实我水平也有限,所以我不会帮大家设计引物,我认为这是科研工作的一部分、基本功,祝大家好运、实验顺利。
accctcccgccccccccgtat
(互补碱基不写了)
那么一般来说,你就要导入以accctc结尾的引物使得增幅继续下去,具体方法和注意事项楼主可以看gee_an大侠的资料.
查了一下测序公司的网页,如果要同定微生物,楼主需要准备如下东东:
1、待测菌体.试管或培养皿都可以,但必须是纯粹的待测菌体,不能含有其他的微生物.
2、提纯的DNA.如果1有致病性或传染性,那么楼主就得自己提纯DNA再交给测序公司.DNA纯度要求可以做PCR.