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RayBiotech/Human p53 Transcription Factor Activity Assay/1 Plate Kit/TFEH-p53-1
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RayBiotech/Human p53 Transcription Factor Activity Assay/1 Plate Kit/TFEH-p53-1
品牌 / 
RayBiotech
货号 / 
TFEH-p53-1
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Antigen Information

Accession Number:
  • P04637
Gene ID:
  • 7157
Gene Symbols:
  • P53
  • TP53
Protein Name & Synonyms:
Cellular tumor antigen p53 (Antigen NY-CO-13) (Phosphoprotein p53) (Tumor suppressor p53)
Target Species:
  • Human

Assay Format

Pathway:
  • Akt Signaling
  • AMPK Signaling
  • HER/ErbB Signaling
  • HIF-1 alpha Signaling
  • MAPK Signaling
  • mTOR Signaling
  • p53 Signaling
  • PI3K-AKT Signaling
Specificity:
The olionucleotide/antibody pair provided in this kit recognizes human p53 in whole lysates and nuclear extracts.
Number of Targets Detected:
1
Species Detected:
  • Human
Compatible Sample Types:
  • Cell Lysates
  • Nuclear Extracts
Design Principle:
  • Sandwich-based
Method of Detection:
Colorimetric
Quantitative/Semi-Quantitative:
  • Semi-Quantitative
Solid Support:
96-well Microplate

Product Specifications

Size:
1, 2, or 5 x 96-Well Strip Microplate Kit

Introduction

p53 is a master regulating transcription factor of cell fate that activates genes responsible for a cell-cycle checkpoint or apoptosis after exposure to ionizing radiation, UV light, or other DNA-damaging agents. To date over 125 protein-coding genes and noncoding RNAs have been shown to be a direct transcriptional target of p53. The p53 protein has features commonly associated with transcriptional regulators including an amino-terminal transactivation domain consisting of two transactivation subdomain TAD-I and TAD-II, a proline-rich region, a conserved core DNA-binding domain (DBD), a linker region, a tetramerization domain, and an unstructured basic domain in the carboxy-terminus. In normal cells where p53 is found at very low levels, p53 is present in a complex with MDM2, an E3 ubiquitin ligase, which targets p53 for degradation through the ubiquitin pathway. In response to stimuli, this inhibition is relieved and p53 is activated through a number of mechanisms which include phosphorylation, dephosphorylation by protein serine/threonine phoshatase-1, acetylation by the transcriptional coactivator p300/CBP, and induced conformational changes mediated by the prolyl isomerase Pin1. An increase in active p53 protein levels leads to multiple outcomes such as cell cycle arrest, apoptosis, senescence, autophagy, and others. Contrarily, the loss or inactivation of p53 due to damage or mutation, results in the loss of cell-cycle arrest or apoptosis after DNA damage or physiologic stresses. This loss, seen in many human cancers, is expected to lead to increased genetic instability, increased accumulation of mutations, and ultimately oncogenesis.

Product Features

  • Specific transcription factor-DNA binding assay
  • Perfect alternative to EMSA
  • Easy to perform in an ELISA format
  • Non-radioactive assay
  • High throughput (96-well plate format)
  • Assay can be completed within 5 hours

Application Notes

Kit Components
  • 96-well Strip Microplate pre-coated with DNA probes
  • DNA Binding Buffer
  • Positive Control Sample
  • Specific Competitor DNA probe
  • Non-specific Competitor DNA probe
  • Assay Reagent
  • DTT
  • Wash Buffer
  • Primary Antibody
  • HRP-conjugated Secondary Antibody
  • Antibody Diluent Buffer
  • TMB One-Step Substrate Reagent
  • Stop Solution
Other Materials Required
  • Distilled or deionized water
  • 100 ml and 1 liter graduated cylinders
  • Tubes to prepare sample dilutions
  • Absorbent paper
  • Precision pipettes to deliver 2 µl to 1 ml volumes
  • Adjustable 1-25 ml pipettes for reagent preparation
  • < li="">
  • Microplate reader capable of measuring absorbance at 450 nm
Protocol Outline
  1. Prepare all reagents and samples as instructed in the manual.
  2. Add 100 µl of sample or positive control to each well.
  3. Incubate 2 h at RT or O/N at 4 °C.
  4. Add 100 µl of prepared primary antibody to each well.
  5. Incubate 1 h at RT.
  6. Add 100 µl of prepared HRP-secondary antibody to each well.
  7. Incubate 1 h at RT.
  8. Add 100 µl of TMB One-Step Substrate Reagent to each well.
  9. Incubate 30 min at RT.
  10. Add 50 µl of Stop Solution to each well.
  11. Read at 450 nm immediately.

