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这里有关于miRNA专题报道,可以看看
在样品用液氮瞬间冻结之后,应该储存在-80°C,千万不能解冻。即使是置于含有胍盐的裂解液中作匀浆前的短暂解冻,也会导致RNA的降解和损失。瞬间冻结的组织应该首先在超低温条件下先研磨成粉,然后置于裂解液中进行匀浆。
RNAfixer使样品储存更为便利。储存在RNAfixer中的细胞或组织可在室温下稳定保存长达1个星期,在4°C可稳定保存长达1个月,或永久保存在-20°C。
2. 消除环境RNase的污染
为了得到完整的、高品质RNA,在整个RNA制备过程中,当RNA离开强蛋白变性剂(如离液裂解液或酚)的保护时,避免引入新的RNase污染就非常关键。由于RNase几乎是无所不在,所以必须确保与纯化的RNA接触的每一样东西都是无RNase污染的。所有的表面,包括移液器、工作台、玻璃器皿和制胶设备,都必须用表面去污净化溶液如RNase喷雾清除剂 来处理过,去除各种溶液或者反应缓冲液中可能存在的RNase污染,可以用RNAsafe。必须保证一直使用无RNase的枪头、试管和溶液,手套也应经常更换。
3.迅速灭活内源的RNA酶,以防止RNA降解。
以下3个方法均可有效使内源RNA酶失活:
1)、用含离液(如胍盐)的细胞裂解液收获样品,并立即匀浆。
2)、用液氮瞬间冻结样品。值得特别注意的是:组织块必须保证足够小,在浸入液氮的瞬间就能冻结,以确保瞬间令RNA酶失活。
3)、立即将样品置于RNAfixer无液氮RNA样品储存液中。它是一种水相、无毒的收集试剂,能立即稳定并保护完整、未冻结的组织和细胞样品中的RNA。关键要点是组织样品切片一定要够薄(<0.5 cm),这样RNAfixer才能在RNase破坏RNA之前迅速渗入组织块中。
4. 选择合适破壁方法
细胞或组织的彻底匀浆对RNA提取来说,是一个很关键的步骤,它能够防止RNA的损失和降解。匀浆的方法应根据细胞或组织的类型来选择。大部分培养的细胞可以置于细胞裂解液中,通过简单的涡旋震荡来匀浆;而动物组织、植物组织、酵母和细菌、真菌则常常需要更加剧烈的方法,通常用液氮研磨。比如说细菌(特别是革兰氏阳性菌)的细胞壁,就需要溶菌酶消化来实现彻底的细胞裂解和RNA的最大回收,酵母提取时加入破壁酶帮助破壁,再用TRIpure或RNApure进行提取。
5. RNA提取少走弯路——不同材料如何选择最适RNA提取试剂
现有众多的RNA分离方法也许令人难以取舍。目前最简单也是最安全的方法是柱式分离,如RNApure 因为操作简单,时间短,纯度高而受到大家的喜爱,RNApure不需要DNA酶消化DNA,节省了时间,避免RNA的降解,从而提高了产量;相对非柱式分离(如TRIzol),去除蛋白及其他杂质干净,提高了纯度,对于细胞、组织、一般植物均非常适合。植物RNA的提取比较难抉择,植物RNA提取受酚、多糖、蛋白杂质、次生代谢物含量的影响,一般用TRIzol提取纯度不高,而且很多植物用TRIzol提取不出来。
这时候可以选择多糖多酚植物总RNA提取试剂盒(水仙、辣椒、胡萝卜、玉米、百合、小麦、西红柿、花菜、油菜等)和通用植物RNA提取试剂盒(适合绝大多数植物提取,包括:各种中草药、植物种子、苹果、葡萄、草莓、香蕉、龙眼、荔枝、草坪植物、松树、杉树、白桦、紫松果、彩叶草、一品红、夹竹桃、垂叶榕、紫罗兰、月季、天竺蓝、牵牛花等);非常值得一提的是血液(包括血清、血浆、脑脊液、各种拭子或其他液体含量高的样本)RNA的提取用TRIzol和红细胞裂解的方法效果都不好,因为红细胞裂解液不含有RNA酶的抑制成分,这个过程RNA很容易降解,推荐使用TRIpure LS (RP1101)或者血液总RNA提取试剂盒(RP4001),该方法适用于表达谱芯片实验中RNA的提取。
6. 低浓度RNA的沉淀
纯化得到的RNA可能需要通过沉淀来浓缩,以满足一些下游应用的需要。醋酸铵(NH4OAc) 沉淀(加0.1体积的5M 醋酸铵、2-2.5体积的无水乙醇,-20°C放置25分钟以上)可以很好地回收RNA。如果需要定量回收低浓度的RNA(ng/ml),可以采用共沉淀(如linear acrylamide糖原glycogen,、酵母yeast RNA )的方法。核酸助沉剂是linear acrylamide,当RNA用于RT-PCR分析时,线性的丙烯酰胺和DNase处理的糖原都可以作为理想的共沉淀剂,因为它们都不含DNA污染,糖原含量高会抑制PCR反应,应注意控制浓度,核酸助沉剂对PCR无影响,成为病毒核酸提取的首选。酵母RNA和未处理的糖原会给样品带来核酸污染,有可能影响RT-PCR的结果。沉淀后,注意避免RNA沉淀过分干燥,因为这可能导致很难重新溶解。
