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bioline/RT-qPCR Extraction Control Red/500 Reactions/MDX028
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bioline/RT-qPCR Extraction Control Red/500 Reactions/MDX028
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Description

FormerlyRNA Extraction Control 670.

RT-qPCR Extraction Control not only enables users of a diagnostic qPCR assay to determine if there are inhibitors in the PCR assay, but also to validate the success of the extraction step, reducing the chance of obtaining a false negative result in the sample RNA.

Product Highlights

  • Simple – streamlined protocol for straightforward validation of RNA extraction and determination of RT-qPCR assay inhibition
  • Sensitive – control assay identifies even small effects on RNA extraction and inhibition of amplification
  • Optimized - control RNA has a sequence with no known homology to any organism thereby avoiding detection of sample RNA
  • Specific – probe-based assay designed specifically for the REC control sequence
  • Flexible – ideal for use with a wide range of sample types, including inhibitor-rich samples like blood, urine and sputum samples

Product Description

A common practice in qPCR is to add a known amount of spiked control RNA after RNA extraction, this monitors PCR inhibition but has no value as an extraction control. The ideal situation is to have the test sample and internal control undergo the same processing prior to qPCR. Meridian has developed a RT-qPCR Extraction Control, which more closely mimics the test sample, as compared to spike controls. Genetic material from the test sample and the RT-qPCR Extraction Control is simultaneously extracted by common extraction methods, with the extraction control being as sensitive to inhibition and extraction failure as the test sample.

Artificial RT-qPCR Extraction Control cells are of a known concentration, containing the Internal Control RNA sequence. This sequence contains no known homology to any organism and, importantly, has minimal interference with detection of sample RNA. The RT-qPCR Extraction Control cells are spiked into the lysis buffer with the target sample, prior to RNA extraction. Control Mix, which includes primers and probe, is then added to the reaction mix before amplification. Signal derived from the Internal Control RNA confirms the success of the extraction step. RT-qPCR Extraction Control also monitors co-purification of PCR inhibitors that may cause biased or false amplification patterns.