Typical Data

Figure 1Transcription factor assay of p53 from nuclear extracts of HeLa cells or HeLa cells treated with NiCl2. After stimulation activated p53 binds with its corresponding DNA. A. Western-blot result of p53 from cytoplasm and nuclear fractions. B. Transcription factor assay of p53 from nuclear fractions with RayBio® p53 TF-Activity Assay Kit .

Transcription factor assay of p53 from nuclear extracts of HeLa cells or HeLa cells treated with NiCl2. After stimulation activated p53 binds with its corresponding DNA. A. Western-blot result of p53 from cytoplasm and nuclear fractions. B. Transcription factor assay of p53 from nuclear fractions with RayBio p53 TF-Activity Assay Kit

Figure 2Transcription factor assay of p53 from nuclear extracts of HeLa cells or HeLa cells treated with NiCl2 with the specific competitor or non-specific competitor. The result shows specific binding of p53 to the p53 DNA binding site.

Transcription factor assay of p53 from nuclear extracts of HeLa cells or HeLa cells treated with NiCl2 with the specific competitor or non-specific competitor. The result shows specific binding of p53 to the p53 DNA binding site.

Storage/Stability

Upon receipt, the positive control should be removed and stored at -20° or -80°C. The remainder of the kit can be stored for up to 6 months at 2-8°C from the date of shipment. Opened Microplate Wells or reagents may be stored for up to 1 month at 2° to 8°C. Return unused wells to the pouch containing desiccant pack, reseal along entire edge. Note: The kit can be used within one year if the whole kit is stored at -20°C upon receipt. Avoid repeated freeze-thaw cycles.

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荧光染料是研究生物学围观世界特别是核酸时最常用的示踪工具之一,楼主想要详细的了解的话,可以去专业的网站上面找找看,有空的话可以去生物帮那里查看一下。我比较喜欢去那里查找资料的。这个网站蛮专业的。我记得上面有一个介绍了分子生物学实验和细胞学实验中常用的荧光染料文档,还对荧光染料的使用提出了自己的看法。你可以参考一下啊。有时间就去那儿上面( YINGG.www.bio1000.com/ )找找看啊,希望可以帮到你啊
请教大家问题:我做的QPCR扩增同一个模板,结果熔融温度分别是74.45,74.17,75.71,75.09,75.21,73.93等,多数在74-75之间,73左右的就一个数值。原来做过用相同的模板扩增,熔融温度是》74《75之间的数值,熔融峰为单峰,且确定是目的基因,不是引物二聚体。并且,相同的标准品时隔一段时间(-80度保存),不同时间做PCR,结果CT值差别较大。有以下的疑问想和大家一起讨论:
1.熔融温度为75,74,73度的样品是否是同一个产物?熔融温度为56度的是不是没有扩增产物?
2.为什么相同的标准品不同反应CT值差别这么大?是不是荧光染料降解?我用的是试剂盒中的扩增酶,还没用几次。
3.扩增曲线的形态是否说明标准品已经有降解?
4.另外,我原来做CDNA梯度稀释做的挺好,可是这个直接是RNA为标准品,我用一步法进行QRT-PCR。标准品梯度稀释线性效果不稳定,有的时候好,有的时候不好。请假大家有没有好的建议?
附件中有扩增曲线和熔融曲线,请大家帮忙分析,谢过了!