7. 提取好的RNA如何储存
如果只是短期储存,重悬的RNA应放置于-20°C;如果是长期储存的话,就应该放置于-80°C。储存RNA时,可以加入少量的RNA酶抑制剂(RP5601),避免RNA的降解,RNA可以直接做下游实验。如果要长期保存RNA,可以加入RNAlong。我们推荐将RNA溶液分装在几支管中。这会避免反复冻融损伤RNA,并预防偶然的RNase污染。
1.破碎和裂解植物细胞壁。
2.抑制rna酶
3.去除植物多糖和多酚。树脂 淀粉和纤维材料。
4.去除许多高等植物组织尤其是成熟组织能产生某些水溶性的次级代谢产物,这些次级代谢产物很容易与RNA结合并与RNA共同被抽提出来而阻碍具有生物活性的RNA分离。
除了干扰RNA分离之外,植物多糖和多酚及次级代谢产物还能明显抑制下游RNA反应如转录和PCR.
步骤
A. 真核细胞和组织
自己需要的材料:
β-巯基乙醇、70%乙醇(DEPC水配置)、除RNase的枪头和EP管。
材料的最佳量
想得到最佳的产量和好的Hibind RNA柱的纯化效果,选用正确的细胞和组织量是最重要的。Hibind RNA柱的最大处理量是可变的,根据细胞和组织的类型。最大的结合能力是100ug的RNA。TRK裂解缓冲液的最大裂解能力是1*107个细胞或30mg的组织。
细胞的步骤
1. 用500ul的TRK裂解缓冲液裂解细胞(≤1*107),使细胞团松散,轻轻弹EP管或者用枪头吹旋,再用漩涡振荡混匀。
a) 使用前每1ml TRK裂解缓冲液加入20ul的β-巯基乙醇。
b) 如果是单层的组织培养细胞(成纤维细胞,内皮细胞等),可以直接在细胞培养器里裂解细胞。完全吸去培养基后直接加TRK裂解缓冲液至细胞中。加700ul的TRK到T35细颈瓶或250px的培养皿中,更小的培养器加500ul的TRK。将液体布满整个器皿表面,确保细胞裂解完全。将裂解产物转移至1.5mlEP管中。
c) 如果细胞是悬液培养,收集细胞(≤1,500rpm or 400*g)*5min,弃上清,加入TRK裂解液,漩涡振荡混匀,转移到1.5ml EP管中,进行步骤2。
2. 匀浆化裂解产物
“裂解和匀浆化样品”-第四页有详细的说明,如果细胞≤1*105,漩涡振荡1min。不完全使样品匀浆化会显著的减少RNA的产量还容易造成柱子堵塞。
a) 用匀浆器30 s,使样品匀浆化。
b) 用钝的针头的注射器(0.9mm直径),至少吹打5次是样品匀浆化。注射器要除RNase。
3. 将匀浆后的裂解产物转移至Homogenization Spin Column中,离心,≥1,4000*g, 3min,室温。将离心收集的流出液转移到新的EP管中。转到总RNA分离中第4步。
组织的步骤:
1. 用500ul的TRK裂解缓冲液裂解细胞(≤30mg),使用前每1ml TRK裂解缓冲液加入20ul的β-巯基乙醇。
500ulTRK裂解液最大裂解能力30mg,难破碎的组织大于20mg就用700ul的TRK裂解液。当组织量超出建议的最大量时,也不要超过40mg。
组织样品匀浆化参照第四页选择一种方法只用,除非是使用液氮,
2. 离心,≥1,5000*g, 5min, 室温。
3. 转移上清至,Homogenization Spin Column中,离心,≥1,3000*g, 3min,室温。将离心收集的流出液转移到新的EP管中。
总RNA分离:
4. 在裂解产物中加入50%体积(250ul-350ul)的无水乙醇(96%-100%)混匀,漩涡振荡20s。
5. 样品转移到Hibind RNA Mini column上,离心管的最大容量为750ul,加完乙醇后可能会形成沉淀。所以要充分振荡将所有的混合液加入到柱子上。室温离心,10,000*g,0.5-1min。弃去流出液(透过柱子流出到离心管里的液体)。
6. 将柱子放在一个新的2ml收集管中,加上300ul RNA wash buffer I。室温离心,10,000*g, 0.5-1min。同样弃掉流出液。