Applications

  • Pathogen detection
  • Cancer risk assessment
  • Gene expression analysis
  • Drug therapy efficacy
  • Biomarker validation
  • Copy number variation (CNV) analysis
  • Genotyping
  • Viral loading
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Rhodamine-Phalloidin/Calcofluor StainingDavid AmbergGrow 50 mls of yeast to 5x10E6. Add formadehyde to the media to 4% (33 mls. of 10%). Fix in media at temper 查看更多>
1. Obtain the last 2mm of tail and place directly into 200ul 1X PCR Bufferwith Nonionic Detergents (PBND) in a 1.5ml microfuge tube. (Tails can bestored at fro 查看更多>
Purification of Gene Targeting Vector DNA for Electroporation1. Purify plasmid from bacteria.We recommend the Qiagen EndoFree Plasmid Maxi kit for the purifica 查看更多>
Dye Filling to Stain Amphid and Phasmid Neurons by Michael Koelle, from Beth Sawin 4/6/94 1. Buy DiO from Molecular Probes, catalog # D-275. DiO fluorescesces 查看更多>
Materials Needed20ml glass scintillation vial Small stir bar Foil Glycerol 1X PBS Pipets * P-phenylenediamine ( EMD Chemicals Inc. Cat# PX0730) Carbonate-Bicar 查看更多>
Fixation and Staining ParametersAntigen Fixation Fixation time AntibodyDilutionRefmicrotubules 100% MeOH 5 min @ RT DM1a1:500actin 4% Formaldehyde* 8 min @ RT 查看更多>
1.AimPlex流式高通量多因子检测技术特点 基于流式细胞术的高通量多因子检测技术----AimPlex Multiple Immunoassays for Flow,结合了酶联免疫吸附实验(ELISA)、微球技术和流式细胞术(Flow Cytometry)等方法,能同时对对少量样本中多种可溶性蛋白进行高通量检测。近年来,基于微球的多指标检测技术得到广泛的推广,与传统ELISA技术只能检测一个指标相比,该技术能够实现从一份标本 查看更多>
METHOD 1:Formaldehyde preservative – 2% formaldehyde solution in protein-free phosphate-buffered saline (PBS).Prepare as follows:Add 2 g paraformaldehyde powde 查看更多>
STAINING NONFILAMENTOUS ACTIN WITH VITAMIN-D BINDING PROTEINMaterials1. Gc-globulin (vitamin-D binding protein; Calbiochem 345802), prepare 2 mg/ml stock in PB 查看更多>
一、原理 非显带染色体除可根据形态分辨部分染色体,其他多数染色体难以确认,而显带技术则可使染色体纵向长度上出现不同带纹,以辨认全部染色体。GTG即G带,Trypsin(胰酶),Giemsa的简写。Giemsa染料是噻嗪--曙红染料,染色体的着色有赖于在原位形成噻嗪--曙红(2∶1)的沉淀物。着色首先取决于二 查看更多>
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最近在看文献时,看到realtime-PCR做相对定量的时候,要求目标序列和内参序列的扩增效率必须相等。我现在要做一些基因的相对定量,所以有几个问题想问问主任和各位高手。
1.怎么看两个反应-即目标基因和内参基因是否具有相同的扩增效率?
2.每次PCR反应的扩增情况都有差异,多次反应的扩增效率岂不是都不一样了吗?
3.如何设计才能让相对定量更可行?
由于对定量PCR的接触不多,希望各位高手多多帮助!谢谢!
1.无Ct值出现
  检测荧光信号的步骤有误:一般SG法采用72℃延伸时采集,Taqman法则一般在退火结束时或延伸结束采集信号。
  引物或探针降解:可通过PAGE电泳检测其完整性。
  模板量不足:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起。
  模板降解:避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。
  2.Ct值出现过晚(Ct>38)
  扩增效率低:反应条件不够优化。设计更好的引物或探针;改用三步法进行反应;适当降低退火温度;增加镁离子浓度等。
  PCR各种反应成分的降解或加样量的不足。
  PCR产物太长:一般采用80-150bp的产物长度。
  3.标准曲线线性关系不佳
  加样存在误差:使得标准品不呈梯度。
  标准品出现降解:应避免标准品反复冻融,或重新制备并稀释标准品。
  引物或探针不佳:重新设计更好的引物和探针。
  模板中存在抑制物,或模板浓度过高
  4.负对照有信号
  引物设计不够优化:应避免引物二聚体和发夹结构的出现。
  引物浓度不佳:重庆新桥医院网上预约挂号www.cqxqyy.net适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比。
  镁离子浓度过高:适当降低镁离子浓度,或选择更合适的mix试剂盒
  模板有基因组的污染:RNA提取过程中避免基因组DNA的引入,或通过引物设计避免非特异扩增。
  5.溶解曲线不止一个主峰
  引物设计不够优化:应避免引物二聚体和发夹结构的出现。
  引物浓度不佳:适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比。
  镁离子浓度过高:适当降低镁离子浓度,或选择更合适的mix试剂盒。
  模板有基因组的污染:RNA提取过程中避免基因组DNA的引入,或通过引物设计避免非特异扩增。
  6.扩增效率低
  反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解。
  反应条件不够优化:可适当降低退火温度或改为三步扩增法。
  反应体系中有PCR反应抑制物:一般是加入模板时所引入,应先把模板适度稀释,再加入反应体系中,减少抑制物的影响。
  7.同一试剂在不同仪器上产生不同的曲线,如何判断?
  判断标准:扩增效率,灵敏度,特异性
  如果扩增效率在90%-110%,都是特异性扩增,都可以把数据用于分析。
  8.扩增曲线的异常?比如“S”型曲线?
  参比染料设定不正确(MasterMix不加参比染料时,选NONE)
  模板的浓度太高或者降解
  荧光染料的降解
背景校正程序测量定量PCR仪所使用的反应管和水的空白荧光强度。在运行校正程序期间,定量PCR仪在10分钟内连续读取背景校正板的荧光强度,信号收集的温度为60°C。随后,SDS软件计算所收集到的荧光强度的平均值,提取结果并保存到校正文件中。软件在今后的分析中将自动调用此校正文件,从实验数据中扣除背景信号。
  什么是纯荧光校正,多长时间校正一次:
  纯荧光校正是测定各种纯荧光染料标准品的波长和信号强度,通俗地说是让仪器“认识”各种荧光染料。软件收集并储存各种纯荧光染料标准品的荧光信息。以后每次定量实验运行过程中,SDS软件收集样品的原始光谱信号,并将此原始光谱与纯荧光文件中的数据进行比较,精确扣除不同染料的信号重叠部分,从而确定样品中的荧光染料种类和信号强度。
  推荐每半年进行一次纯荧光校正。在运行光谱校正之前,请先进行背景校正和ROI校正。
请教各位高手,荧光分光光度法测物质的含量是否必须绘制标准曲线?如果不做标准曲线,能不能用Beer定律一类的公式来计算物质的相对含量?请做过荧光分光光度法的高手指点一下,如果有这方面的操作说明,尤其是如何计算待检物质含量的例子,能否说一下,先谢谢了。邮箱wzhnanhua@eyou.com
带荧光的染料含不含重金属
各位好!
附件中是我的标准曲线结果,标准品按照10x稀释,荧光染料是SYBR,可是在荧光强度与CT值的关系图中,曲线间的行距还可以接受,但是在LOG荧光值与CT值的关系曲线中,曲线怎么那么难看呢?为什么他们之间的行距不是相等的呢?我以前做的曲线很漂亮的,这是什么原因呢?影响定量的结果吗?并且在样品中也出现这么难看的曲线,就是指数增长期曲线不平滑,是什么原因呢?