新建MicrosoftOfficeWord文档.docx(46.18k)
快到年关,才准备要做实时定量,但因从没做过,万一设计有误,那损失不堪设想,恳请各位高手帮我看看有没有什么问题:
我要检测的是一个巢氏PCR的终产物,那我能否用首次PCR的产物纯化,稀释后来作标准品?好象一般都认为用质粒作更好,但我想质粒片段与我样品首次PCR产物的长度不同,扩增效率是不是也有差异?而且用质粒扩增前,是不是要先把质粒酶切成线性后,才能扩?(这个问题好象有点菜)
另外,如果用荧光染料,那是用预混型试剂好,还是各配各的好?因为据说镁离子浓度对实验影响较大,如果用预混型,不是就不能调离子浓度了吗?

先谢谢各位了。
用不同荧光染料标记的抗体,分别与小鼠细胞和人细胞的细胞膜上的一种抗原结合,两类细胞则分别产生绿色荧光和红色荧光.将两类细胞融合成一个细胞时,其一半呈绿色,一半呈红色.在37℃下保温40min后,细胞上两种荧光点呈均匀分布(如图所示),试问:(1)人...
溴化乙锭通过嵌入碱基之间而与DNA结合,进而使双螺旋解旋。由此导致线状DNA的长度有所增加,作为补偿,将在闭环质粒DNA中引入超螺旋单位。最后,超螺旋度大为增加, 从而阻止了溴化乙锭分子的继续嵌入。但线状分子不受此限,可继续结合更多溴化乙锭,直至达到饱和( 每2个碱基对大约结合1个溴化乙锭分子) 。由于染料的结合量有所差别,线状和闭环DNA分子在含有饱和量溴化乙锭的氯化铯度中的浮力密度也有所不同。多年来,氯化铯-溴化乙锭梯度平衡离心已成为制备大量质粒DNA 的首选方法。然而该过程既昂贵又费时,为此发展了许多替代方法。其中主要包括利用离子交换层析、凝胶过滤层析、分级沉淀等分离质粒DNA和宿主DNA的方法。尽管这些方法大多数均被束之高阁,但其中最好的方法,也应是聚乙二醇分级沉淀法。
从大肠杆菌细胞中分离质粒DNA的方法众多,其分离的依据可利用分子大小不同,碱基组成的差异以及质粒DNA的超螺旋共价闭合环状结构的特点来进行。碱基性法抽提效果良好,既经济且得率较高。抽提到的质量DNA可用于酶切、连接和转化。对于分子量较大拷贝较少对的质粒DNA,由于DNA片段较大易于损伤断裂,因此选用吕华铯密度超高离心法抽提DNA,且具有纯度高、步骤少、方法稳定且获得的质量DNA是超螺旋构型等特点。对于高拷贝数质粒,用少量制备法抽提质粒DNA就有足够量可用于基因操作。