7. DNase I 消化(选择性)
在我的实验中没有做这一步。
8. 将柱子再放到一个新的2ml收集管中,加入400ul RNA wash buffer I, 室温离心,10,000*g, 30s,弃流出液。
9. 将柱子放到2ml收集管中,加入500ul RNA wash buffer II(乙醇稀释过的),室温离心,10,000*g, 30s,弃流出液。注意:使用前RNA wash buffer II 必须要用无水乙醇稀释(48ml),按照标签上的说明。
10. 用500ul RNA wash buffer II洗涤一次柱子,同上一步骤一样。室温离心,10,000*g, 30s,弃流出液。然后在空收集管中,以最大转速离心柱子,≥12,000*g, 2min, 室温,使的HiBind 基质完全干燥。
11. 转移柱子到一个新的1.5ml的Ep管中,(试剂盒中没有提供),加入50-100ul的DEPC水洗脱柱子(试剂盒中提供)。确保水直接加到了柱子的基质上。10,000*, 1min, 室温。如果RNA的总量大于30ug,可以进行二次洗脱。
注意:可以选择性地,用大一点的体积洗脱RNA。如果进行二次洗脱,总RNA的量会增加,但是浓度会降低,因为80%以上的RNA会在第一次时被回收。在加柱子前将水加热到65℃并室温孵育柱子5min会增加产量。
准备RNA用的试剂:70%乙醇(用DEPC处理后的水稀释新开封的无水乙醇),DEPC处理后的水,新开封的三氯甲烷等,
容器:玻璃试剂瓶需要180度,8个小时以上烘烤
Eppendorf管和“枪头”:RNase-free的管子和“枪头”(可以直接买到);或者普通的ep管和“枪头”,但是需要DEPC水浸泡后,高温灭菌(121度,20-40分钟)。
如果需要使用研钵和药品匙,研钵和药品匙也是需要180度,8小时以上的烘烤。
还需要没开封的手套,提取RNA时,尽量勤换手套,少说话,尽量不要对着样品吹气。
RNAi技术的原理与应用(一).ppt(218.5k)
RNA提取对于科研人员来说并不陌生,但是要得到好的结果却不是一件很容易的事情。事实上,现在市面上的丰富的RNA提取试剂基本上可以满足科研人员的需要,为什么往往提取的RNA却容易失败呢?
RNA提取失败的主要现象有三个:提取的RNA降解、提取的RNA量偏低以及提取的RNA纯度低。究竟怎样才能确保RNA提取的成功率呢?
首先,要确定材料的可用性。尽管现有的RNA提取试剂都用抑制RNase的成分,但提取的材料仍需谨慎处理。提取的材料的新鲜度是获取完整RNA的关键,但是由于种种原因无法立即从新鲜材料中提取RNA时,使用Takara公司的样品保护剂SampleProtectorforRNA/DNA可以免去使用液氮或超低温冰箱的不便,同时也可以有效解决组织、细胞样品的短时间保存及运输问题。此外,如果将不同时期收集的样品都预先存放于本试剂中,可以做到立即终止并固定RNA表达的时序变化,减少实验组间的误差。
其次,选择合适的提取试剂是最重要的一步。好的提取试剂在确保成功的同时,操作方便且经济实用。对于动物组织、简单的植物材料、各种微生物、培养细胞的totalRNA提取,Takara公司的RNAisoPlus具有诸多的成功案例。随着2013年7月柱型提取试剂TaKaRaMiniBESTUniversalTotalRNAExtractionKit的成功上市,进一步丰富了TakaraRNA提取的产品线。该产品采用了独特的细胞裂解系统,无需苯酚氯仿抽提等步骤,简单快捷。组织或细胞裂解后,提取操作仅需20分钟便可完成。
对于富含多糖多酚的植物类组织提取是个难点,Takara精心研发的柱型提取试剂TaKaRaMiniBESTPlantRNAExtractionKit可以轻松解决这个问题。TaKaRaMiniBESTPlantRNAExtractionKit可以高效地从各种简单的植物组织材料(叶片、茎、幼苗等)、富含多糖多酚的植物组织材料(果实、种子等)、真菌提取高纯度的TotalRNA,适用范围广泛。按照标准流程,本试剂盒可以有效地提取分子量大于200nt的RNA,也可以按照可选步骤提取得到包含SmallRNA(<200nt)的TotalRNA。试剂盒中包含了RNA提取所需的全部试剂,无需额外购买其它试剂。
Trizol法和试剂盒提取组织中的RNA,哪个方法更可靠和精确呢?谢谢!

