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限制性核苷酸酶与DNA连接酶分别作用于什么部位?
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实验方法原理许多真核生物的基因所包含的DNA,远非单个重组子所能容纳得了的。对于大多数染色体来说,更是如此。因此,必须构建一套重叠的DNA克隆,这些克隆的DNA按次序排列能形成叠连序列(叠连群),可以涵盖一个很大的基因或目的区域。
实验材料
试剂、试剂盒
仪器、耗材
实验步骤
一、材料

1.缓冲液和溶液

10X扩增缓冲液

dNTP溶液(1mmol/L,包括所有4种dNTP(pH8.0;PCR级)

乙醇

酚:氯仿(1:1,V/V)

醋酸钠(3mol/L,pH5.2)

10XT4DNA连接缓冲液

2.酶及其缓冲液

T4噬菌体DNA连接酶

限制性内切核酸酶PstⅠ或NsiⅠ

耐热性DNA聚合酶

3.凝胶

琼脂糖凝胶

核酸和寡核苷酸

寡核苷酸盒[5.0OD260/ml(~8.5μmol/L)],用TE(pH7.6)溶解5"CATGCTCGGTCGGGATAGGCACTGGTCTAGAGGGTTAGGTTCCTGCTACATCTCCAGCCTTGCA3"

寡核苷酸(接头)引物[5.0OD260/ml(~17μmol/L)],用TE(pH7.6)溶解。5"CATGCTCGGTCGGGATAGGCACTGGTCTAGAG3"

序列特异性寡核苷酸(载体)引物[5.0OD260/ml(~17μmol/L)]。用TE(pH7.6)溶解。

模板DNA:重组BAC、YAC或黏粒DNA

4.专用设备

自动移液器用的带过滤层吸头

扩增用的薄壁微量离心管(0.5ml)

阳性对照专用的移液器

储存有扩增程序的程控式PCR仪

15℃水浴或冷却装置

二、方法

1.用PstⅠ或NsiⅠ消化约5μg模板DNA。取一小份反应产物,进行琼脂糖凝胶电泳,以确证所有的DNA都已经被酶解。

2.用酚:氯仿抽提混合液及标准的乙醇沉淀法回收DNA,然后用70%的乙醇洗涤沉淀。将管子开口倒扣在一叠卫生纸巾上,使最后残留的乙醇挥发,然后用50μlH2O溶解湿润的DNA沉淀。

3.在一个无菌的0.5ml的微量离心管中,依次加入下列物质:10XT4DNA连接酶缓冲液10μl,消化后的DNA模板20μl,寡核苷酸盒子5.0OD260/ml2μl,T4噬菌体DNA连接酶5Weiss单位/μl2μl,加水至100μl。

设3个对照管,对照管的体系参照上述配方。其中一个无模板DNA,另一个无寡核苷酸接头,第3个无T4DNA连接酶。

4.将实验管及对照管在15℃下连接12~16h。

5.在一个无菌的0.5ml的微量离心管中,依次加入下列物质:10X扩增缓冲液2μl,1mmol/L4种dNTP混合溶液(pH7.0)2μl,接头的寡核苷酸引物5.0OD260/ml1μl,载体的寡核苷酸引物5.0OD260/ml1μl,取自步骤4的实验管DNA连接产物1μl,耐热DNA聚合酶5.0单位/μl0.5μl,加水至20μl。

设3个PCR对照。每只对照管中含有连接反应中相对应的对照反应液1μl。

6.如果PCR仪没有高温顶壳,在反应混合体系里加一滴(约50μl)轻矿物油,以防止加热和冷却循环时样品的蒸发。另外,如果用热启动则加一滴石蜡。

7.将PCR管放入PCR仪中,按下表输入程序后,开始扩增。



8.将每一管扩增产物都取出一份(25%),用琼脂糖凝胶电泳分析。