质粒DNA纯化的试验步骤:
测量DNA溶液的体积,按lg/ml的用量精确地加入固体CsCl, 将溶液加温至30℃助溶。温和地混匀溶液直到盐溶解。
每10mlDNA溶液加入0.8ml溴化乙锭溶液(10mg/ml溶于水);立即将溴化乙锭溶液(漂浮在表层)与DNA-氯化铯溶液混匀, 溶液的终密度应为1.55g/ml(溶液的折射率为1.3860)溴化乙锭浓度大约740μg/ml。【溴化乙锭贮存液应贮存于避光容器内(如用锡箔完全包裹的瓶子),于室温保存。
室温下用Sorvall SS34头(或与其相当的转头)以8000rpm离心5min, 浮在溶液上面的水垢状浮渣是溴化乙锭和细菌蛋白所形成的复合物。
用巴斯德吸管或带大号针头的一次性注射器将浮渣下的清亮红色溶液转移到离心管中。用轻石蜡油加满管的其余部分并封口。
以20℃对所得的密度梯度以45 000rpm离心16h(VTi65 转头)、 以45 000rpm离心48h(Ti50转头)、以60 000rpm离心24h(Ti65转头)或者以60 000rpm离心24h(Ti70.1转头)。普通光照下,在梯中心可见两条DNA区带, 上部区带材料通常较少,由线状的细菌(染色体)DNA和带切口的环状质粒DNA组成:下部区带则由闭环质粒DNA组成。管底部深红色的沉淀是溴化乙锭RNA复合物,位于CsCl溶液和石蜡油之间的是蛋白质。Beckman Quick-Seal离心管中的CsCl-溴化乙锭梯度可容纳4mg 闭环质粒DNA而不至超负荷。如有更大量的质粒存在,将扩展为一条宽带,并与染色体DNA相重叠。这种问题只有在质粒复制达到极高水平时才会出现,只要将该质粒提取物分为2个梯度即可解决。如出现负荷,可收集整个DNA区高产水平时才会出现,只要将该质粒提取物分为2个梯度即可解决。如出现超负荷,可收集整个DNA区带,用CsCl溶液(ρ=1.58g/ml)将体积调到15ml,在两个离心管中再度离心,使DNA达到平衡。
收集DNA带。将21 号皮下注射针头插入管的顶端以使空气进入,为尽量减少污染的机会,首先用18号皮下注射针头按下述方法收集上部的区带(杂色体DNA):用乙醇小心擦拭管外壁以除去任何油脂,然后将一块Soctch胶带贴于管外壁。穿过Soctch胶带将18号皮下注身针头(其斜面向上)插入管中,以便使针头的斜面开口恰好位于染色体DNA区带之下并与该区带相平行。将粘稠状DNA收集到一次性使用的管内,用造型粘土块封住皮下注射针头的末端并将第2根针头留于原处。 穿过Soctch 胶带插入第3根皮下注射针头(18号),将下部的质粒DNA区带收集到玻璃或塑料管中。展开
1.无Ct值出现
  检测荧光信号的步骤有误:一般SG法采用72℃延伸时采集,Taqman法则一般在退火结束时或延伸结束采集信号。
  引物或探针降解:可通过PAGE电泳检测其完整性。
  模板量不足:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起。
  模板降解:避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。
  2.Ct值出现过晚(Ct>38)
  扩增效率低:反应条件不够优化。设计更好的引物或探针;改用三步法进行反应;适当降低退火温度;增加镁离子浓度等。
  PCR各种反应成分的降解或加样量的不足。
  PCR产物太长:一般采用80-150bp的产物长度。
  3.标准曲线线性关系不佳
  加样存在误差:使得标准品不呈梯度。
  标准品出现降解:应避免标准品反复冻融,或重新制备并稀释标准品。
  引物或探针不佳:重新设计更好的引物和探针。
  模板中存在抑制物,或模板浓度过高
  4.负对照有信号
  引物设计不够优化:应避免引物二聚体和发夹结构的出现。
  引物浓度不佳:重庆新桥医院网上预约挂号www.cqxqyy.net适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比。
  镁离子浓度过高:适当降低镁离子浓度,或选择更合适的mix试剂盒
  模板有基因组的污染:RNA提取过程中避免基因组DNA的引入,或通过引物设计避免非特异扩增。
  5.溶解曲线不止一个主峰
  引物设计不够优化:应避免引物二聚体和发夹结构的出现。
  引物浓度不佳:适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比。
  镁离子浓度过高:适当降低镁离子浓度,或选择更合适的mix试剂盒。
  模板有基因组的污染:RNA提取过程中避免基因组DNA的引入,或通过引物设计避免非特异扩增。
  6.扩增效率低