切盼高手指点!!!

standardcurve.doc(49.0k)
这个么…染色一般用新亚甲蓝枸橼酸钠,全血涂片可用瑞氏染液或新亚甲枸橼酸钠,
还可以标记细胞内的某些蛋白吧
因外用杀精避孕药机理研究的需要,求助目前较新的有关精子流式细胞检测的实验资料,请各位大侠不吝赐教!
我是一个新手。做了两次real-timePCR(SYBRGREENI)标准曲线都很差劲,请好心的大侠们帮忙指点迷津。

标准品是用质粒DNA做了。第一个图是按10倍梯度进行稀释,以10^3~10^9copy/μl7个浓度的标准模板系列作为标准品;第二个图是按10倍梯度进行稀释,以50~0.0005ng/ul6个浓度的标准模板系列作为标准品,得到的标准曲线的参数值分别是R^2=0.87998694<0.99,Slope=-1.403786(图一);R^2=0.9702126<0.99,slope=-1.5033078.

我应该从哪些方面来改进我的实验?紧急求助!
请教大家问题:我做的QPCR扩增同一个模板,结果熔融温度分别是74.45,74.17,75.71,75.09,75.21,73.93等,多数在74-75之间,73左右的就一个数值。原来做过用相同的模板扩增,熔融温度是》74《75之间的数值,熔融峰为单峰,且确定是目的基因,不是引物二聚体。并且,相同的标准品时隔一段时间(-80度保存),不同时间做PCR,结果CT值差别较大。有以下的疑问想和大家一起讨论:
1.熔融温度为75,74,73度的样品是否是同一个产物?熔融温度为56度的是不是没有扩增产物?
2.为什么相同的标准品不同反应CT值差别这么大?是不是荧光染料降解?我用的是试剂盒中的扩增酶,还没用几次。
3.扩增曲线的形态是否说明标准品已经有降解?
4.另外,我原来做CDNA梯度稀释做的挺好,可是这个直接是RNA为标准品,我用一步法进行QRT-PCR。标准品梯度稀释线性效果不稳定,有的时候好,有的时候不好。请假大家有没有好的建议?
附件中有扩增曲线和熔融曲线,请大家帮忙分析,谢过了!

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