实验材料 | 待检个体的全血样本 试剂、试剂盒 | 细胞休克溶液核裂解缓冲液SDS蛋白酶K饱和NaCl溶液乙醇TE缓冲液微型琼脂糖凝胶标准DNA浓度溶液溴化乙锭 仪器、耗材 | Vacutainer管孵育仪 实验步骤 | 尽管基于Southern的RFLP检测是一种很有效的、近乎艺术级的确定生物学关系的手段,但PCR技术在常规的父子关系的检测中越来越常用。商业化的用于多态区间扩增的试剂盒包含了使用生产商预制的酶溶液、各种缓冲液和引物的方案,以及它们对DNA浓度、时间和PCR扩增循环次数的建议;然而需要特别指出的是不同位点的扩增可能需要对一般的扩增条件做一定的修订,这由进行此项工作的实验室自行决定。PCR分析的所有方案以gDNA开始,因此,如果RFLP分析要与PCR—同进行的话,在进行限制性酶切之前(基本方案1,第1步)需要把起始生物学样品各自分开,备PCR分析用的样品留待扩增使用。 表9.6.2为通过RFLP与PCR方法进行父子关系检测的比较。 ASO探针最常用的基于ASO的系统是已商业化的AmpliTypePM+DQAlPCRAmplificationandTyping试剂盒,其包含所有的实验指导,以及扩增和分型6个独立位点需要的反应组分(表9.6.3)。 序列特异性探针条带在父子关系检测中并不常使用,主要在于其相对低的排除率及购买试剂盒费用较高。但其在法医学个体确认中仍然有用,此时需要匹配整个遗传物质的遗传方式而不是单个等位基因,得到的是不同的统计学数据。对3个不同个体以及阴性、阳性对照个体的多位点标记物分析的结果如表9.6.4所示。 扩增片段长度多态性(amplifiedfragmentlengthpolymorphism,AmpFLP)特定的引物与每个待检个体的非消化gDNA特异结合扩增,根据其中重复片段的大小不同可将AmpFLP分为两类。长串联重复片段(longtandomrepeat,LTR)和短串联重复片段(Shorttandomrepeats,STR)都有可变数目的重复片段,均可通过PCR进行分析。 长串联重复LTR的重复片段大小在10?80bp,其等位基因大小在300~1000bp,杂合度在95%左右。 短串联重复在个体确认的检测中所用的STR大多是4bp的重复单位,等位基因大小在100~350bp,杂合度一般在65%?85%。表9.6.5列出了一些常用的STR。更多此类位点的信息可以访问:http://www.Promega.com/tbs/tmd008/tmd008.html。 电泳和检测手动系统在手动系统中,尽管有一些高分辨率的琼脂糖凝胶可用,但PCR产物最常用聚丙婦酰胺凝胶电泳,如MetaPhor和NuSieve(FMCBioProducts)。准确的条件取决于要分离产物的大小和给定的溶液条件(如附录3F、CPMB单元2.5A或Sambrook^a/.,1989)0半自动系统 LTR和STR的PCR产物也可通过半自动系统进行分离、检测和分析。该系统包括基于凝胶的、整合电泳、检测和分析于一个功能单元(PCR片段必须是荧光标记的)和荧光显像系统。 自动系统在著此书时,用于LTR和STR分析的唯一完全自动的系统就是通过毛细管电泳(capillaryelectrophoresis,CE)。正如其名称所暗示的,电泳是在毛细管而不是在玻璃板之间进行。CE的缺点在于目前只有单毛细管系统可用,所以一次只能进行一个样品的分析。尽管如此,因为CE可在一个比常规高出许多的电压下进行,其可在20min左右的时间内完成片段的分离,这可以弥补其通量有限的缺点。 支持方案1全血gDNA的制备支持方案2母亲及声称父亲的DNA图谱数据的阐述、统计学估算和报告支持方案3特殊父权关系个案的DNA图谱的阐述、统计学估算和报告
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