  反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解。
  反应条件不够优化:可适当降低退火温度或改为三步扩增法。
  反应体系中有PCR反应抑制物:一般是加入模板时所引入,应先把模板适度稀释,再加入反应体系中,减少抑制物的影响。
  7.同一试剂在不同仪器上产生不同的曲线,如何判断?
  判断标准:扩增效率,灵敏度,特异性
  如果扩增效率在90%-110%,都是特异性扩增,都可以把数据用于分析。
  8.扩增曲线的异常?比如“S”型曲线?
  参比染料设定不正确(MasterMix不加参比染料时,选NONE)
  模板的浓度太高或者降解
  荧光染料的降解
碘化丙啶(propiolium iodide,PI)能嵌入DNA双螺旋中,可使荧光强度增加约20倍,以488nm波长激发,DNA/PI复合物最大的发射波长约为615nm。小鼠Lewis肺癌细胞DNA含量测定方法(1).从C57BL/6小鼠上切除肿块,在培养皿内用PBS冲洗。(2).去除结缔组织及,剪碎肿块。(3).小碎片移入1.20×38mm针,加压使其通过,于4℃条件下重悬细胞于HBSS中。(4).将200~300μL细胞悬液(5×105细胞/mL)中加入3mL PI(50μg/mL),染色3LL细胞,于4℃存放20~30分钟。(5).测定580~750nm之间的发射荧光,以去除末结合PI产生的激发光与发射光谱线之间的重叠部分。注:PI染色液:0.1%柠檬酸钠1000mL+PI 5mg + 1% Nonide P40水。2. 培养细胞DNA的流式细胞仪分析(1).从培养皿中吸去培养基,以HBSS冲洗二次。(2).加入PI5mL于培养皿中,在4℃放10分钟。(3).用吸管反复次打细胞,使细胞破坏,胞核释放出来,再行流式细胞仪分析。3. 完整细胞DNA的PI染色(1).70%乙醇固定的细胞悬液,离心,去固定液。(2).室温条件下加入PI染色一批细胞(105~106细胞/mL),时间为30分钟,然后行流式细胞仪分析。(二)吖啶橙染色1. DNA和RNA的鉴别染色利用吖啶橙的变色特性可鉴别DNA和RNA。吖啶橙作为一种荧光染料已被用于染色固定,非固定细胞核酸,或作溶酶体的一种标记。观察死亡细胞荧光变色性变化以及区别分裂细胞和静止细胞群体。虽然测定DNA和RNA含量时较难获得好的重复性结果,但该方法已被许多实验室广泛采用。方法如下:1)试剂:(1)溶液A:低温保存,稳定期约2周。Triton X-100(0.1%) 0.1mL,1mol/L HCL 8mL1mol/L NaCL 15ml蒸馏水76mL,P
背景校正程序测量定量PCR仪所使用的反应管和水的空白荧光强度。在运行校正程序期间,定量PCR仪在10分钟内连续读取背景校正板的荧光强度,信号收集的温度为60°C。随后,SDS软件计算所收集到的荧光强度的平均值,提取结果并保存到校正文件中。软件在今后的分析中将自动调用此校正文件,从实验数据中扣除背景信号。
  什么是纯荧光校正,多长时间校正一次:
  纯荧光校正是测定各种纯荧光染料标准品的波长和信号强度,通俗地说是让仪器“认识”各种荧光染料。软件收集并储存各种纯荧光染料标准品的荧光信息。以后每次定量实验运行过程中,SDS软件收集样品的原始光谱信号,并将此原始光谱与纯荧光文件中的数据进行比较,精确扣除不同染料的信号重叠部分,从而确定样品中的荧光染料种类和信号强度。
  推荐每半年进行一次纯荧光校正。在运行光谱校正之前,请先进行背景校正和ROI校正。
请教各位高手,荧光分光光度法测物质的含量是否必须绘制标准曲线?如果不做标准曲线,能不能用Beer定律一类的公式来计算物质的相对含量?请做过荧光分光光度法的高手指点一下,如果有这方面的操作说明,尤其是如何计算待检物质含量的例子,能否说一下,先谢谢了。邮箱wzhnanhua@eyou.com
做荧光定量PCR的TAKARA的SYBR荧光染料保存于-20摄氏度了,说明书上说要放于4摄氏度保存,放-20的话会影响SYBR荧光染料的效果。

现在已经保存于-20度了,而且经过了很多次的反复冻融,这样对实验结果的影响有多大?
理想情况下毫无疑问应该是PCR扩增的指数期。
没图片
既说像坐标画曲线曲线应纵轴该荧光强度吧轴数值变化代表荧光强度变化荧光强度变化代表钙离浓度变化 我觉直接用荧光强度值变化代替钙离浓度变化研究意义该钙离浓度变化吧

非要荧光强度值换算钙离浓度需要做列工作
1 取标准钙离浓度染色用共聚焦显微镜测荧光强度
2 标准品需要同像环境主要曝光间相同激光波及能量
3 标准品要用同浓度荧光染料
才能根据标准荧光强度关系推算品钙离浓度
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